| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,107,417 | G→A | 5.8% | intergenic (+52/‑116) | pdhD → / → USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,107,417 | 0 | G | A | 5.8% | 977.8 / 33.3 | 290 | intergenic (+52/‑116) | pdhD/USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/117); new base A (14/3); total (170/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCTTTTTTGTTTTAGGTAAAGTAATGTAAGGAAATTGATTTGAGATATCGTTAACATGTGACATGCATGTTATACTAGCGATGCTAACAA > USA300TCH1516_ALE/1107327‑1107507 | gcagAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACg < 2:4361444/91‑1 (MQ=255) agAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGc > 2:3696011/1‑91 (MQ=255) agAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGc > 1:1651139/1‑91 (MQ=255) agAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGc < 1:4457866/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCt > 2:1805255/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCt > 1:5091632/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |