| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 2,866,957 | (TTGCTCTGC)1→2 | coding (595/993 nt) | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2866948 | 3 (0.030) | 129 (1.290) +TTGCTCTGC |
71/542 | 0.1 | 97.8% | coding (604/993 nt) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| ? | NC_000913 | 2866949 = | 3 (0.030) | coding (603/993 nt) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor | |||||
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AATTTCACGACCTACATCTTCCAGTGTTGCCGCTTCGTACCCCAGCAAACCGAATCGACGTGCCAGCACTTCACGCTGTTTGGCGTTCAGCTCGAACAGCCATTTGACGATGCTCTGCTTCATATCGTCATCTTGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCA‑‑‑G‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACC > NC_000913/2866667‑2867246 | cccaatttcacgacctacatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcttgctct < 2:649100‑M2/7‑1 (MQ=255) acctacatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCgatctctgtt > 1:133178‑M2/283‑298 (MQ=255) acctacatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGAtct < 2:133184‑M2/14‑1 (MQ=255) cctacatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatccccacccagcgggttgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttctccagtttctttgcTTGCTTTGCGCTTGCTTcc > 1:879873‑M2/282‑300 (MQ=255) acatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCa > 2:252459‑M2/279‑300 (MQ=255) acatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaaccatacggctgacgtcatcaactggcttttccagttgctcttcTTGCTCTTCTAACTCTTccgtc > 1:812371‑M2/279‑298 (MQ=255) acatcttccagtgttgccgcttcgtaccccagcaaaccgaatcgacgtgccagcacttcacgctgtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaaggcgcgcgttaagcagaagcatacggctggcgtcatcaactgagttatccagttgccctgcttgcgttggcaacctgtccgcag > 1:507757‑M2/279‑282 (MQ=255) 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gtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCtt > 2:32572‑M2/215‑301 (MQ=255) gtttggcgttcagctcgaacagccatttgacgatgctctgcttcatatcgtcatcttgcgtggtatcttccggaccgttctctttttcatcggccaggatgtccagcaacgctttttcggaatcaccacccagcggggtgtctaccgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCtt > 2:513107‑M2/215‑301 (MQ=255) tgggggtacggtcagaaatccattggacgaggctcgtcttcatatctgcatctttcgtggtatcttgcgtaccgttctcgttttcatgggccaggctgtccatcaacgctttgtcggaatcaccacccagcggggtgtctactgaggtaatgcgctcgttaagacgaagcatacggctgacgtcatcaactggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTAc < 1:574529‑M2/90‑1 (MQ=255) 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ggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGACTAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGACGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAACCTTCTCTCCCGCGCGGACTCGCCCCAGTCTCCCCTCTTCTATAAGGTCCCGCAACCCCACCACACCATTgccacac > 1:327644‑M2/21‑297 (MQ=255) ggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGtt < 2:785912‑M2/121‑1 (MQ=255) ggcttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCCGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATTTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCCGGTTGCGTATGTTGAGACGCGGAACCCACGTTCCGGGTCAAACTTCGCTACCGCTCGGATCAGCCCCACGTTGCCCTTTTCGATCAGGTCCAGCAACGCCGACCCACgattccccgac > 1:709445‑M2/21‑296 (MQ=255) tttatcctgttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAAcgg < 2:314815‑M2/283‑1 (MQ=255) tttatccagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAAcgg < 2:848748‑M2/283‑1 (MQ=255) cagttgctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGATCCAGCAACGCCGGACCACGATTGCCATACAGTCGGGc > 2:571023‑M2/13‑300 (MQ=255) gctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATACGGTCCAGCAACGCCCGCCCACGATTTCACTAACGGCGGGCacttgt > 1:211470‑M2/8‑299 (MQ=255) gctctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACAACGTTCCGGGCCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGAAAAGGCCCATCAACGCCCACCCACCATTGCCATCACGGCGGGCaattgt > 1:609878‑M2/8‑299 (MQ=255) ctgcTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTa > 2:409060‑M2/5‑300 (MQ=255) | AATTTCACGACCTACATCTTCCAGTGTTGCCGCTTCGTACCCCAGCAAACCGAATCGACGTGCCAGCACTTCACGCTGTTTGGCGTTCAGCTCGAACAGCCATTTGACGATGCTCTGCTTCATATCGTCATCTTGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCA‑‑‑G‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAATCGTCTGGCGAATCCACCAGGTTGCGTATGTTGAGAAGCGGAAACCACGTTCCGGGTCAAACTTCTCTACCGCGCGGATCAGCCCCAGGTTGCCCTCTTCGATAAGGTCCAGCAACGCCAGACCACGATTGCCATAACGGCGGGCAATTTTTACC > NC_000913/2866667‑2867246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |