| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 44.9% | 186.6 / 21.8 | 107 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/10); new base C (0/48); total (49/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801969‑802268 | aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAacc < 2:849376/151‑1 (MQ=255) aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAac < 2:655158/150‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAaccacc < 2:284513/151‑1 (MQ=255) cTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgccg > 1:453742/1‑151 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGt > 1:1143503/1‑151 (MQ=255) ggCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGt > 1:393645/1‑150 (MQ=255) ggCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGt > 1:965122/1‑150 (MQ=255) gTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTAtt > 2:809576/1‑150 (MQ=255) ggTGTTTTTGGGTTTTTCCTTGGCGGCATTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGTTCGGAACCTTACCCGACGGTGCGTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGc < 2:1140985/151‑1 (MQ=255) tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGtt > 2:1053118/1‑150 (MQ=255) tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct > 2:136595/1‑151 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 1:2362/1‑151 (MQ=255) tGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct > 2:496971/1‑151 (MQ=255) ggTTTTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct < 1:39294/150‑1 (MQ=255) aTTTCCCGGGGGGCCTTTGTGGGGTTGGTTATCAAGCCTTTCCGGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATCTTTCCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg < 2:445575/151‑1 (MQ=255) aTTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:160789/1‑149 (MQ=255) aTTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 2:792563/1‑149 (MQ=255) tttCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg < 1:77561/150‑1 (MQ=255) 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gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACct > 1:463252/1‑151 (MQ=255) cggcCTTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAACTTACCCGCCGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:704949/151‑1 (MQ=255) gcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCCGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggc > 2:267389/1‑151 (MQ=255) cATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg > 1:1108613/1‑151 (MQ=255) cATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg > 2:231970/1‑151 (MQ=255) aTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg > 1:365092/1‑151 (MQ=255) ttGTGGGGCTGTTTATCAACCCTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAACTTACCCGAGGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 1:577025/149‑1 (MQ=255) gtgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtgt > 1:412036/1‑151 (MQ=255) gggggCTGTTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt < 1:209278/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTTATCAAGCCTTCCCCGGACCCTGTCGTATTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc < 2:497786/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |