| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,499,508 | +C | intergenic (+85/‑79) | trpS → / → zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,499,506 | 1 | . | C | 95.1% | 119.2 / 0.1 | 41 | intergenic (+83/‑81) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (23/16); total (25/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCAC‑GGCTTTGCCGGTGT‑T‑TCGGG‑CA‑CG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGA‑CGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACGCGGC > NC_002947/1499361‑1499648 | gCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑cg‑cc < 1:380406/149‑1 (MQ=37) cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑cg‑ccc < 8:89265/149‑2 (MQ=37) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAg < 4:107731/148‑1 (MQ=21) ccTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCCCCAAACACGCCCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCATTGGCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑cg‑cccgcg > 7:202250/1‑120 (MQ=21) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGc < 3:265367/136‑1 (MQ=21) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCCAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TAGCGGG‑CACCC‑CCGCTCCCACACACAGATTGc > 4:265367/1‑136 (MQ=18) gAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAAGCGCCGCCGTGCATTGCACC‑CGCATTTCCCGTGT‑TAGCGGGCCA‑GC‑CCGCGCCCCCACACTGATTTGCATTAAGCggggca > 6:138420/1‑144 (MQ=12) aGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATAGCTACACTGA‑CGGCCCGttttttt > 6:201827/1‑147 (MQ=21) aaCGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACC‑GGCTTTGCCGGTGT‑TCGCGGG‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTATGCGGGCCTATCGCTACAGTGA‑CGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCt < 1:279747/149‑1 (MQ=21) 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ggg‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGA‑CGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTccc < 8:271851/130‑1 (MQ=255) g‑CA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGAGCGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACgcggc > 1:103011/1‑149 (MQ=255) | GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCAC‑GGCTTTGCCGGTGT‑T‑TCGGG‑CA‑CG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGA‑CGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACGCGGC > NC_002947/1499361‑1499648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |