Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,955,081 | G→A | 7.0% | V1768V (GTC→GTT) | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,955,081 | 0 | G | A | 7.0% | 167.0 / 2.1 | 57 | V1768V (GTC→GTT) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/27); new base A (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
CGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTG > NC_002947/3954934‑3955228 | cGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGa < 8:73379/149‑1 (MQ=255) gTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGc > 8:30886/1‑149 (MQ=255) tttGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGcc < 6:162505/149‑1 (MQ=255) tCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGcc > 3:239697/1‑149 (MQ=255) caccaACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGGCCGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTAACCGCCATGTTGCCGtt > 1:217941/1‑149 (MQ=255) caccaACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTg > 1:265781/1‑149 (MQ=255) accaaccaGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGt > 7:149192/1‑149 (MQ=255) caaccaGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCg < 1:119648/143‑1 (MQ=255) caaccaGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCg > 2:119648/1‑143 (MQ=255) ccaGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGc < 5:185377/149‑1 (MQ=255) caGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCg > 2:326832/1‑149 (MQ=255) cGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCa < 5:101666/149‑1 (MQ=255) gTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCAc > 5:265711/1‑149 (MQ=255) gTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCAc > 3:189503/1‑149 (MQ=255) gTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAg < 1:117066/149‑1 (MQ=255) gTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAg > 4:208436/1‑149 (MQ=255) ggCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAgcg < 2:241880/148‑1 (MQ=255) gCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCTCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGcc < 4:239697/149‑1 (MQ=255) 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gg‑CGTTGGGTACATTACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCtt > 3:14092/1‑149 (MQ=255) cGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGGAGCGCCGTTGCCTTCg < 2:14096/149‑1 (MQ=255) cGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCg < 4:189503/149‑1 (MQ=255) cGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCg < 7:15396/149‑1 (MQ=255) cGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCg > 3:224197/1‑149 (MQ=255) gTTGGGTACATTACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCgg < 4:14092/149‑1 (MQ=255) ggTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTAtt < 7:170859/149‑1 (MQ=255) ggTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTAtt > 7:142859/1‑149 (MQ=255) aTCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCg > 6:73948/1‑139 (MQ=255) aTCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCg < 5:73948/139‑1 (MQ=255) cACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCGCCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCt > 8:190305/1‑149 (MQ=255) ttGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATCCCGAAGCGCACCAACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGGCGGTGTCTTGCGGATCACCGGCAg > 5:260134/1‑106 (MQ=255) gcgcGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCgg < 1:278245/148‑1 (MQ=255) gAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCa > 7:104325/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGGCGACCATCGGCCCAGCGCATGt > 3:225819/1‑149 (MQ=255) tGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGt < 6:265711/149‑1 (MQ=255) gCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTc < 2:265781/149‑1 (MQ=255) cGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCTTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCa < 3:313990/149‑1 (MQ=255) cGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTAACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCa < 2:217941/149‑1 (MQ=255) ccATTCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGc < 8:149192/149‑1 (MQ=255) ccATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTCCCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGc > 3:104374/1‑149 (MQ=255) cATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGc > 8:172700/1‑148 (MQ=255) aaGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCGCCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGt < 7:190305/149‑1 (MQ=255) aaGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGt > 3:170708/1‑149 (MQ=255) aGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTAcc < 2:173815/101‑1 (MQ=255) aGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTAcc > 1:173815/1‑101 (MQ=255) ccACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGt < 3:294015/149‑1 (MQ=255) caACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGGCGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTcgc < 4:225819/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTcgcg < 4:170708/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCg > 2:172700/1‑149 (MQ=255) gTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCgg > 6:101359/1‑149 (MQ=255) gTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGgacg < 2:306351/81‑1 (MQ=255) tAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGc < 8:104325/148‑1 (MQ=255) gTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGc > 3:268229/1‑149 (MQ=255) gACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTg < 1:326832/148‑1 (MQ=255) | CGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGGCGTAGGCCATGTGGG‑CGTTGGGTACATCACCAAAGCCCAGGCCATTGGCGCGGCCGAATGGCGAGTCGGGCGCCATGCCGAAGCGCAGCCACAACGGTTCGGTCTTGTAGTTGACCGCCATGTTGCCGTTGTCTTGCGGATCACCGGCAGCGCCGTTGCCTTCGGTATTGATGCCTTCTACCGGACGACCATCGGCCCAGCGCATGTTCAGTGCGCGCTGCCACACCGTGACGAAGTCGCGGTAGTCCGGCTGGCCGCTG > NC_002947/3954934‑3955228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |