| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 21.5% | 109.7 / 21.0 | 65 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/28); new base C (14/0); total (37/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
ACCAGCGTGATGACGTTCGCGTTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTAT‑CACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAATAA > NC_000913/3875233‑3875808 | tccaaagtgtggaCTTTCGATTTTGCCGTACTTGTGATGTAGTACATTCTTATGTTTTTGTTCTACAATTTAGTTAACAAAAAGAAAAATGCATAAGAAAATAACAAGAACAAGGCAGAAATCGAAAACGTGATAGCAGGAGCTAAACAAGAGGGGAAATAGGGTATGCATTCAACGGCTTAGCTAATCATTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAATGATTTTTTAAGGCTGCTTGTTTGTGCCCTCTGACGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCAt < 2:730434/290‑1 (MQ=255) tgcatatcgcgtgcttgTAGTGTAGTACAAGCTATTATTTTTGTATTACAATTTAGTGCAAAATAATAACAATGTATAAGAAAATAACATAATTTTGACCAAAAACTGAAAAAGGAAATAAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTAAGATTTCAACGGCTTAGCTACTCGGTTAAAAGATTAATCATGATGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCGGCCTATTTATTCCCTCTGGTGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTc < 2:56492/292‑1 (MQ=255) ttGACGTGAGTGTAATGTAGTACAAACTAATATAGTTGGACTACAATTTAGATGAAAAAAAGAACAATGAAGAAAAAAATGAAATGCGTCGGGAAGAAATCTGAAAAGGGATATCAAGAGATAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTAAACGGATTAGAGACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGACAGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATATCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGaa < 2:375238/301‑1 (MQ=255) aaCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGAcccc > 2:152006/1‑300 (MQ=255) aaCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCa > 2:847138/1‑301 (MQ=255) cTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGGTTTGCTTGAACAAAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGTAGTCAAACACCAt > 2:330347/1‑300 (MQ=255) cTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTGGTTTCCCATACGGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGCCACCAt > 2:553575/1‑300 (MQ=255) cTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTTTCCTTTACATAAAAAGGTGGTTCAGGAACTTATCAATctatttacaaaacaata > 2:875504/1‑285 (MQ=255) cTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTGATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTGCTATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTAAGACAccgt > 2:729903/1‑298 (MQ=255) tataTTGGTGTACTACAATTAAGGTCACAATAAGAAACATGGATAATAAAATAACAGGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAATGAATATCAAGGGATAAACAAAAGGGAAAGAAAAGTATTCATTCAACGTCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGATGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAAGCGGCCGGTTGATACCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCAc < 2:653081/301‑1 (MQ=255) ttgttgTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTGTCTTTTGCTTTACAGCAAAGATTACGTCTGGAAAGAATTTATCCCAGTCAGAACCCAttattgcg > 2:666175/1‑294 (MQ=255) gttgtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTggg > 2:746479/1‑299 (MQ=255) gttgtACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCA‑GCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGGTCTCCTTTACCACAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTa > 2:657603/1‑301 (MQ=255) 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tCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAACAAAAAAGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATTGAACAAAAGGCTATGTCTTAGTATGGAACTCGCTGGATTAc > 2:521952/1‑300 (MQ=255) gggATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTAT‑Ca > 2:619203/1‑299 (MQ=255) gggATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCCTTACAGAAAAGGGTAGTTCAGGAAATTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCCGTCCAAAGATTGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTTT‑Ca > 2:416938/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |