| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | NC_000913 | 3,440,071 | Δ20 bp | coding (940‑959/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3440071 | 3440090 | 20 | 98 [0] | [0] 98 | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 3440070 | 0 (0.000) | 97 (1.260) | 53/488 | 0.2 | 100% | coding (960/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| ? | NC_000913 | 3440091 = | 0 (0.000) | coding (939/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit | |||||
CGATCTCGTTATCACGAGTACGGGCGAATGCCAGACGACGATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3439774‑3440070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTT > NC_000913/3440091‑3440367 CGATCTCGGTATCACGAGTACGGGCGAATGCCAGACGACGATTAGCAACGCTATCAGTCTTGGCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGAC < 1:397273/301‑1 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CTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTC > 2:321567/1‑211 nTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGG < 2:747705/217‑1 GGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAACGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGAAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGCTCGGATCGAACTCGGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGt > 1:288412/1‑299 CATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAG < 2:95153/217‑1 ttgtataatagccagCAGTAAAACCTTAACCTGTTATCCGGTTACTCGTCATCGATGCTTTCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGCGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGAGATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCCGATCGTCAACAGGTCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGT < 1:450741/286‑1 atggccTATCCTTCTCCGAAAAACCGTGACCGGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGGTGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTGTAAGGAGCTCAAACTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTTGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGg < 2:38972/212‑2 ACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGn > 2:532075/1‑217 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ACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTA > 1:258689/1‑300 ACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGAACGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGATGACGTt > 1:9984/1‑299 ACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACACTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTCCCAAGGTACGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTCCGCTGTCCCCGACCACCGATATAGTGGTTAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGG > 2:88472/1‑218 ACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGGGGACAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGACTTTAATCGCAGTAAGAGAGTTTTTACCAAGGTTCGGCGTATTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTCGCAGACCGG > 2:466541/1‑218 CAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGGAGCCAGCACGTCGTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTCGGCGTTTTCAGGAGCTCAACCTAGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTCGCAGAGAGGACAGTAGATTCaa > 2:450732/1‑216 CAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCTCTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCA > 1:197625/1‑301 CAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTC > 2:570497/1‑216 CAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCATCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATC > 1:474472/1‑91 CAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCATCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATC < 2:474462/91‑1 GTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTc > 1:275414/1‑176 AAACCTTAACCTGGGATCCGGTTACTAGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGGCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAA < 1:560781/301‑1 ACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAAC > 1:47664/1‑221 ACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCGCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCACTTCCAGATCGT > 2:167385/1‑217 CCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGC < 1:607036/301‑1 TTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAAC < 2:47663/218‑1 CCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGG > 2:372563/1‑218 CCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGG > 2:112141/1‑218 aTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTG > 1:88260/2‑301 GTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTG > 1:667228/1‑301 TCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACTGGAAGCCAGTACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTCCCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTAGGTACGCTGTACCAGATCACCGATAAAGTGGGTAGCATCTGCTTTACGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCCATTCCAGATCGTCAACAGGGCGAAGCAGGATCGGCGCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTACGTACACGCAAGATTCCCGTTGTTATGCCAGAATTGTT > 1:439988/1‑301 GCTTGCCGGTGGCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGACAGAACTGTGGn > 2:659930/1‑217 CCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTn > 2:742227/1‑217 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NC_000913/3439774‑3440070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTT > NC_000913/3440091‑3440367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |