Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,015,913 | A→T | 5.9% | intergenic (‑176/+58) | PP_5679 ← / ← PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,015,913 | 0 | A | T | 5.9% | 204.4 / 2.6 | 68 | intergenic (‑176/+58) | PP_5679/PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/32); new base T (2/2); total (34/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
AATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAG > NC_002947/5015771‑5016059 | taaaaGCCCGCGCCGGAGACCGGTGCGGGCTTATACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCggg > 7:113696/4‑149 (MQ=255) tAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGc > 3:217777/1‑149 (MQ=255) tAACCCCGCCCCGGTCTCCCGCGGGGGCTTTTACTTTCCCGGCCGTGGCCAGTATCTGACCCGCACCTACTCCCTTTTGACCTGCTGACACCGTCGGGGCTTTGATTGTGATTGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGc < 8:98638/149‑1 (MQ=255) aaGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGCt < 7:215275/149‑1 (MQ=255) gCCCGCACCTGTCTCCGGCGGTGGTTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAATTACGTCCTTTTGAACTGATGACCGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGc < 7:143802/146‑1 (MQ=255) gCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCtt > 3:39436/1‑148 (MQ=255) gCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGACCGCATAAAgggggga > 8:143802/1‑145 (MQ=255) ccGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTaa > 3:56248/1‑148 (MQ=255) cGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACATTATCTCACCCCAAATTACGTCCTTGTTAACTTATTACAGCGTGTTGGCTTTTATTGTTATAGAAATAA‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTaaaa < 8:15213/149‑1 (MQ=255) cACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACg < 8:195320/149‑1 (MQ=255) aCCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGc > 6:112305/1‑140 (MQ=255) aCCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGc < 5:112305/140‑1 (MQ=255) ccGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGaa < 4:218290/149‑1 (MQ=255) cGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGCCGGGATTAAAACg > 6:146782/1‑146 (MQ=255) tctcCGGCGCGGGCTTTTACTTTCGGGGCCTTGGACAGTATCTTACCCTAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTTTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAgg < 4:74014/149‑1 (MQ=255) tctcCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAATCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAgg > 4:152118/1‑149 (MQ=255) tctcCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAgg > 8:124891/1‑149 (MQ=255) aCTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACGGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTACA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGGTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGcat > 6:136484/1‑148 (MQ=255) 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cTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCAAACGTTGATGGCTCAGAc > 6:21045/1‑148 (MQ=255) cccGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCtt < 7:124891/148‑1 (MQ=255) gAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTACA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAgg > 6:265275/1‑102 (MQ=255) gAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTACA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAgg < 5:265275/102‑1 (MQ=255) gAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGGTCAGACCTTCAGc > 7:314177/1‑149 (MQ=255) aCGTCCTTGTTAACTGATGACAGCTTATTGGCTTTTATTTTTAAATCACAAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCtcatc < 3:40549/148‑1 (MQ=255) cGTCCTTGTTAACTGATGACAGCGTTTTGGCTTTTATTGTGATACCACTACA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCtcatc < 5:137757/148‑1 (MQ=255) tgAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑‑‑AAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTaaaa > 1:65175/1‑76 (MQ=255) tgAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑‑‑AAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTaaaa < 2:65175/76‑1 (MQ=255) aaCTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAg > 7:63356/1‑149 (MQ=255) aaCTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCAAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAg > 3:24173/1‑149 (MQ=255) cTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGca < 8:63356/149‑1 (MQ=255) cTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGca < 4:217777/149‑1 (MQ=255) tattaCAGCGTTTTGGCTTTTATTGTTATAGCACAAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCa < 2:302446/114‑1 (MQ=255) gatgaCAGCGTCTTGGCTTTGATTTTGATATCACTAA‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCa < 2:297815/118‑1 (MQ=255) gatgaCAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTACAAAAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGca > 7:81726/1‑149 (MQ=255) gatgaCAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCt > 5:219898/1‑116 (MQ=255) gatgaCAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCt < 6:219898/116‑1 (MQ=255) cAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTc > 4:220088/1‑149 (MQ=255) aGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCg > 2:299670/1‑149 (MQ=255) gCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCgt < 4:160541/149‑1 (MQ=255) cTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGc > 4:111368/1‑149 (MQ=255) ggCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGc < 1:299670/146‑1 (MQ=255) tttGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCt > 4:116569/1‑149 (MQ=255) gATTGTGATAGCATTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCtga < 3:3007/148‑1 (MQ=255) aTTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCtgat < 3:116569/148‑1 (MQ=255) ttGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCtgatga > 1:257836/1‑149 (MQ=255) ttGGGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCtgatga < 4:56248/149‑1 (MQ=255) gtgATACCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTgatgat < 2:257836/148‑1 (MQ=255) tgATAGAACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCTCCTAAAGTCGGGCTTAAAAAGAAGAGTGTAATTCAGCTGGCATCATTTCCAACGTTTATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCATCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGatgatg < 5:146782/148‑1 (MQ=255) caaaaaaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATAATTGCAAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCAACAAGGACCCAAAGCACAGCTTCGTGTGCCAATCAGAAGATGCGATCCAAtt > 8:134450/3‑148 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTc < 8:81726/147‑1 (MQ=255) aaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGtt < 3:220088/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCATGTTCg > 6:130230/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGt > 6:36828/1‑149 (MQ=255) gCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTg < 1:144126/149‑1 (MQ=255) gCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGAc > 2:267911/1‑147 (MQ=255) gCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGAc > 7:58954/1‑147 (MQ=255) gCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACaa > 7:201756/1‑149 (MQ=255) aaGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAagag > 3:154251/1‑147 (MQ=255) | AATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACTAC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAG > NC_002947/5015771‑5016059 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |