Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,182,065 | T→G | 14.7% | intergenic (‑123/+31) | PP_4560 ← / ← csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,182,065 | 0 | T | G | 14.7% | 144.6 / 19.3 | 64 | intergenic (‑123/+31) | PP_4560/csbD | ribonuclease BN/stress response protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/20); new base G (4/5); total (38/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 |
GCGCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGC > NC_002947/5181922‑5182205 | gcgcAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAAccc < 1:265838/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCAccc < 2:95380/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCgag < 3:320235/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGcgaag < 4:4613/149‑1 (MQ=255) cGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAagag > 7:315567/1‑149 (MQ=255) gggAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGc < 7:42586/149‑1 (MQ=255) aaaTCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCgg > 5:189670/1‑148 (MQ=255) tCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCCCGGGTTCACACGAGAAGAGGCCGGCAcc > 3:202261/1‑149 (MQ=255) cATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCg > 5:44160/1‑149 (MQ=255) cATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCg > 1:100802/1‑149 (MQ=255) tcCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagt > 8:19752/1‑148 (MQ=255) ccTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtc > 8:65531/1‑148 (MQ=255) cTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTGAAATCGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTGCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtc < 5:314441/147‑1 (MQ=255) cTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtcaa < 5:285507/149‑1 (MQ=255) cTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtc > 6:285507/1‑147 (MQ=255) tttCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtcaag > 5:151358/1‑149 (MQ=255) tttCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAAAAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCtcaagtcaag > 5:28689/1‑149 (MQ=255) gTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCAt > 3:1570/1‑149 (MQ=255) aGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTca > 1:232583/1‑148 (MQ=255) 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gTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTcc < 8:315567/149‑1 (MQ=255) atattAGACCGTCCCCGAGTTGGGCTGCGCCCGGCCTTGGTTGATTAATTTGCTTACTAATAAGTGCCGCCCTGTTCGCGGGTTCACCCTATAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTccc < 6:189670/144‑1 (MQ=255) tAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGAc < 2:232583/149‑1 (MQ=255) cGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACctgct > 3:174733/1‑149 (MQ=255) gCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTgcg > 4:291168/1‑149 (MQ=255) gCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTgcg > 5:170581/1‑149 (MQ=255) ccGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcc > 7:112723/1‑149 (MQ=255) cGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGcgcct < 6:151358/149‑1 (MQ=255) ggctgctCCCGGCCGGGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTCCCGGCGTCTGCGCGGGTTCACCCGAGACGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCttt < 4:222576/148‑1 (MQ=255) ctgctCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGa < 3:291168/149‑1 (MQ=255) 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gaagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCgccttgcctt > 3:259857/1‑149 (MQ=255) aagaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCTGGTTCAACCGAGAAGAGGCCGGCACAGCCTCAATTCAAGGCTTCTTCACCGCATCATTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGACTTTGATCTCCTGCgccttgcct > 7:309195/1‑147 (MQ=255) agaaTTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTc < 6:170581/148‑1 (MQ=255) cattttGCTTACAAATATGGGCCGGCGTCTGGGGGGTCCCACCCGATAAGCGCCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCgg < 6:28689/146‑1 (MQ=255) tttGCTTACTAATAAGGGCGGGCCTCTGCGCGGTTTCACCCGATATGCGCCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGcc < 4:174733/148‑1 (MQ=255) cTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAg > 7:227236/1‑149 (MQ=255) ttACCAATAAGAGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCAGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCATCTTCACCGCATCATTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGGCTCGCCTTTGAGCTCCTGCCCCTAGCCTTCGcccagacgc > 8:141179/1‑143 (MQ=255) aCGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCtt > 4:165329/1‑149 (MQ=255) gAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCCCCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCtttt > 3:41887/1‑149 (MQ=255) aaTAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTc < 6:164901/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGt > 7:110445/1‑149 (MQ=255) tGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGAc > 7:276645/1‑89 (MQ=25) tGCCGGCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGAc < 8:276645/89‑1 (MQ=25) tGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTc > 3:245441/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCgg > 7:45678/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTc > 4:3363/1‑149 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGt > 4:80001/1‑148 (MQ=255) ccTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 5:333581/144‑1 (MQ=255) ccTCTTCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg > 6:333581/1‑144 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGGCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCAc > 7:73716/1‑149 (MQ=255) ttCTCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGACTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCtag > 7:287583/1‑147 (MQ=255) ttCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg < 6:144255/140‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCg > 5:144255/1‑140 (MQ=255) cgcgGGTTCACCCTATAATAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGc < 8:45678/148‑1 (MQ=255) | GCGCAGGTCGGGGAAAATCATAGCGTCTCCTTTCGCCGCTTGATCGTTACACAGGCAAGTCTAATAGACCGTGCCCGAGCTGTGCTGCTCCCGGCCGTGGTTGAAGAATTTGCTTACGAATAAGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGAGAAGAGGCCGGCACCGCCTCAAGTCAAGGCTTCTTCACCGCATCCTTCACATTTCCCTTGACCTGCTGCGCCTCGCCTTTGAGCTCCTGCGCCTTGCCTTCGGCCCGCAGCTTTTCGTTGTCGGTCACCTTGC > NC_002947/5181922‑5182205 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |