| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,480,963 | C→A | D7021Y (GAC→TAC) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,480,963 | 0 | C | A | 99.1% | 1219.0 / ‑6.4 | 321 | D7021Y (GAC→TAC) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (151/166); total (154/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TACCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGATTCATAGC > USA300TCH1516_ALE/1480876‑1481050 | aCCTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAAtt < 1:2181448/91‑1 (MQ=255) cTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGc < 2:1739073/91‑1 (MQ=255) cTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGc > 1:4597257/1‑91 (MQ=255) cTTGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGc < 1:5651294/91‑1 (MQ=255) ttGTGCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCt > 1:2528333/1‑91 (MQ=255) tgtgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTg > 2:3947152/1‑91 (MQ=255) gtgCTTCTGTAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGt < 1:2398427/91‑1 (MQ=255) gtgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGt < 2:4289059/91‑1 (MQ=255) tgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTa > 1:116727/1‑91 (MQ=255) tgCTTCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTa > 2:4867715/1‑91 (MQ=255) tCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTg < 1:1814929/91‑1 (MQ=255) tCTGCAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTg < 2:6581021/91‑1 (MQ=255) cAACAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCgtg < 2:4959595/91‑1 (MQ=255) aCAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgtt > 1:484532/1‑91 (MQ=255) cAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgttg > 2:4605275/1‑91 (MQ=255) cAGTAGTCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgttg > 2:2232854/1‑91 (MQ=255) agtagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTTTGCTTTTTTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgttgt > 2:1449895/1‑91 (MQ=255) agtagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgttgt > 1:4085760/1‑91 (MQ=255) agtagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGtgttgt > 2:2749265/1‑91 (MQ=255) gtagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTgttgtt < 2:2789362/91‑1 (MQ=255) tagtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGttt < 2:5155265/91‑1 (MQ=255) agtCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTa > 2:3295170/1‑91 (MQ=255) tCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGc > 2:1092227/1‑91 (MQ=255) tCGATTGTTGTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGc > 1:4384723/1‑91 (MQ=255) ttgttgTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCtttt > 2:2143261/1‑91 (MQ=255) ttgttgTACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCtttt < 1:1418284/91‑1 (MQ=255) tgttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCttttt < 2:3171869/91‑1 (MQ=255) tgttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCttttt < 1:469185/91‑1 (MQ=255) gttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTc < 2:2048610/91‑1 (MQ=255) gttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTc < 2:2670467/91‑1 (MQ=255) gttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTc > 2:923870/1‑91 (MQ=255) gttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTc < 1:6017772/91‑1 (MQ=255) ttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTTAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCa < 2:1878500/91‑1 (MQ=255) ttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCa < 1:1993594/91‑1 (MQ=255) ttgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCa < 1:3407858/91‑1 (MQ=255) tgtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCaa < 1:1746494/91‑1 (MQ=255) gtACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAg > 1:1294756/1‑91 (MQ=255) tACCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAgg < 1:2412982/91‑1 (MQ=255) aCCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTCAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGt > 1:5457762/1‑91 (MQ=255) aCCAATTGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGt > 2:1141755/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGa > 1:5126243/1‑91 (MQ=255) tGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAg < 1:3928134/91‑1 (MQ=255) tGTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGGTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAg < 2:5012645/91‑1 (MQ=255) gTTTTAATGCCTCTTTTTTTGAATTTGTTAAATGGCTTAAATCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTAGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGt > 2:6105768/1‑91 (MQ=255) gTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGt > 1:4521865/1‑91 (MQ=255) gTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGt > 1:2226182/1‑91 (MQ=255) gTTTTAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGt > 2:1978057/1‑91 (MQ=255) ttttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTa > 2:1389212/1‑91 (MQ=255) tttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTAc > 2:835791/1‑91 (MQ=255) tttAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTAc > 1:771121/1‑91 (MQ=255) tAATGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCa > 2:3140401/1‑91 (MQ=255) aaTGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACTGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAt > 1:5030231/1‑91 (MQ=255) aaTGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAt > 2:4416616/1‑91 (MQ=255) aaTGCCTCTTTTTGTGCATTTGTTAAATGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCAt > 2:3992253/1‑91 (MQ=255) 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aaaTGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCa < 2:285872/91‑1 (MQ=255) aaTGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCttt > 2:5920554/1‑79 (MQ=255) aaTGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCAc < 2:2426368/91‑1 (MQ=255) aaTGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCAc < 2:4330017/91‑1 (MQ=255) tGGCTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACtt < 2:3648632/91‑1 (MQ=255) cTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGAt > 2:5183183/1‑91 (MQ=255) cTTAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGAt > 1:320993/1‑91 (MQ=255) ttAAACCGTAAATTGCTGTATTTGCGTGTTGTTTAGCTTTTTCAAGGTTTTGAGTACCATTAAGCGCTGCTTTTGTAGCATTCACTTGAtt < 2:263466/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |