Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,138,588 | G→C | 9.5% | S29S (TCG→TCC) ‡ | PP_3643 → | oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,138,588 | 0 | G | C | 9.5% | 127.6 / 4.0 | 42 | S29S (TCG→TCC) ‡ | PP_3643 | oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/18); new base C (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
ACCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAACAGCAGG > NC_002947/4138441‑4138736 | aCCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCgg > 4:159824/1‑149 (MQ=255) acacATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGc < 6:134589/149‑1 (MQ=255) acacATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGc < 3:68967/149‑1 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGCCGACGACCGAGCCGTCGTCGTCCTgg < 3:313149/149‑2 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGa > 8:146207/1‑149 (MQ=255) aTCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGa < 1:148598/149‑1 (MQ=255) tCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGAc > 6:281058/1‑149 (MQ=255) aaCGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGATCTCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCg > 1:115043/1‑149 (MQ=255) cGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGGGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGcc < 2:104460/149‑1 (MQ=255) tAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGa < 6:75867/141‑1 (MQ=255) tAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGa > 5:75867/1‑141 (MQ=255) tAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAgc < 7:251486/149‑1 (MQ=255) aCCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCtt < 7:146207/149‑1 (MQ=255) gcgGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTtctc < 5:281058/149‑1 (MQ=255) gACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCCCCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGCCCGCCAGCGCCTTctcctc > 6:23659/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGt > 5:153701/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGAt < 2:54710/149‑1 (MQ=255) tCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTccc > 1:108897/1‑126 (MQ=255) tCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTccc < 2:108897/126‑1 (MQ=255) cGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTAGCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTg < 4:311513/142‑1 (MQ=255) cGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTg > 3:311513/1‑142 (MQ=255) cGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGcc > 4:188038/1‑149 (MQ=255) gCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCaa > 4:243898/1‑149 (MQ=255) tGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTaca > 6:343953/1‑149 (MQ=255) tCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTacac > 2:29155/1‑148 (MQ=255) cAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTc < 6:92552/147‑1 (MQ=255) aaGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTg < 6:252289/120‑1 (MQ=255) aaGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTg > 5:252289/1‑120 (MQ=255) aaGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGa > 2:44216/1‑149 (MQ=255) aaGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTATCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGa > 4:101214/1‑149 (MQ=255) gAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATg < 4:110764/106‑1 (MQ=255) gCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTa < 3:243898/149‑1 (MQ=255) cTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGa > 4:165701/1‑149 (MQ=255) tCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGATGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGAt > 3:107420/1‑148 (MQ=255) cccGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATc < 6:153701/148‑1 (MQ=255) ccGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCaa < 5:343953/149‑1 (MQ=255) tcatcaCCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGc > 5:108707/1‑148 (MQ=255) tcaCCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCAtt < 1:44216/149‑1 (MQ=255) ccAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACctgc > 3:308830/1‑149 (MQ=255) gccgacgaccGAGCCGTCGTCGTCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTc > 6:141101/3‑149 (MQ=37) gccgacgaccGAGCCGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCAc < 1:34845/139‑1 (MQ=255) gccgacgaccGAGCCGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCAc > 2:34845/3‑141 (MQ=255) gacgGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTg > 4:198535/1‑148 (MQ=255) ggTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAACAGCAgg < 3:165701/149‑1 (MQ=255) | ACCATCAGACACATCAACGATAAAAACCGCGGACCACCGCAGCCCTTCAGAGGTACTCCCGATGATCGACGCAACTGTCTACAAGAACGTTCTGGGCTCCTTCCCGTCCGGCGTTACCGTCATCACCACCCAGGACGACGACGGCTCGGTCGTCGGCCTGACCGCCAGCGCCTTCTCCTCCCTGTCGATGGACCCGCCGCTGGTGCTGTTCTGCCCCAACTACACCTCCGACTCCTACCCGGTACTGATCAAGCAGAAGCGCTTTGCCATTCACCTGCTGTCCGGTGAACAGCAGG > NC_002947/4138441‑4138736 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |