New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	41 (1.130)	26 (1.000) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	18/200	0.3	47.1%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAG  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512756                                                                                                                                          |                                                                                                                                         gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                       <  1:35437/141‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                       <  1:123755/141‑1 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                       <  2:346850‑M1/4‑1 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                       <  1:287492‑M1/4‑1 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                       <  1:272672‑M1/4‑1 (MQ=255)          cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                              >  1:194723‑M1/129‑141 (MQ=255)          aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                              >  2:378818/1‑141 (MQ=255)            catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagacgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                            >  2:385510‑M1/127‑141 (MQ=255)            catgccgaacacagaagttaagccccttagcgtcgatgttagtcgaacttacgtgccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                            >  2:234453‑M1/127‑141 (MQ=255)            cataacgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                            >  2:137252‑M1/127‑141 (MQ=255)                     aacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtagaacttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaataaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg                                                                                                                   >  2:96898‑M1/118‑140 (MQ=255)                       gtgtAATTTTTACTTTTGTGAATCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                 <  1:21814/141‑1 (MQ=255)                       gtgtAATTTTTACTGCTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                 <  1:21797/141‑1 (MQ=255)                       cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                 <  2:194466‑M1/26‑4 (MQ=255)                         gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATCAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                               >  1:375612/1‑141 (MQ=255)                          aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattatggataaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                              <  2:54027‑M1/29‑1 (MQ=255)                             tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                           <  2:82496/141‑1 (MQ=255)                                ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                        <  1:403022/141‑1 (MQ=255)                                 tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTCTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                       >  2:249247/1‑141 (MQ=255)                                  ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                      >  1:98374‑M1/105‑141 (MQ=255)                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                     >  2:375063/1‑141 (MQ=255)                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                     >  1:311345/1‑141 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  1:367954/141‑1 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  1:97603/141‑1 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  1:93253/141‑1 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  1:93190/141‑1 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  1:159791/141‑1 (MQ=255)                                      ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                  <  2:360366/141‑1 (MQ=255)                                         ttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                               <  2:165984/141‑1 (MQ=255)                                          tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAATTTAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                              <  1:109799/141‑1 (MQ=255)                                          cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                              >  2:276840‑M1/97‑141 (MQ=255)                                          cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagtattttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                              >  1:383064‑M1/97‑141 (MQ=255)                                           gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                             <  2:246825‑M1/46‑1 (MQ=255)                                            tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                            >  2:133063‑M1/95‑141 (MQ=255)                                            tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttgtaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAATAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTTTAATTAATGCTTg                                                                                            >  2:321916‑M1/95‑141 (MQ=255)                                            aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                            >  2:288882/1‑141 (MQ=255)                                                gTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                        <  1:169065/141‑1 (MQ=255)                                                    gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                    >  2:366958/1‑141 (MQ=255)                                                      aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                  >  1:283800/1‑141 (MQ=255)                                                       aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTATGAAATAACTTGAATTACTAACTAAACTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                 >  2:379975/1‑141 (MQ=255)                                                       aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                 >  1:291034/1‑141 (MQ=255)                                                          acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                              <  1:105577‑M1/61‑1 (MQ=255)                                                             tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                           <  1:67707/141‑1 (MQ=255)                                                               cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                         >  2:206912‑M1/76‑141 (MQ=255)                                                                gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                        <  1:277911‑M1/67‑1 (MQ=255)                                                                 ttaattatttatTAAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                       <  2:25030/137‑1 (MQ=255)                                                                 gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                       <  2:304945/141‑1 (MQ=255)                                                                 gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATAAATATTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                       <  2:49023/141‑1 (MQ=255)                                                                  tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTAATAAAATCTATAATTAGTTCTTGTCGGTAAGAAAA‑TGAACATTGa                                                                     >  1:291635‑M1/73‑141 (MQ=255)                                                                       tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                 <  2:4723‑M1/74‑1 (MQ=255)                                                                        tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                >  1:16181/1‑141 (MQ=255)                                                                           gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                             <  1:70222/141‑1 (MQ=255)                                                                              gaacgttgccaggcagttttttaatctatttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                          <  2:200801‑M1/81‑1 (MQ=255)                                                                              gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                          <  1:175668‑M1/81‑1 (MQ=255)                                                                                   aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGCATGACAata                                                     <  1:356784/141‑1 (MQ=255)                                                                                     ggcaggcagttttttaaacaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                   >  2:72051‑M1/54‑141 (MQ=255)                                                                                     gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                   <  1:108737‑M1/88‑1 (MQ=255)                                                                                       caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                 <  2:169862‑M1/90‑1 (MQ=255)                                                                                                     tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                   <  1:351698/141‑1 (MQ=255)                                                                                                     atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                   >  1:50360‑M1/38‑141 (MQ=255)                                                                                                     atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAATCCaa                                   >  2:137544‑M1/38‑141 (MQ=255)                                                                                                      aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                  >  2:57933/1‑141 (MQ=255)                                                                                                      aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTACTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                  >  2:262322/1‑141 (MQ=255)                                                                                                              tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                          >  1:246825‑M1/29‑141 (MQ=255)                                                                                                              aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                          >  2:218155/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                        <  1:104848‑M1/115‑1 (MQ=255)                                                                                                                gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTCATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                        <  1:209784‑M1/115‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCTACGTTAATGCCAAAAAACGTAACtata                     >  2:140983/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                    aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                    <  1:72541/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                         taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc               <  2:198591‑M1/124‑1 (MQ=255)                                                                                                                         tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc               >  2:57002/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                          aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa              >  2:228246‑M1/17‑141 (MQ=255)                                                                                                                          aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa              <  1:70091/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                              tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa          <  1:357996‑M1/129‑1 (MQ=255)                                                                                                                              tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa          <  2:104250‑M1/129‑1 (MQ=255)                                                                                                                                  ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat      >  2:292408/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                    agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt    >  2:31316‑M1/7‑141 (MQ=255)                                                                                                                                     gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGGAACTATAAGTTACAaacattatgta   <  1:306507‑M1/136‑4 (MQ=255)                                                                                                                                      ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg  <  2:234206‑M1/137‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                         GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAG  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512756

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.