| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 172,978 | C→T | A506V (GCG→GTG) | fhuB → | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 172,978 | 0 | C | T | 88.2% | 49.9 / ‑6.9 | 17 | A506V (GCG→GTG) | fhuB | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (5/10); minor base G (2/0); total (7/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGAT > NC_000913/172834‑173120 | cggcggTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAg < 1:87091/150‑1 (MQ=255) gATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATgcgc < 1:92583/150‑1 (MQ=255) tCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGGTGGCGTTAAGCACCGCGTTCCCCCTGCTTTTTGTGATGGTGCAGGCAAGGGGGGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGGTTTTCGGTTCGACCCACAAAGCGGCCGATGCGCCggg > 2:87291/1‑148 (MQ=255) tCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGGTGGCGGTAAGCACCCCGCTCACCCTGCTTTTTATGATGTTGCCGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGGGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGGTCGACCTACAACGCGAACGCTGCGCAGGt > 2:311430/1‑149 (MQ=255) cacaCCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGgcg < 2:82690/151‑1 (MQ=255) acacCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGgcgc < 1:155697/151‑1 (MQ=255) gTATGTTACTGGCGGGGGTGGCGGTTAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTTTTGGTGTTGCAGGGAAGTGGGGACCCGCGAAAGGGGCAAGTGGTGGCCTGGGTTTTCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGGCTGGCGCACCgg > 2:260119/1‑151 (MQ=255) aTGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGGTCACCCTGCTTTTTATGATGTTGCAGGCAAGTGGGGACCCCCGAATGGTGCCAGTGCTGACCTGGGTTTCCGGGTTGACCTACAACGCGGCCGATGCGCAGGGCTGGCGCCCCggga > 2:248608/1‑149 (MQ=255) cgTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTAccc < 1:248610/150‑1 (MQ=255) cgTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTAccc < 1:139973/150‑1 (MQ=255) atgatgTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCgctgg > 2:300554/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCAt < 1:222829/151‑1 (MQ=255) cAAGTGGTGACCCGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTAc < 1:41051/150‑1 (MQ=255) cccGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGggtggt > 1:237304/1‑151 (MQ=255) cccGCGAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGggtggt > 2:198144/1‑151 (MQ=255) cgcgAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGa < 1:112007/151‑1 (MQ=255) cgAATGGTGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGAt < 1:141276/150‑1 (MQ=255) | CGGCGGTGACGCTGTTGATCATTATGATCGCCGCCGGCCGCGGTGGATTTTCCCCACACCGTATGTTACTGGCGGGGATGGCGTTAAGCACCGCGTTCACCATGCTTTTGATGATGTTGCAGGCAAGTGGTGACCCGCGAATGGCGCAAGTGCTGACCTGGATTTCCGGTTCGACCTACAACGCGACCGATGCGCAGGTCTGGCGCACCGGAATTGTGATGGTGATTTTGCTGGCGATTACCCCGCTGTGCCGCCGCTGGCTGACCATTTTACCGCTGGGTGGTGAT > NC_000913/172834‑173120 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |