Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,152,451 | C→T | 8.5% | A202A (GCC→GCT) | PP_2768 → | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,152,451 | 0 | C | T | 8.5% | 132.3 / 2.5 | 47 | A202A (GCC→GCT) | PP_2768 | branched‑chain amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/21); new base T (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
CTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCGGCGCTTCGGAGAAGCTC > NC_002947/3152310‑3152598 | cTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGgctgc < 4:140170/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCATGCGGTGACCGACGATCCCAGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCATGCAGAGGGTGGGGTAGGGGGTCTGGGCGGTGGCCGTGTATGTAGGGTTGGTTGCCGGgctgc > 8:209557/1‑149 (MQ=255) tGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGctc > 2:26325/1‑149 (MQ=255) cTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGGGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGctct < 2:195655/148‑1 (MQ=255) tGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTgg > 8:286544/1‑149 (MQ=255) ttCAACCGCACTCGCAGCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCACGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGGGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTgg < 5:28876/147‑1 (MQ=255) cAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGgcg > 2:79069/1‑149 (MQ=255) ccGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCAc > 7:69587/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTtctc > 7:11649/1‑149 (MQ=255) gcacTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGCTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGGTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTtctc > 5:158825/4‑149 (MQ=255) gtgcgGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTtctcgctctcg > 7:128449/1‑149 (MQ=255) tgcgGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTtctcgctc < 8:169108/145‑1 (MQ=255) tgcgGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTtctcgctc > 7:169108/1‑145 (MQ=255) cgGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtg < 2:220310/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtgg > 4:302200/1‑149 (MQ=255) tGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtggtg < 8:88497/149‑1 (MQ=255) tGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtggtg < 4:146788/149‑1 (MQ=255) tGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtggtg < 8:69587/149‑1 (MQ=255) tGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCtggtg < 8:83945/149‑1 (MQ=255) 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ccGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGccc > 8:105755/1‑149 (MQ=255) ccGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGACTGCCGAGTGTGTTGGCGGTGGTCTGGGCGGTTGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGccc > 6:90935/1‑149 (MQ=255) cgcgGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGc < 7:105755/149‑1 (MQ=255) gTATCCGCCTGCCGTGGGTGTGGGCGGTGGGCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCGCTGCCGGTGCTGATCATcggc < 6:158825/149‑1 (MQ=255) tATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATcggcg < 1:26325/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGttt < 8:128449/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGttt > 7:99723/1‑149 (MQ=255) gCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGtttt < 2:318867/149‑1 (MQ=255) gAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGa > 5:119487/1‑149 (MQ=255) gtCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGAtcgt > 6:109979/1‑149 (MQ=255) gggCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACACCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTcggc > 7:78521/1‑149 (MQ=255) gCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCTGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTcggcgg < 5:27105/149‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCTGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTcggcgg < 5:31963/149‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGCGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTTGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTcggcgg < 7:209557/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCgggg > 4:121045/1‑129 (MQ=255) ccGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCgggg < 3:121045/129‑1 (MQ=255) ccGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGatc < 8:11649/149‑1 (MQ=255) cGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGatca > 4:43328/1‑149 (MQ=255) gggTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGatcat < 3:302200/149‑1 (MQ=255) ggTTTGTCGGGGTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGatcatc < 5:90935/149‑1 (MQ=255) tttGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCgg > 5:64411/1‑149 (MQ=255) cGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCGGCGCtt > 3:104588/1‑149 (MQ=255) gggTTGGTGGTCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCGGCGCTTc > 3:49454/1‑149 (MQ=255) ccGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCGGCGCTTCGGAGAAGCTc > 8:314191/1‑149 (MQ=255) | CTTGCTGTTCAACCGCACGCGCATCGGCCTGGCGCTGCGTGCGGTGGCCGACGATCCCCGCGCGGCGATGAGCGTCGGTATCCGCCTGCCGAGGGTGTGGGCGGTGGTCTGGGCGGTGGCCGGGTTTGTCGGGTTGGTGGCCGGGCTGCTCTGGGGCGCACGCCTGGGGGTGCAGTTCTCGCTCTCGCTGGTGGTGCTCAAGGCCCTGCCGGTGCTGATCATCGGCGGTTTTACCTCGATCAGCGGGGCGATCGTCGGCGGCCTGATCATCGGCGCTTCGGAGAAGCTC > NC_002947/3152310‑3152598 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |