| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1992 | 2954 (0.290) | 244 (0.030) | 33/148 | NT | 9.9% | intergenic (+225/+101) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 2020 | 1699 (0.180) | intergenic (+253/+73) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 5614 total aligned reads displayed.
TCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1902‑2082 | tCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG > 1:4953257‑M1/1‑91 (MQ=255) cATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGt < 1:4582525/91‑1 (MQ=255) cATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGt > 2:1358221/1‑91 (MQ=255) aTGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTc > 1:3081579/1‑91 (MQ=255) gAAGGTAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGGCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGTCGAATGTCGg > 2:1233586‑M2/1‑90 (MQ=255) gAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTTAGAAGAACCCTTAACTAAACTTTCAGACGAATGTCGg > 2:4808383‑M2/1‑90 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |