Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,790,319 | T→A | 7.5% | E1174V (GAG→GTG) | pvdI ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,790,319 | 0 | T | A | 7.5% | 155.9 / 3.1 | 53 | E1174V (GAG→GTG) | pvdI | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/25); new base A (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
CGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGCCAGCGCTTCACGGTCCAGGGCACCGGT > NC_002947/4790176‑4790458 | cGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAgg < 8:78313/149‑1 (MQ=255) gTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGAcc > 3:100789/1‑149 (MQ=255) tAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCACAAGGGTGACcg > 5:240983/1‑149 (MQ=255) tAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCACAAGGGTGACcg > 3:213351/1‑149 (MQ=255) cTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCgaga < 7:98848/148‑1 (MQ=255) cTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGAtt < 1:139178/147‑1 (MQ=255) gCTCGCCACGCTGATGCAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGt > 5:243750/1‑133 (MQ=255) gCTCGCCACGCTGATGCAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGt < 6:243750/133‑1 (MQ=255) cTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGt > 5:270903/1‑149 (MQ=255) gCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTg < 4:230958/147‑1 (MQ=255) gCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGa > 3:67793/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGAc > 3:118291/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGAc > 8:125249/1‑149 (MQ=255) cACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGt < 4:156429/144‑1 (MQ=255) cACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGt > 3:156429/1‑144 (MQ=255) aGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAg > 8:309278/1‑113 (MQ=255) aGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc < 8:225043/131‑1 (MQ=255) aGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc > 7:225043/1‑131 (MQ=255) cTTCATTCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTTGATGGCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTGAAATGGTTGCGCCTGCTGCTTCTCAAGGGTGACCGAGAGATTGTAGTGGACTCGCAAGCCTGGca < 6:89286/149‑1 (MQ=255) aTGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCacac < 4:118291/148‑1 (MQ=255) tGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCACAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCt < 4:213351/149‑1 (MQ=255) tGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCACAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCt < 6:240983/149‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTtgctg < 4:326074/149‑1 (MQ=255) cGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGaaa < 4:100789/149‑1 (MQ=255) gTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAAc < 8:236872/149‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAg < 6:270903/148‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAg < 1:149063/148‑1 (MQ=255) gCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAgg > 2:304612/1‑148 (MQ=255) cAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAgg < 8:237505/121‑1 (MQ=255) aGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACg < 7:125249/149‑1 (MQ=255) gTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGc > 4:221724/1‑148 (MQ=255) gAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGa > 5:5158/1‑134 (MQ=255) gAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGa < 6:5158/134‑1 (MQ=255) gAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAAt > 5:68615/1‑148 (MQ=255) gATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGt < 3:221724/148‑1 (MQ=255) gTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATg < 4:237306/134‑1 (MQ=255) gTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATg > 3:237306/1‑134 (MQ=255) gCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGcc > 1:3927/1‑149 (MQ=255) tgcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGc > 5:262951/1‑149 (MQ=255) gcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc > 5:319822/1‑64 (MQ=255) gcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGc < 6:319822/64‑1 (MQ=255) gcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAGACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCt > 2:261196/1‑149 (MQ=255) gcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCt > 7:163596/1‑149 (MQ=255) gcAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCt > 7:171098/1‑149 (MQ=255) cAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGc < 6:68615/147‑1 (MQ=255) cAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCtt < 4:67793/149‑1 (MQ=255) cAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCtt > 5:196721/1‑149 (MQ=255) aCAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTgg > 4:268192/1‑149 (MQ=255) ttGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGc > 3:255451/1‑147 (MQ=255) ggTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGCCAGCGCTTCa < 8:171098/149‑1 (MQ=255) aaGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTc < 7:241223/101‑1 (MQ=255) aaGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTc > 8:241223/1‑101 (MQ=255) cTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGCCAGCGCTTCACGGTCCAgg < 2:3927/149‑1 (MQ=255) ctgctgctCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGCCAGCGCTTCACGGTCCAGGGCACCGGt < 8:163596/147‑1 (MQ=255) | CGAGCAGTAGGTGCTCCTGCTCGCCACGCTGATACAGCTTCATGCGAATCAGCGGCCCGTTGGCAAGGTCGAATGGCTGCTGGATGTCGGCCTGCAACTGCTGCAACAGTTGCGCGGGGTCAAAGGCTTGCGCCTGCTGCTGCTCAAGGGTGACCGCGAGATTGGCGTGGACGCGCAAGCCAGGCACACCTTGCTGCTCTTCGAAACAGGTACGCAATGATTCATGCCGTGACACCAGCGCCGAAAACGCTTGGGCCAGCGCTTCACGGTCCAGGGCACCGGT > NC_002947/4790176‑4790458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |