| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,187,722 | G→A | 7.3% | P114L (CCA→CTA) | rsbU ← | Phosphoserine phosphatase RsbU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,187,722 | 0 | G | A | 7.3% | 1044.0 / 48.9 | 315 | P114L (CCA→CTA) | rsbU | Phosphoserine phosphatase RsbU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (137/155); new base A (9/14); total (146/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CCATCGTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAT > USA300TCH1516_ALE/2187632‑2187812 | cATCGTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTgg < 2:2966253/91‑1 (MQ=255) aTCGTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGa < 1:4307586/91‑1 (MQ=255) cGTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAat > 1:2296950/1‑91 (MQ=255) gTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAata > 2:687321/1‑91 (MQ=255) gTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAata < 1:4529906/91‑1 (MQ=255) gTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAata < 2:3337859/91‑1 (MQ=255) ttATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTTAATACTATCAAATTGTGGAatat > 1:2245516/1‑91 (MQ=255) ttATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAatat < 2:3117956/91‑1 (MQ=255) ttATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAatac > 1:3716153/1‑90 (MQ=255) tATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATc > 2:919157/1‑91 (MQ=255) tGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTg > 2:5808869/1‑91 (MQ=255) ggTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGt > 2:1863545/1‑91 (MQ=255) ggTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGt < 2:1370255/91‑1 (MQ=255) ggTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGt < 2:1477551/91‑1 (MQ=255) ggTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGt < 2:4472556/91‑1 (MQ=255) gTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGtt > 2:5699010/1‑91 (MQ=255) tCAATTAAATTAAAATAATCTCCACCTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAAGTGTGGAATCTCTGttt > 2:5590162/1‑91 (MQ=255) cAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGtttt < 2:2801894/91‑1 (MQ=255) attaaattaaAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAGTAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTaa > 1:4407079/1‑91 (MQ=255) ttaaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAg < 1:52512/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAg < 2:2219415/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAg > 1:4472005/1‑91 (MQ=255) ttaaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAg < 2:2114803/91‑1 (MQ=255) taaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGc < 2:1246406/91‑1 (MQ=255) aaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCa < 1:2130437/91‑1 (MQ=255) aaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCa < 2:5284126/91‑1 (MQ=255) aaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAGCa < 2:208225/91‑1 (MQ=255) aaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAGCa < 2:2257613/91‑1 (MQ=255) aaattaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAAAGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCa < 1:3668216/91‑1 (MQ=255) attaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAtt > 1:2748046/1‑91 (MQ=255) attaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAtt > 1:675291/1‑91 (MQ=255) attaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAtt > 2:806428/1‑91 (MQ=255) ttaaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTCAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAttg > 1:4853933/1‑91 (MQ=255) taaaATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAttgt < 2:3320708/91‑1 (MQ=255) aaaTAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAttgttt > 1:3298368/1‑91 (MQ=255) aataatCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAttgtttg > 2:3062494/1‑91 (MQ=255) aataatCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCAttgtttg > 2:1753287/1‑91 (MQ=255) aatCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTttgttg > 1:788125/1‑91 (MQ=255) atCTCCTCTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTtgttgt < 1:596550/91‑1 (MQ=255) atCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTtgttgt < 1:343171/91‑1 (MQ=255) atCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTtgttgt > 2:3737647/1‑91 (MQ=255) atCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTtgttgt > 2:4090678/1‑91 (MQ=255) tctcCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTa > 1:4803380/1‑91 (MQ=255) tctcCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTa > 2:1146082/1‑91 (MQ=255) tcCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAg < 2:5087140/91‑1 (MQ=255) cACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCt < 2:2583933/91‑1 (MQ=255) cACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCt > 2:591299/1‑91 (MQ=255) acttacttTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTCTCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGCTTGTTGTAAGCTa > 2:4452866/1‑91 (MQ=255) cttacttTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAg < 1:1114462/91‑1 (MQ=255) cttTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGc < 1:4224748/91‑1 (MQ=255) cttTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGc > 1:1286778/1‑91 (MQ=255) tttttGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCt < 1:1863545/91‑1 (MQ=255) tttGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTaa > 2:4635900/1‑91 (MQ=255) ttGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAg > 1:4719369/1‑91 (MQ=255) gtgCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTc > 2:4856383/1‑91 (MQ=255) gtgCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTc > 1:4145686/1‑91 (MQ=255) tgCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCt < 1:4383224/91‑1 (MQ=255) gccgccACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTa > 1:1900367/1‑91 (MQ=255) gcagccACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTa < 1:5403597/88‑1 (MQ=255) cgccACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTAtc > 2:1044949/1‑91 (MQ=255) gccACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTAtct < 1:1655954/91‑1 (MQ=255) ccACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTAtctc > 2:5006665/1‑91 (MQ=255) aCTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGATAGAAGCTAAGTCTATCTCtt < 2:786172/91‑1 (MQ=255) cTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCttt < 1:2670339/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATc > 2:1645556/1‑91 (MQ=255) aaTAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCg > 1:1350832/1‑91 (MQ=255) tAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTg < 1:3169338/91‑1 (MQ=255) aaCGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGa > 1:561575/1‑91 (MQ=255) aaCGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGa < 1:36011/91‑1 (MQ=255) aCGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGaa > 2:1588524/1‑91 (MQ=255) cGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAAc < 2:3950168/91‑1 (MQ=255) gCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACt > 1:2405591/1‑91 (MQ=255) cAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTg < 2:3651109/91‑1 (MQ=255) cAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTg > 2:1868910/1‑91 (MQ=255) aTTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGaa > 1:3790481/1‑91 (MQ=255) tttGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGCTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAg < 1:5697153/91‑1 (MQ=255) tttGAATACTAACAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAg > 1:2810190/1‑91 (MQ=255) gAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGttt < 1:3050175/91‑1 (MQ=255) aaTACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTa < 1:1191768/91‑1 (MQ=255) aTACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTAt > 2:429267/1‑91 (MQ=255) aTACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTAt > 2:4799979/1‑91 (MQ=255) aTACTATCAAATTGTGGAATATCTGTGTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTAt < 2:5772912/91‑1 (MQ=255) tACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATc < 2:4342917/91‑1 (MQ=255) aCTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCt < 1:1009690/91‑1 (MQ=255) aCTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCt < 1:2926969/91‑1 (MQ=255) cTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTa > 2:4538554/1‑91 (MQ=255) cTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTa < 1:1753287/91‑1 (MQ=255) tATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTAc > 1:2778466/1‑91 (MQ=255) tATCAAATTGTAGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTAc > 2:5233178/1‑91 (MQ=255) aTCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTAcc < 2:2864403/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAg < 1:1535398/76‑1 (MQ=255) tgtgGAATATCTGTTTTAAGCATTGGTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTGTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCttt < 2:5421789/91‑1 (MQ=255) gtgGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTg < 1:195015/91‑1 (MQ=255) gtgGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTg > 2:880014/1‑91 (MQ=255) tgGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTCTCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGa < 2:3940170/91‑1 (MQ=255) ggAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAt < 1:2544864/91‑1 (MQ=255) ggAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAt > 1:5195435/1‑91 (MQ=255) ggAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAt > 1:5329400/1‑91 (MQ=255) ggAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAt > 1:906640/1‑91 (MQ=255) ggAATATCTGTTTTAAACATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAt > 1:5542219/1‑91 (MQ=255) | CCATCGTTATGGTCAATTAAATTAAAATAATCTCCACTTACTTTTTGTGCCGCCACTGAAATAACGCCAATTTGAATACTATCAAATTGTGGAATATCTGTTTTAAGCATTGTTTGTTGTAAGCTAGAAGCTAAGTCTATCTCTTTATCGTGAACTTGAAGTTTATCTACCAATCTTTGAT > USA300TCH1516_ALE/2187632‑2187812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |