Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,208,940 | T→A | 8.9% | V55E (GTG→GAG) | PP_2813 → | BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,208,940 | 0 | T | A | 8.9% | 145.6 / 2.0 | 52 | V55E (GTG→GAG) | PP_2813 | BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/28); new base A (2/3); total (21/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTCACCGCGGCCTTGCTCGCAGCAGCATTGCCGCTGATGTCTCTTCAGGCCGCGCCGTTGCAGGCCGTGCCGGCCGTACAGGCGAGCAATGCCACGCAGGCCACCATGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGATCC > NC_002947/3208794‑3209086 | attcaCCGCGGCCTTGCTCGCAGCAGCATTGCCGCTGATGTCTCTTCAGGCCGCGCCGTTGCAGGCCGTGCCGGCCGTACAGGCGAGCAATGCCACGCAGGCCACCATGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTgg < 5:92014/149‑1 (MQ=255) atgcaCCGCGGCCTTGCTCGCAGCAGCATTGCCGCTGATGTCTCTTCAGGCCGCGCCGTTGCAGGCCGTGCCGGCCGTACAGGCGAGCAATGCCACGCAGGCCACCATGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTgg < 8:148226/146‑1 (MQ=255) ttcaCCGCGGCCTTGCTCGCAGCAGCATTGCCGCTGATGTCTCTTCAGGCCGCGCCGTTGCAGGCCGTGCCGGCCGTACAGGCGAGCAATGCCACGCAGGCCACCATGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTggg < 6:80699/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccaccaTGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGCGCGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGt > 1:235946/1‑149 (MQ=255) ccaccaTGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCg > 1:95093/1‑116 (MQ=255) ccaccaTGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCg < 2:95093/116‑1 (MQ=255) cGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAAcgcg > 2:85766/1‑149 (MQ=255) ttggctggGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCggg < 3:114532/148‑1 (MQ=255) ggctggGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCggg > 4:114532/1‑147 (MQ=255) cGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTg > 2:74801/1‑149 (MQ=255) ggTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTgg < 2:235946/149‑1 (MQ=255) gcgTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTgg > 5:114636/1‑149 (MQ=255) cgTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTggg < 2:158516/149‑1 (MQ=255) cgTGGTCGC‑CCACGGCAACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTggg < 1:39821/149‑1 (MQ=255) cgTGGGTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGAGAGGTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTggg < 7:218158/149‑1 (MQ=255) gC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGa < 7:43594/148‑1 (MQ=255) gC‑CGTGGGCGACCACGGGGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGAACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGa < 5:222867/148‑1 (MQ=255) cGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTTGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGATcc < 1:85766/149‑1 (MQ=255) cGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGATcc > 5:174513/1‑149 (MQ=255) cGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGATcc > 5:161306/1‑149 (MQ=255) | ATTCACCGCGGCCTTGCTCGCAGCAGCATTGCCGCTGATGTCTCTTCAGGCCGCGCCGTTGCAGGCCGTGCCGGCCGTACAGGCGAGCAATGCCACGCAGGCCACCATGTTGGCCGCTGGCTGGGCCGGTGCGCGCGTGGTTGC‑CGTGGGCGACCACGGTGTCGTGTTGTTGTCCGACGACCAGGGCCTGCAGTGGCGCCAGGCGAGTTCGGTACCGCTGTCCACACCATTGACGGGCGTGTCTTTCGTGGATGCCAAACGCGGGTGGGCGGTTGGCCACTGGGGCGCGATCC > NC_002947/3208794‑3209086 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |