| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,825 | G→T | 38.4% | intergenic (‑75/+54) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,825 | 0 | G | T | 38.4% | 29.2 / 24.0 | 26 | intergenic (‑75/+54) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/8); new base T (7/3); total (15/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACG > NC_002947/337679‑337969 | gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt < 3:295802/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGTTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgtg < 7:212922/147‑1 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgtg < 3:204816/147‑1 (MQ=255) gCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGc < 4:23226/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGt < 5:158180/149‑1 (MQ=255) gtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGgcgc < 8:25481/101‑1 (MQ=255) gtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGgcgc > 7:25481/1‑101 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 8:36552/1‑148 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAg > 8:74778/1‑148 (MQ=21) ccGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa > 4:287301/1‑149 (MQ=21) ccGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa > 7:285780/1‑149 (MQ=255) tCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGaa > 1:4897/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 3:287301/148‑1 (MQ=25) cacaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 2:168082/1‑147 (MQ=25) cacaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 6:96509/1‑147 (MQ=25) cacaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 2:162902/1‑149 (MQ=25) cacaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGCTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACCCGCAACCAGCGCACCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 4:309402/1‑149 (MQ=21) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 5:121185/1‑146 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 7:36552/149‑1 (MQ=255) caGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:162902/149‑1 (MQ=25) 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cAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTa < 1:210361/141‑1 (MQ=255) | GTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACG > NC_002947/337679‑337969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |