| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 288,011 | T→C | 7.1% | T33A (ACC→GCC) | tauA ← | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 288,011 | 0 | T | C | 7.1% | 195.6 / 4.8 | 70 | T33A (ACC→GCC) | tauA | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/33); new base C (2/3); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
AGCCCAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCT > NC_002947/287864‑288153 | aGCCCAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTc < 7:272530/149‑1 (MQ=255) ccAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTgg < 2:302076/149‑1 (MQ=255) cAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTgg > 6:123026/1‑148 (MQ=255) 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aCGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGCCTACCAGACCACTGTc > 8:152736/1‑129 (MQ=255) aCGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGCCTACCAGACCACTGTc < 7:152736/129‑1 (MQ=255) gTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCt < 4:162605/149‑1 (MQ=255) tCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGt < 2:327523/148‑1 (MQ=255) cACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGt > 4:118074/1‑147 (MQ=255) 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cgcCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAg < 6:20720/149‑1 (MQ=255) gcCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAgg > 2:227253/1‑149 (MQ=255) ccAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGCGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGgc < 4:186540/149‑1 (MQ=255) cAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGgcg < 5:123026/149‑1 (MQ=255) gATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGc < 4:2545/148‑1 (MQ=255) gATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCg > 1:177128/1‑149 (MQ=255) gATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCg < 3:158075/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTg > 8:198912/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTg > 5:33555/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTGGCTTTTTCGTAGGCGCCATCGACCTGCGCCCCTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGGCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCGGGGGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGc < 5:191143/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCg < 3:259335/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGAGTC‑G‑ACACTGGTCTGGTAGCGCACTGTCAGGTCGGCTGCATGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGCGTCTGGGGGGCGAACAGGCGCAGAGGAGCGGGCGGGAt > 8:112931/1‑149 (MQ=255) tGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGAt > 2:48329/1‑148 (MQ=255) gCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATc < 6:33555/147‑1 (MQ=255) cTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATg < 8:68396/149‑1 (MQ=255) tttttCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATgg < 8:184375/149‑1 (MQ=255) tttttCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCAAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATgg > 5:257292/1‑149 (MQ=255) gTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGaa < 3:320198/148‑1 (MQ=255) gTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAAc > 4:173072/1‑149 (MQ=255) gTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAAc > 2:79684/1‑149 (MQ=255) tAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAAcc > 3:184007/1‑149 (MQ=255) gCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCGGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCg > 4:3287/1‑149 (MQ=255) cATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGt > 5:328462/1‑148 (MQ=255) gACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGc < 1:21016/149‑1 (MQ=255) cgcCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCgg < 3:103381/108‑1 (MQ=255) cgcCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCgg > 4:103381/1‑108 (MQ=255) 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ggTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTc > 1:185685/1‑134 (MQ=255) c‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAg > 7:184104/1‑149 (MQ=255) tg‑ACAGTGGCCTACCAGACCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAg > 3:318396/2‑149 (MQ=255) aCAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGc > 3:202559/1‑149 (MQ=255) cAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCt < 1:48329/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCt < 1:154162/149‑1 (MQ=255) | AGCCCAAGTAGCCGATCTGCACGTCGCCGCTGGCCACGGCAGTGATCACGTCTGCGCCGTTATCAAATTTGCGCCAG‑TCGATGCTGGCCTTGCTGGCTTTTTCGTAGTCGCCATCGACCTGCGCCACTTTGGCCGGGTC‑G‑ACAGTGGTCTGGTAGGCCACTGTCAGGTCGGCTGCCTGGGCCAACCAGCTGGTGCTGGCGAGGGTCAGGGCGGCGAACAGGCGCAGCGGAGCGTGCGGGATCATGGTTGAACCTCTCGTCAGGCAAGTCGTGTTGGATAACGAGAAGGCT > NC_002947/287864‑288153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |