| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,904,996 | A→C | 6.3% | intergenic (‑163/+72) | PP_4312 ← / ← PP_4313 | hypothetical protein/peptidylprolyl isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,904,996 | 0 | A | C | 6.3% | 243.0 / 4.9 | 76 | intergenic (‑163/+72) | PP_4312/PP_4313 | hypothetical protein/peptidylprolyl isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/41); new base C (3/2); total (33/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAGAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGATCGCCCCTAC > NC_002947/4904853‑4905142 | agagAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGcc > 6:80837/1‑149 (MQ=255)agagAATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGcc < 3:35649/149‑1 (MQ=255) gaATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAg < 3:128627/149‑1 (MQ=255) gaATATCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAg < 8:243553/149‑1 (MQ=255) atatCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAgg < 8:123111/148‑1 (MQ=255) atatCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGt < 8:91265/149‑1 (MQ=255) tCGGGTTTACCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTa < 6:201097/148‑1 (MQ=255) aCCCGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTgg < 8:299245/148‑1 (MQ=255) cccGCCACATCGACCTGCTAGTTGCATGGCGCCCGTGCAGGGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGTTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGgt < 8:161800/149‑1 (MQ=255) ccGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCCTTGCCTAgggaac > 5:34860/1‑135 (MQ=255) ccGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCCTTGCCTAgggaac < 6:34860/139‑5 (MQ=255) ccGCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGgtg > 3:56896/1‑149 (MQ=255) gCCACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGACCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGGGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGtt > 5:294772/1‑149 (MQ=255) ccACATCGCCCGGCTAGTTGCAGGGCGCCCGTGCAGTGAATGCCATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTg < 3:317151/149‑1 (MQ=255) 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6:315479/1‑148 (MQ=255) cATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGaa > 5:133685/1‑148 (MQ=255) cATCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGaa > 7:266438/1‑148 (MQ=255) aTCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAac > 3:223992/1‑148 (MQ=255) tCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCTGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAacac > 1:212165/1‑149 (MQ=255) tCCTTGGCAACGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAacac > 5:91784/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCGCGTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAAtt > 3:250555/1‑103 (MQ=255) gTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAAGCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAATGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCcgc < 7:31733/149‑1 (MQ=255) gTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTTGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGATCCTCGGGTTGCAACGTGAAGACTCAATCATCCcgc < 5:124919/149‑1 (MQ=255) gTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGtt < 7:220503/123‑1 (MQ=255) gTGAGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGtt > 8:220503/1‑123 (MQ=255) aGGGTCAGAGTGCCCCGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGt < 7:169470/148‑1 (MQ=255) 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ccccGAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCcag < 7:46169/148‑1 (MQ=255) gAACCCGTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGtt < 4:311188/149‑1 (MQ=255) tccagTTTGGTTCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTACGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTCTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCg < 4:207546/145‑1 (MQ=255) ttCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAagg > 5:67238/1‑149 (MQ=255) ttCCTCCCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAagg > 6:216663/1‑149 (MQ=255) tcctccCTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggt > 1:186420/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGTGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggtcaggt < 4:56896/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAaggtcaggt > 5:146283/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAag < 6:334849/141‑1 (MQ=255) cTGGAGGTGAATGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAag > 5:334849/1‑141 (MQ=255) 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tGCCGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTcggcg < 4:223992/149‑1 (MQ=255) ccctaaccTAGGCCTTGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAAtt > 3:82043/7‑142 (MQ=255) ccctaaccTAGGCCTTGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAAtt < 4:82043/136‑1 (MQ=255) cGTTCCCTAGGCAAGGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCggg < 5:101896/148‑1 (MQ=255) ctaaccTAGGCCTTGCCTAGGTTAGGGGCTGGGTGTTGCGCAATTGTGTAAGGTGCAAGAACCTCGGGTTGCAACGTGAACACTCAATCATCCCGCGTGAGCACTTCCAGCAGTTCGATCTCGAAGGTCAGGTCCGAATTCGGCGGGAt > 7:227851/5‑149 (MQ=255) 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NC_002947/4904853‑4905142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |