Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,282,243 | G→A | 6.2% | Y329Y (TAC→TAT) | PP_3753 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,282,243 | 0 | G | A | 6.2% | 190.6 / 2.0 | 64 | Y329Y (TAC→TAT) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/30); new base A (2/2); total (32/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.77e-01 |
CCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCAT > NC_002947/4282101‑4282388 | cccGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTc > 5:137561/1‑149 (MQ=255) cTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTTGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTg < 4:87094/149‑1 (MQ=255) cTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTggg < 5:212069/148‑1 (MQ=255) cTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGc < 6:50259/149‑1 (MQ=255) cAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCTTCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGctct < 3:143247/149‑1 (MQ=255) cAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCCGTAGCTCCCTGGGctct > 3:108230/1‑149 (MQ=255) ccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCActtct > 4:152670/1‑149 (MQ=255) cTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCActtctt < 1:112666/149‑1 (MQ=255) cTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCActtctt > 6:185786/1‑149 (MQ=255) cTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCCACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCActtctt < 1:245427/149‑1 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCAGTTCTTGaa > 8:220433/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGaa > 6:341089/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGaa < 8:12763/149‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACg > 1:93103/1‑149 (MQ=255) 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aCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGGGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CTACTTCTTGAACGCCCGGTGGaa < 7:210201/148‑1 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAg < 5:185786/148‑1 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAg < 5:79074/148‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGt < 3:216520/142‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGt > 4:216520/1‑142 (MQ=255) 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gCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCt > 4:312495/1‑148 (MQ=255) gCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGaaa < 6:207615/147‑1 (MQ=255) gCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGaaa > 5:207615/1‑147 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGc < 6:146838/149‑1 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGATAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGc > 2:278148/1‑148 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGATAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCt > 2:274078/1‑149 (MQ=255) tCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAAc < 6:137464/138‑1 (MQ=255) ccACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCg > 7:9364/1‑149 (MQ=255) cACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGCCCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCgg > 3:326731/1‑149 (MQ=255) cACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCgg > 8:265827/1‑149 (MQ=255) tggtTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCg < 5:329114/149‑1 (MQ=255) tggtTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCg < 3:152670/149‑1 (MQ=255) gtTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCgg > 5:52041/1‑148 (MQ=255) gtTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACCCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCgg < 6:99273/148‑1 (MQ=255) ttt‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGAAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGc > 4:242797/1‑148 (MQ=255) cttcGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATg > 8:70510/1‑149 (MQ=255) aTGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACgcgc > 3:96781/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGATAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTc < 1:274078/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGATAGCTCCCTGGCCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTc < 1:278148/149‑1 (MQ=255) aCAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGcc > 2:270520/1‑149 (MQ=255) cAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGc < 4:96781/147‑1 (MQ=255) aGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGc > 5:222946/1‑149 (MQ=255) gTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTATCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCt > 1:259588/1‑149 (MQ=255) aaCGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAg < 3:312495/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGc < 8:9364/149‑1 (MQ=255) 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CCCGCTCCTACAATTCTGGGCGTGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGGTTT‑CTTCGCGGGCATGCCCGCTCCTACAGGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGT‑CCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCAT > NC_002947/4282101‑4282388 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |