Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,171,438 | T→A | 10.6% | M508L (ATG→TTG) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,171,438 | 0 | T | A | 10.6% | 124.8 / 6.4 | 47 | M508L (ATG→TTG) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/25); new base A (3/2); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
GCTCTTCATCACGCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAGGA > NC_002947/5171294‑5171584 | gCTCTTCATCACGCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGccc > 3:142457/1‑149 (MQ=255) tcatcaCGCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCtt > 1:173386/1‑149 (MQ=255) catcaCGCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTGACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCATCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCtt < 6:279088/148‑1 (MQ=255) gCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCAc > 1:48820/1‑148 (MQ=255) gTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATg < 5:23586/149‑1 (MQ=255) cgcgGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGaa < 2:173386/148‑1 (MQ=255) gcggcgCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGa < 6:255820/149‑1 (MQ=255) cAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGa < 1:321425/149‑1 (MQ=255) aGGCTCTTGCCCACGTGGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCTATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGAt < 2:209825/149‑1 (MQ=255) aGGATGTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGAt < 3:50464/149‑1 (MQ=255) aGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGAt < 4:44750/149‑1 (MQ=255) aTCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCAc > 7:278508/1‑149 (MQ=255) cacACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGAATGTGCTCCCTCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCAcc > 6:75348/3‑149 (MQ=255) ccACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCAccc > 8:233744/1‑149 (MQ=255) cGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGACGAAGACCTTGATCACTTCACCCGAc < 8:272801/149‑1 (MQ=255) gttgtCGGCAGCTAATCGCGGAACTCGATGTGGGGCGGTACCTTGTAGCCGGTTACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACTATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTtctc < 7:315694/146‑1 (MQ=255) gtCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTc < 5:196856/149‑1 (MQ=255) aTCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGa < 2:48820/149‑1 (MQ=255) tCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGAt < 1:269609/149‑1 (MQ=255) tCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGAt < 7:233744/149‑1 (MQ=255) aaCTCGATGTCGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCAACTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCAGGCTTGACCACGATGAACACCTTGATAACTTCACCAGACTTCACCTCCGGCACACCGATGGCTgc > 5:116343/1‑149 (MQ=255) aCTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTgcg > 5:246223/1‑149 (MQ=255) tAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAac < 8:255681/149‑1 (MQ=255) tGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCt > 3:198322/1‑149 (MQ=255) gCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTc < 8:278508/149‑1 (MQ=255) aCGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCGTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTTCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCa < 1:266637/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACt < 8:127991/96‑1 (MQ=255) ccTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACt > 7:127991/1‑96 (MQ=255) cTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGt > 7:200727/1‑149 (MQ=255) cTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAg < 6:246223/148‑1 (MQ=255) cTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGc > 7:153191/1‑149 (MQ=255) ttGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCAGACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGACGCCAACACGTCTTCCTGCTCGTTGGGGTTTACGTTGAAGcc < 6:116343/149‑1 (MQ=255) ttGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTACCAGCTCGTTGGCGTAGACGTTGATGcc > 8:143691/1‑149 (MQ=255) tGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGccc > 6:44651/1‑149 (MQ=255) gTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCTCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCg < 5:241943/148‑1 (MQ=255) tcgtggTCAAGCCGGGCATGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGAGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTAGAAGccc > 7:57743/5‑146 (MQ=255) aCGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGt > 6:12487/1‑130 (MQ=255) aCGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGt < 5:12487/130‑1 (MQ=255) aCGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGAc > 6:235543/1‑149 (MQ=255) tggTCAAGCCGGGCATGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGAcc > 4:290152/2‑149 (MQ=255) tggTCAAGCCGGGCATGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGAc > 4:214985/2‑148 (MQ=255) gTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGaa < 5:22156/137‑1 (MQ=255) gTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGaa > 6:22156/1‑137 (MQ=255) tCAAGCCGGGCATGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAgg < 3:290152/149‑1 (MQ=255) tCAAGCCGGGCATGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAgg < 3:214985/149‑1 (MQ=255) aTGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAGGa < 8:153191/148‑1 (MQ=255) aTGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGCCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAGGa < 5:75348/148‑1 (MQ=255) | GCTCTTCATCACGCAGTTCGCGGCGCAGGATCTTGCCCACGTTGGTGGTCGGCAGCGAATCGCGGAACTCGATGTGGCGCGGTACCTTGTAGCCGGTAACGTTGGCACGCATGTGCTCCATCACCTGCTCCTTGGTCACGGTCATGCCCGGCTTGACCACGATGAAGACCTTGATCACTTCACCCGACTTCTCGTCCGGCACACCGATGGCTGCGCACTGCAGCACGCCCGGCAGGGCCGCCAACACGTCTTCCAGCTCGTTGGGGTATACGTTGAAGCCCGAGACCAGGA > NC_002947/5171294‑5171584 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |