| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 27 (0.840) | 32 (1.440) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
25/180 | NT | 63.2% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512483‑512759 | acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa < 2:351557‑M1/4‑1 (MQ=255) cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTACAGAAAATTCATTTTaaaaa > 2:42818/1‑141 (MQ=255) gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg > 1:62011/1‑141 (MQ=255) acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg < 1:152660‑M1/6‑1 (MQ=255) ttcccatgccgaacaccgaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt > 1:361688‑M1/131‑141 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttattcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa < 2:265290‑M1/13‑1 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa < 1:252826‑M1/13‑1 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa < 1:233943‑M1/13‑1 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaactgacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc > 1:33183‑M1/128‑141 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttgatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTaaa < 1:16259‑M1/19‑1 (MQ=255) cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGATGAGTAAACACATAACTTTAATTTTTATCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAtt > 2:380783/1‑140 (MQ=255) aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt < 1:330315/141‑1 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga > 2:302628‑M1/117‑139 (MQ=255) gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa‑t > 1:67937/1‑141 (MQ=255) gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa‑t > 1:208478/1‑141 (MQ=255) 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1:245760‑M1/86‑141 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGATAAGaaa < 1:305615‑M1/58‑1 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa < 1:305397‑M1/58‑1 (MQ=255) cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg < 2:126853‑M1/62‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:258527‑M1/74‑141 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 1:209064‑M1/68‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:279625‑M1/74‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 1:351557‑M1/73‑141 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTAAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtgta > 2:27664/1‑138 (MQ=255) atagagtaaaacgttggcaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 2:273184‑M1/69‑141 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:296024/141‑1 (MQ=255) ttattgAGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTATATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTg < 2:300902/138‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa > 1:334284‑M1/65‑141 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa < 2:68887‑M1/77‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa < 1:378148‑M1/77‑1 (MQ=255) tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TACACTGTATAAATAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 1:267090/1‑141 (MQ=255) agaacgttgccaggcagttttttaatcaaatgttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 1:132719‑M1/62‑141 (MQ=255) gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa < 1:145859/141‑1 (MQ=255) aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc < 2:132211‑M1/82‑1 (MQ=255) acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTATCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa < 2:90449‑M1/83‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTTAACATAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 2:355554/141‑1 (MQ=255) ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaactggacgtgataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 1:202164‑M1/50‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc < 2:62011/141‑1 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 2:284483/1‑141 (MQ=255) taactTAAGAAATATCTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:64522/140‑1 (MQ=255) ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc < 1:198487‑M1/101‑1 (MQ=255) ttttttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGT‑TAAATTGTATAATTAATTCTTTTTTTTTATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGTCAATATATCAACGTTAATTCCaaaa < 2:212168‑M1/106‑1 (MQ=255) tAACATGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGATAA‑TAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACTGTTGCAATGTTAATTCCAAAAAACGt < 2:281690/141‑1 (MQ=38) 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1:101353/141‑1 (MQ=255) aaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 1:275205‑M1/22‑141 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 1:135524/1‑141 (MQ=255) ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:37755‑M1/19‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTaa > 1:30684/1‑140 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 1:103295‑M1/125‑1 (MQ=255) 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1:266457‑M1/13‑141 (MQ=255) tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAACGTTGAGTAATTTGT‑TATTTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:266455‑M1/13‑141 (MQ=255) aaaGTAATTTTAAAAACTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat < 1:243982/141‑1 (MQ=255) acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta < 1:76085‑M1/132‑1 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:29097‑M1/7‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAACTTACAAACATTAttt > 2:316629/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |