| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 99,276 | 0 | G | C | 5.1% | 1525.3 / 54.6 | 413 | intergenic (+70/+2) | USA300HOU_RS00465/tetA_1 | hypothetical protein/Tetracycline resistance protein, class C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (176/216); new base C (12/9); total (188/225) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |