| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,187,338 | C→T | 5.8% | G242D (GGT→GAT) | rsbU ← | Phosphoserine phosphatase RsbU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,187,338 | 0 | C | T | 5.8% | 1297.7 / 43.4 | 382 | G242D (GGT→GAT) | rsbU | Phosphoserine phosphatase RsbU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (180/179); new base T (10/13); total (190/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
CATCCGTTAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATGGT > USA300TCH1516_ALE/2187249‑2187428 | cGTTAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTTTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTTCACTGATTCCTAACACTCTACCTCTa > 2:5428075/1‑91 (MQ=255) gTTAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTaa > 1:4412661/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAAc < 2:3519582/91‑1 (MQ=255) tAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACt > 2:5834207/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACt > 2:2231406/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACt > 2:3046523/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTAAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACt > 2:13603/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTg > 2:64075/1‑91 (MQ=255) aaaTGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGa < 1:591804/91‑1 (MQ=255) aaaTGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGa < 1:2762990/91‑1 (MQ=255) aaaTGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGa > 2:3412752/1‑91 (MQ=255) tGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAAt < 1:4173569/91‑1 (MQ=255) tAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAAtt < 1:1487384/89‑1 (MQ=255) tAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATttc < 2:1127961/91‑1 (MQ=255) tAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATttc < 2:4630319/91‑1 (MQ=255) tAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATttc < 2:1689359/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATttctt < 2:2271867/91‑1 (MQ=255) aaaTCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCaa > 2:818329/1‑91 (MQ=255) aaaTCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCaa > 1:4668021/1‑91 (MQ=255) aaTCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCaaa < 2:3167970/91‑1 (MQ=255) aaTCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCaaa > 2:5700096/1‑91 (MQ=255) atcatcAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAt < 2:5507428/91‑1 (MQ=255) tcatcaAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAtt < 2:4172534/91‑1 (MQ=255) tcatcaAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAtt > 1:1085084/1‑91 (MQ=255) catcaAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttc < 2:1790804/91‑1 (MQ=255) atcaAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttct < 1:1979146/91‑1 (MQ=255) tcaAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGCTTATGAACTGATTCCTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTGCTTCAAAttctt > 2:3749093/1‑91 (MQ=255) caAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttcttc > 2:4735688/1‑91 (MQ=255) caAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttcttc > 1:165056/1‑91 (MQ=255) caAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttcttc > 2:2866959/1‑91 (MQ=255) caAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttcttc > 1:431782/1‑91 (MQ=255) caAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAAttctgc > 1:1198820/1‑89 (MQ=255) atatTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTc < 1:4045672/91‑1 (MQ=255) ttGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTGTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAgc < 2:3469064/91‑1 (MQ=255) ttGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAgc > 1:4957063/1‑91 (MQ=255) tGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAgcg > 1:3612091/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAGCTGATTCCTAACACTCTACCTCTAAATGAAATTTCTTCAAATTCTTCTCTTTCAGcgcg > 1:5350806/1‑91 (MQ=255) tCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATaaa > 1:3466723/1‑91 (MQ=255) cTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAat > 1:1828499/1‑91 (MQ=255) cTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAat < 1:216236/91‑1 (MQ=255) cTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAat < 1:2910486/91‑1 (MQ=255) cTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAat > 1:2359162/1‑91 (MQ=255) cTTGTTGTTGATATCATTTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACGTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGCTAAat < 2:5751237/91‑1 (MQ=255) ttgttgttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTGACACTCTACCTCTAACTGAACATTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAata > 2:4916528/1‑91 (MQ=255) gttgttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAatata < 1:3822377/91‑1 (MQ=255) gttgttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCAATAAatata > 2:1279146/1‑91 (MQ=255) ttgttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAATACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAatatat > 1:3041353/1‑91 (MQ=255) tgttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATc < 2:5469204/91‑1 (MQ=255) gttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAAGTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATcc > 2:4125448/1‑91 (MQ=255) gttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATcc < 1:67056/91‑1 (MQ=255) ttgATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCa < 2:2666236/91‑1 (MQ=255) tgATATCGTGTTTGTAAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAg > 1:3721620/1‑91 (MQ=255) tatCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCt < 1:2981439/91‑1 (MQ=255) tatCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCt < 1:813400/91‑1 (MQ=255) tatCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCt < 1:4939689/91‑1 (MQ=255) atCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTc > 1:2465274/1‑91 (MQ=255) tCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCa < 2:1476384/91‑1 (MQ=255) tCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCa < 1:3255727/91‑1 (MQ=255) cGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCAt > 2:1927996/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATg > 2:5577452/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATg > 2:4004758/1‑91 (MQ=255) tgtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGa > 2:296094/1‑91 (MQ=255) gtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGAc < 1:1907819/91‑1 (MQ=255) gtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGAc > 1:4589270/1‑91 (MQ=255) gtTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGAc < 1:4825343/91‑1 (MQ=255) tttGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGAcc > 1:5459892/1‑91 (MQ=255) ttGTGAACTGATTCCTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCa > 1:2723913/1‑91 (MQ=255) ttGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCa < 2:4284084/91‑1 (MQ=255) tgAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCt < 1:1041027/91‑1 (MQ=255) aaCTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAGTTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGa > 1:95171/1‑91 (MQ=255) aaCTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATa > 2:505822/1‑64 (MQ=255) aaCTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATa < 1:505822/64‑1 (MQ=255) aaCTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGa > 1:268560/1‑91 (MQ=255) cTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAAc < 1:2042394/91‑1 (MQ=255) cTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAAATTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAAc < 2:3567973/91‑1 (MQ=255) tGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt < 1:3951627/91‑1 (MQ=255) tGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt < 2:3362733/91‑1 (MQ=255) tGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt > 2:2037837/1‑91 (MQ=255) tGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt < 2:5632570/91‑1 (MQ=255) tGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt < 2:4512514/91‑1 (MQ=255) gATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACta > 2:2539106/1‑91 (MQ=255) aTTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtac > 1:258828/1‑91 (MQ=255) ttCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTGATGACCAGCTGAACtaca > 1:5761181/1‑91 (MQ=255) tCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaa < 2:928672/91‑1 (MQ=255) tCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaa < 2:3614867/91‑1 (MQ=255) ccTAACACTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaat < 2:2394308/91‑1 (MQ=255) ccTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAACGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaat > 1:3344296/1‑91 (MQ=255) tAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTGAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaatac < 1:5169854/91‑1 (MQ=255) tAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaatac > 1:3143004/1‑91 (MQ=255) acacTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACtacaatacaa < 1:561687/91‑1 (MQ=255) cacTCTATCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTacaatacaat > 1:1957398/1‑91 (MQ=255) acTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTAcaatacaata > 2:5259733/1‑91 (MQ=255) acTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTAcaatacaata > 1:2821772/1‑91 (MQ=255) acTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTAcaatacaata < 1:1319664/91‑1 (MQ=255) ctACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGATCCTGACCAGCTGAACTACAATCCAATAAAt > 2:4451630/1‑91 (MQ=255) tACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATg > 2:4816650/1‑91 (MQ=255) aCCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACt > 1:5259714/1‑75 (MQ=255) aCCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATgg < 2:365415/91‑1 (MQ=255) aCCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATgg > 2:2147818/1‑91 (MQ=255) ccTCTAACTGAAATTTTTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATGGt > 2:1528450/1‑91 (MQ=255) | CATCCGTTAAAATGATAATTAAATCATCAAGGTATATTGGAATTTCTTGTTGTTGATATCGTGTTTGTGAACTGATTCCTAACACTCTACCTCTAACTGAAATTTCTTCAAATTCTTCTTTTTCAGCGCGATAAATATATCCAGGCTCATGACCAGCTGAACTACAATACAATAAATGGT > USA300TCH1516_ALE/2187249‑2187428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |