New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4168745 | 53 (0.510) | 3 (0.030) | 3/562 | 9.7 | 4.6% | noncoding (105/2904 nt) | rrlB | 23S ribosomal RNA of rrnB operon |
? | NC_000913 | = 4210139 | 72 (0.720) | noncoding (97/2904 nt) | rrlE | 23S ribosomal RNA of rrnE operon | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
CACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCACCTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGC > NC_000913/4209848‑4210316 | cACTTGCTGGTTTGGGAGTGAAAGTCACCTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAGTCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTACGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAAcc < 2:843126/301‑1 (MQ=11) ttgtggtttttTGAGTGAAAGTCACCTGCCTTCATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATGGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACGTCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAAcc < 1:763704/291‑1 (MQ=2) gtgagtgaAAGTCACCTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCACCACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGGGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCGCTGGCAGTCAGTGGCGATGAAGGACTGGCAAATCTGCGATACGCGGCGGTAAGGTGTTATGAACCTGTATAAcctggcacttgccaa > 1:552253/1‑288 (MQ=11) tgagtgaAAGTCACCTTCCGTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGTTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAAt < 1:672242/301‑1 (MQ=11) tgaacTGCTTTAATATATCAAAACTCATCGTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAAGCGTGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAGCGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGGACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAAccc < 2:49061/297‑1 (MQ=2) ttggcTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGGGATTTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTTAAAATTAAAACACTGAACAACGAAAGGTGTTCGTGAGTCGCGCAAATTTTCGCAAAACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAgtg < 1:497845/297‑1 (MQ=2) ttgcatgaaTCTCTGAAAAATAATATTGGGGTGATGTTTGAGATATTTTCTCTTTAAAAATCTGGATCAATCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGATATTTGTTCGTTAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAgtg < 1:847122/294‑1 (MQ=11) tGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGATCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAgtgt < 2:184722/301‑1 (MQ=11) tccTTAATATCTCAAAACTTATCTTCGGGTGATGTTTGAGAGATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAATCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAgtgtg < 1:330098/300‑1 (MQ=11) gCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGAGTACACGGTGGATGCATGGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGAAGTGCTAATCTGCGAAAAGGGTCGGTAGGGGGAGTTCAACCGTTGTAACCGTAGCTTTCGAAATGGGGAAACCCatgtgg > 1:864353/1‑296 (MQ=11) 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ccTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGAAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAACAGTACACGGTGGATGACCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACGTTTATACCCGTCAGTTTCCGCATGTGGAAACCCAgtgtgt > 1:843411/1‑301 (MQ=11) tatCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGac < 2:897400/301‑1 (MQ=11) tagctcaatgtacatcgttggggtaTGTTGGAGGTATTTTGGATTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTTAAAAACTGAATAACGAAAGTGGGTCGTGAGTCTCGCAAAGTTTCGAAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCGTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACGAAGCGTAAACGGTGGATGCCCGGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGCAACCCAGTGTGTTTCGac < 1:690574/277‑1 (MQ=11) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |