Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,648,848 | G→A | 8.7% | intergenic (+325/+1366) | PP_3214 → / ← PP_3216 | hypothetical protein/cysteine dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,648,848 | 0 | G | A | 8.7% | 130.1 / 2.3 | 46 | intergenic (+325/+1366) | PP_3214/PP_3216 | hypothetical protein/cysteine dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/23); new base A (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
TACGGTTCAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCCAGCAGGCTGCTGC > NC_002947/3648710‑3648993 | tACGGTTCAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACgg < 2:30526/149‑1 (MQ=255) ggTTCAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCaa < 3:229311/149‑1 (MQ=255) gTTCAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGAATAGGGTCTGTGATTTAATAGGGACCCCGGTAGCTATCTCTGCGTgtaaggg > 1:110127/1‑142 (MQ=255) cAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCg > 3:80217/1‑149 (MQ=255) aaaGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCg < 1:105371/148‑1 (MQ=255) aGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGc < 4:144383/149‑1 (MQ=255) ccTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCAc > 7:253015/1‑149 (MQ=255) tGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCaa > 2:102196/1‑149 (MQ=255) aGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAAt < 8:253015/148‑1 (MQ=255) ccATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGaa < 6:119057/148‑1 (MQ=255) cATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGCCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGa > 8:252528/1‑149 (MQ=255) aTCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGAc > 7:259989/1‑149 (MQ=255) aaTCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCTAGCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTATGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGt > 1:212522/1‑149 (MQ=255) aGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGt < 4:80217/149‑1 (MQ=255) aGGCCAAATTCCCAGCCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCgg < 7:252528/148‑1 (MQ=255) gCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGc < 2:64267/149‑1 (MQ=255) ccAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcc < 2:110127/149‑1 (MQ=255) ccAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTACGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcc > 8:181337/1‑149 (MQ=255) ccAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTACGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcc > 8:186246/1‑149 (MQ=255) cAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcct > 1:195525/1‑149 (MQ=255) cAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTACGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcct < 7:186246/149‑1 (MQ=255) cAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTACGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGcct < 7:181337/149‑1 (MQ=255) aaTTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATc < 6:106981/132‑1 (MQ=255) aaTTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATc > 5:106981/1‑132 (MQ=255) ccAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGa < 4:314767/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGc > 7:197198/1‑148 (MQ=255) gTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGc < 8:197198/148‑1 (MQ=255) ggTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTa > 1:121401/1‑148 (MQ=255) tAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAAc < 2:211536/149‑1 (MQ=255) gCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCg > 1:148267/1‑149 (MQ=255) gCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GGCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAAcc < 4:300603/148‑1 (MQ=255) ccT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCg > 4:238027/1‑147 (MQ=255) cT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGc < 2:143266/132‑1 (MQ=255) cT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGc > 1:143266/1‑132 (MQ=255) tt‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAg > 7:282699/1‑149 (MQ=255) tt‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAg < 5:93318/149‑1 (MQ=255) cTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTcg > 6:33100/1‑149 (MQ=255) gtgCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGACTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGTGTCAGCGTCTGCAGGTagct > 4:227362/1‑148 (MQ=255) cATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCgcggc < 2:195525/148‑1 (MQ=255) aCGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCgg > 6:156561/1‑115 (MQ=255) aCGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCgg < 5:156561/115‑1 (MQ=255) cGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACgcgc < 2:148267/149‑1 (MQ=255) cGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCcag > 1:132606/1‑149 (MQ=255) gTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACGGCCTTCCAATGGATGACCGGCGGCGAGCCTGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCTGCGTCTGCTGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCcagca < 3:238027/149‑1 (MQ=255) tAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCcagcag < 2:212522/149‑1 (MQ=255) gCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCCAGCAGGCtgctgc < 4:253966/149‑1 (MQ=255) | TACGGTTCAAAGCACCCTGAAACCATGAGTGCCATCGCGCTCAAGCTGCGCAATCAGGCCAAATTCCCAGTCCAGGTAGCCCT‑GCATCGCCTCGTGTGGGTT‑‑‑GTCTGTGCCTTCATAGGGACGCCGGTAGCGATCGCTGCGTGGTACGGCAAGGCGGGCCTCACCGCCTTCCAATGGAAGACCGGCGGCGATCCAGCGTGCGGTGCCTCCTGCGAGCACGTAAACCGGCGTGCGGGTCAGCGTCTGCAGGTCGCGCGCGGCGAAACGCGCCAGCAGGCTGCTGC > NC_002947/3648710‑3648993 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |