Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,839,977 | C→G | 8.3% | P115A (CCG→GCG) | ccoN‑II → | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,839,977 | 0 | C | G | 8.3% | 149.1 / 3.8 | 48 | P115A (CCG→GCG) | ccoN‑II | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/21); new base G (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
GCCTTCGGGGGCTGTGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTT > NC_002947/4839836‑4840125 | gCCTTCGGGGGCTGTGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATggg > 4:47354/1‑149 (MQ=255) ccTTCGGGGGCTGTGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGc < 8:298514/149‑1 (MQ=255) cGGGGGCTGTGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ac < 1:214094/148‑1 (MQ=255) ggggCTGAGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑Acacc < 2:272114/149‑1 (MQ=255) tgtgCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑Acaccaccac > 4:310405/1‑149 (MQ=255) cgcTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAg > 4:137803/1‑149 (MQ=255) ttCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATa > 7:254636/1‑149 (MQ=255) gCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGcc < 3:137803/149‑1 (MQ=255) aCCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGcc > 2:100164/1‑147 (MQ=255) ccAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAg < 5:209965/149‑1 (MQ=255) ctacGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGt > 5:39397/1‑149 (MQ=255) tacGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTg > 7:226875/1‑149 (MQ=255) gtgCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCt < 3:47354/149‑1 (MQ=255) tgCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTg > 4:38812/1‑149 (MQ=255) tgCAGCGAACCTGCCAGACCCGTCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACTCCGAGCTGGAGTTGCCGCTg < 7:219275/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTACTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTGGG‑CGCGGGGATCACCATGCCGATGGGAT‑acac > 7:266375/1‑104 (MQ=255) cTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTg < 4:64208/139‑1 (MQ=255) cTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTg > 3:64208/1‑139 (MQ=255) cccGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATc > 4:215934/1‑149 (MQ=255) cGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTAcc > 4:7280/1‑148 (MQ=255) gACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGGCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTa > 5:277642/1‑149 (MQ=255) gACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGGCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTa > 1:340668/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATGCGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTgg > 6:184772/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTgg > 7:283394/1‑149 (MQ=255) gccgccTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGGCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTgg < 2:340668/148‑1 (MQ=255) gccgccTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGGCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTAAGGGCTgg < 6:277642/148‑1 (MQ=255) gccgccTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGgt < 8:226875/149‑1 (MQ=255) cgccTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCTGGCACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGgtg > 1:271945/1‑149 (MQ=255) tCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGGACGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACAACCACCAAGGATTACGCCGCGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCATGCTGGCCATCGTCTGGGTTACGTACGGGCTGGTgttgtt > 1:217128/1‑149 (MQ=255) cACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGttcttc < 8:254636/148‑1 (MQ=255) cACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCg > 6:209321/1‑149 (MQ=255) cACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTCATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGttctt < 5:290397/147‑1 (MQ=255) aCCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCg < 5:209321/148‑1 (MQ=255) cTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACgg < 2:330285/132‑1 (MQ=255) cTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACgg > 1:330285/1‑132 (MQ=255) gCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAAc > 2:154056/1‑149 (MQ=255) aTCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCaa < 3:215934/149‑1 (MQ=255) tcgtcgG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAg < 1:100164/149‑1 (MQ=255) tcgtcgG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAg < 3:7280/149‑1 (MQ=255) cgcgcTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCt < 2:271945/149‑1 (MQ=255) gcgcTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTa > 8:42872/1‑149 (MQ=255) gcgcTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTa > 3:128478/1‑149 (MQ=255) tGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGt > 4:213673/1‑148 (MQ=255) aTCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGt < 3:213673/146‑1 (MQ=255) aTCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTc < 6:39397/147‑1 (MQ=255) aTCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCg < 2:217128/148‑1 (MQ=255) aCCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGTTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCaa < 4:31632/125‑1 (MQ=255) aCCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGTTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCaa > 3:31632/1‑125 (MQ=255) ccGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTgg < 7:42872/147‑1 (MQ=255) ccGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGtt < 8:283394/149‑1 (MQ=255) | GCCTTCGGGGGCTGTGCGCTGTTCGGCACCAGCTACTACGTGGTGCAGCGCACCTGCCAGACCCGGCTGATCTCCGACAGCATGGCCGCCTTCACCTTCTGGGGTTGGCAAGCCGTGATCGTCGG‑CGCGCTGATCACCCTGCCGATGGGCT‑ACACCACCACCAAGGAATACGCCGAGCTGGAGTGGCCGCTGGCGATCCTGCTGGCCATCGTCTGGGTTACCTACGGGCTGGTGTTCTTCGGCACTATCGTCAAACGCAAGACCAAGCACATCTATGTCGGCAACTGGTT > NC_002947/4839836‑4840125 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |