| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,348,705 | A→G | 68.9% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 68.9% | 67.7 / 68.1 | 90 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/14); new base G (27/35); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCA > NC_002947/4348589‑4348851 | ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 6:256219/1‑149 (MQ=14) tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 5:252689/148‑1 (MQ=14) tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 8:175413/148‑1 (MQ=31) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 5:50229/148‑1 (MQ=17) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 6:129943/148‑1 (MQ=32) gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc > 3:159303/1‑148 (MQ=17) gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACGTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc > 7:70863/1‑148 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc < 6:181639/147‑1 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa < 7:67396/149‑1 (MQ=17) cATTACGGATACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGGCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa < 4:256338/149‑1 (MQ=12) aTTACGGTTACCAACGAGCCGCCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTCTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCCCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑CCA‑CGCTCATCCCGTCCCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg < 2:95495/149‑1 (MQ=11) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 1:67942/1‑143 (MQ=14) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:67942/143‑1 (MQ=14) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc < 3:141925/149‑1 (MQ=18) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc > 8:290703/1‑149 (MQ=18) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGTCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 7:290703/149‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 4:144774/149‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 5:256219/149‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 5:239353/149‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTCAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 6:220356/149‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTCAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 6:225301/149‑1 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCACCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTAc < 1:79791/149‑1 (MQ=255) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 4:163954/1‑147 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 2:240608/149‑1 (MQ=21) 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1:88642/1‑101 (MQ=255) cTGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 2:88642/101‑1 (MQ=25) tGACTTCT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGa > 2:98270/1‑149 (MQ=21) aCTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTGGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAtt > 1:192258/1‑149 (MQ=21) cTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 4:157610/97‑1 (MQ=37) cTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 3:157610/1‑97 (MQ=37) ttCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTgg < 5:191479/142‑1 (MQ=34) ttCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTgg > 6:191479/1‑142 (MQ=34) ttCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 5:27000/1‑149 (MQ=34) cT‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgtg > 7:27378/1‑149 (MQ=21) t‑GCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc > 1:329875/1‑149 (MQ=21) gCA‑CGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc > 1:8025/1‑148 (MQ=21) cA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGACTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGGCa > 2:196190/1‑149 (MQ=21) cGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAcc < 5:62965/149‑1 (MQ=21) tCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCTACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCa > 5:235792/1‑149 (MQ=21) tCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCa > 2:93874/1‑149 (MQ=34) | TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCT‑GCA‑CGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCA > NC_002947/4348589‑4348851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |