Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,619,378 | A→G | 8.0% | Q410R (CAA→CGA) | codA → | cytosine deaminase/isoguanine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,619,378 | 0 | A | G | 8.0% | 139.3 / 2.4 | 50 | Q410R (CAA→CGA) | codA | cytosine deaminase/isoguanine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/22); new base G (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TATGGCATAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTGCTCACGCCCCTTGG > NC_002947/3619236‑3619511 | tATGGCATAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGttt > 8:102886/1‑149 (MQ=255) tGGCATAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGttt < 2:137527/147‑1 (MQ=255) tGGCATAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGttt < 7:33641/147‑1 (MQ=255) tAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGa > 2:288503/1‑149 (MQ=255) gcggcCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTgttgtt < 5:6635/149‑1 (MQ=255) cggccggcGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGttgttg < 5:126089/149‑1 (MQ=255) ggccggcGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGc < 7:102886/149‑1 (MQ=255) gcGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAg < 8:88147/149‑1 (MQ=255) aCCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCGACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTg > 7:67657/1‑148 (MQ=255) aCCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCGACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTg > 7:63061/1‑148 (MQ=255) ttGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAgg < 1:288503/149‑1 (MQ=255) tgctgTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGggcgg > 5:339798/1‑149 (MQ=255) tCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGttt < 4:200106/107‑1 (MQ=255) tCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGttt > 3:200106/1‑107 (MQ=255) ggCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGc > 4:201749/1‑149 (MQ=255) ccGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTgg < 2:328497/149‑1 (MQ=255) gatgatTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTgttgtt < 6:30626/115‑1 (MQ=255) gatgatTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTgttgtt > 5:30626/1‑115 (MQ=255) tgatTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGc < 2:155804/149‑1 (MQ=255) gatTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGc < 3:201749/148‑1 (MQ=255) ttACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTg > 1:278150/1‑140 (MQ=255) ttACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTg < 2:278150/140‑1 (MQ=255) ttACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGAc > 5:263745/1‑149 (MQ=255) cGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTtg > 4:191810/1‑149 (MQ=255) cGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTtg > 6:224720/1‑149 (MQ=255) gagaTGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTtgt > 5:117795/1‑149 (MQ=255) tGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCAt > 4:222436/1‑149 (MQ=255) gTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGc > 8:112031/1‑127 (MQ=255) gTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGc < 7:112031/127‑1 (MQ=255) gcgcAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCctg > 5:8975/1‑149 (MQ=255) gCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACAcc > 8:114037/1‑149 (MQ=255) gcgTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGAc < 8:282189/121‑1 (MQ=255) gcgTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGAc > 7:282189/1‑121 (MQ=255) gcgTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTc < 6:263745/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAg < 3:191810/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAg > 2:279635/1‑149 (MQ=255) cAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTaa > 1:50226/1‑148 (MQ=255) ggCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTgg > 6:256551/1‑149 (MQ=255) gCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTgg < 7:114037/148‑1 (MQ=255) gCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGc > 6:22151/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCGACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCATAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCt < 8:63061/149‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCGACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCATAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCt < 8:67657/149‑1 (MQ=255) cTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTg < 6:117795/148‑1 (MQ=255) cTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTg < 5:256551/148‑1 (MQ=255) cTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTGc > 8:34911/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGc < 7:315095/93‑1 (MQ=255) tGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGc > 8:315095/1‑93 (MQ=255) tGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTGCTCAc < 6:339798/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTGCTCACGCCCCTTgg > 7:231025/1‑148 (MQ=255) gCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTg > 6:268275/1‑113 (MQ=255) | TATGGCATAGAGGTAGGGCGGCCGGCGAACCTGTTGCTGCTGTCGGCGCCGGATGATTACGAGATGGTGCGCAGCCAGGGGCACGCGTTGGTGTCGGTACGCAATGGCAAGGTGCTGATGCAGCGCACGCCAGCGCAGGTGCAACGTTTGCGCTGACGCTGTTGTTGCCTCAGGTGCACAGGGCGGCCAAGGCGTGGCTTGCGACTTGTGCATCCTGCACTGCAACACCGGTCAGGTCCGCCAAGGTAATCTGGCTGTCGTGCTCACGCCCCTTGG > NC_002947/3619236‑3619511 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |