Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,152,237 | T→G | 7.3% | L131R (CTG→CGG) | PP_2768 → | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,152,237 | 0 | T | G | 7.3% | 148.9 / 2.4 | 51 | L131R (CTG→CGG) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base G (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
GTACTGCGGCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGA > NC_002947/3152089‑3152380 | gTACTGCGGCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCt < 8:282792/149‑1 (MQ=255) cTGCGGCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTgg < 2:296998/148‑1 (MQ=255) cGGCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGggc < 1:178378/147‑1 (MQ=255) gCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGcc > 3:133571/1‑149 (MQ=255) cATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCctg > 3:289571/1‑149 (MQ=255) aTTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCctgc > 4:298550/1‑149 (MQ=255) tCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCctgctgctg > 1:309267/1‑149 (MQ=255) cGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCa < 3:298550/149‑1 (MQ=255) cGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGtt < 4:133571/148‑1 (MQ=255) gCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCctgctg < 4:300563/136‑1 (MQ=255) gCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCctgctg > 3:300563/1‑136 (MQ=255) gCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTc > 8:154854/1‑148 (MQ=255) cGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGAc < 5:248452/149‑1 (MQ=255) aTAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCt > 5:277989/1‑149 (MQ=255) aaCCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGt > 4:215748/1‑149 (MQ=255) aCCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGt < 4:264812/148‑1 (MQ=255) ttCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTcgccgc > 8:186939/1‑149 (MQ=255) tggcctACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCtg < 4:289571/149‑1 (MQ=255) gcctACATCATCGAGGGCGCCGCCCTGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCAGGGCCGGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCGGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTGCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGGGGCGGCCCtggt < 8:293706/149‑1 (MQ=255) cttACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTAGGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCtggtg < 1:303896/147‑1 (MQ=255) cctACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCtggtg < 7:154854/149‑1 (MQ=255) ctACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCtggtgg < 7:218268/149‑1 (MQ=255) ctACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCtggtgg > 1:200239/1‑149 (MQ=255) aCATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGgtggtg < 8:243790/149‑1 (MQ=255) aCATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCCCCCCAACCGCGGCGGCCCagggg > 2:303896/1‑144 (MQ=255) catcatCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTggtggt < 6:89887/147‑1 (MQ=255) atcGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCCCCCGAACGGCCGCCGCCCgggtgggtgatgg > 2:249153/1‑142 (MQ=255) aGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTcc < 8:6516/149‑1 (MQ=255) aGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTcc > 4:263894/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTg < 3:215748/149‑1 (MQ=255) gccgccCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCt > 1:195655/1‑149 (MQ=255) gccgccCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCt < 4:233818/149‑1 (MQ=255) gccgccCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCt > 7:15389/1‑149 (MQ=255) ccgccCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGCGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTg < 8:237625/149‑1 (MQ=255) cccAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGtt > 7:123922/1‑148 (MQ=255) cccAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTc < 8:123922/149‑1 (MQ=255) cAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCaa > 2:216906/1‑149 (MQ=255) ttATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCAc > 4:312278/1‑149 (MQ=255) ggCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCAt < 3:263894/149‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATc > 6:249803/1‑149 (MQ=255) cgcCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCg > 8:28438/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGcc > 3:75949/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCtgc < 7:186939/149‑1 (MQ=255) gAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGt < 4:75949/149‑1 (MQ=255) gAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGt < 5:249803/149‑1 (MQ=255) gCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGcc < 2:3615/147‑1 (MQ=255) cATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCcgac > 5:13032/1‑148 (MQ=255) agcaggccGCCCAGCTCCAGCGGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGAt > 6:108844/8‑149 (MQ=255) cGCCCAGCTCCAGCGGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATcc > 7:28133/1‑144 (MQ=255) cGCCCAGCTCCAGCGGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATcc < 8:28133/144‑1 (MQ=255) gCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGa > 3:146788/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGa < 1:216906/148‑1 (MQ=255) | GTACTGCGGCCATTGGTCGGGCGTTCGCCGATAACCCTGTTCATGGCCACGCTCGGCCTGGCCTACATCATCGAGGGCGCCGCCCAGGCCTTATGGGGCGCCCAGGTTCACGGCCTGGAGCTGGCCATCAGCGACGCCCCGCTGGAGCTGGGCGGCCTGCTGCTGTCGCAGTTCGACCTGTTCGCCGCCGCAACGGCGGCGGCCCTGGTGGTGCTTCTGTCCTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGA > NC_002947/3152089‑3152380 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |