| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 63.6% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 63.6% | 49.7 / 63.6 | 69 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/15); new base G (24/20); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
GTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512505‑512783 | gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa‑t > 1:67937/1‑141 (MQ=255)gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa‑t > 1:208478/1‑141 (MQ=255) aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑Taaa > 1:237141‑M1/113‑141 (MQ=255) agccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTAtaa > 2:14797‑M1/105‑141 (MQ=255) cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTAtaat > 2:113407/1‑141 (MQ=255) aagcgtcgatggtagtcgaaattacgttcagctagagtagaacgatgacaggcagttttttaataaaatttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTAtaattaat > 2:67622‑M1/100‑141 (MQ=255) tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTg < 2:39680‑M1/47‑1 (MQ=255) gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGGTTTGGTAACAAAAATTAATTTCGCCAATCTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGt < 1:92957/141‑1 (MQ=255) cgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttactcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATGTTGA‑TAAAATATATAATTAATTCTTGt < 2:235182‑M1/48‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:341214‑M1/53‑1 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:195459‑M1/87‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:170660‑M1/87‑141 (MQ=255) gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa > 1:245760‑M1/86‑141 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGATAAGaaa < 1:305615‑M1/58‑1 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa < 1:305397‑M1/58‑1 (MQ=255) cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg < 2:126853‑M1/62‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 1:209064‑M1/68‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:258527‑M1/74‑141 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:279625‑M1/74‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 1:351557‑M1/73‑141 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTAAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtgta > 2:27664/1‑138 (MQ=255) atagagtaaaacgttggcaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 2:273184‑M1/69‑141 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt < 2:296024/141‑1 (MQ=255) ttattgAGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTATATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTg < 2:300902/138‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa > 1:334284‑M1/65‑141 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa < 2:68887‑M1/77‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa < 1:378148‑M1/77‑1 (MQ=255) tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TACACTGTATAAATAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 1:267090/1‑141 (MQ=255) agaacgttgccaggcagttttttaatcaaatgttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 1:132719‑M1/62‑141 (MQ=255) gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa < 1:145859/141‑1 (MQ=255) aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc < 2:132211‑M1/82‑1 (MQ=255) acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTATCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa < 2:90449‑M1/83‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTTAACATAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 2:355554/141‑1 (MQ=255) ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaactggacgtgataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa > 1:202164‑M1/50‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc < 2:62011/141‑1 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 2:284483/1‑141 (MQ=255) taactTAAGAAATATCTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:64522/140‑1 (MQ=255) ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc < 1:198487‑M1/101‑1 (MQ=255) ttttttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGT‑TAAATTGTATAATTAATTCTTTTTTTTTATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGTCAATATATCAACGTTAATTCCaaaa < 2:212168‑M1/106‑1 (MQ=255) tAACATGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGATAA‑TAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACTGTTGCAATGTTAATTCCAAAAAACGt < 2:281690/141‑1 (MQ=38) aaaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt < 1:153000/140‑1 (MQ=255) taggtaaaaaaataaaatggaacagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa > 1:126216‑M1/30‑141 (MQ=255) ttGAATTAAGAACGAAAAGTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt < 2:57149/141‑1 (MQ=37) gttaaaaaataaaatggaaatgataaGAAAAATTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt > 1:265290‑M1/27‑141 (MQ=255) attgcTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 2:219135/5‑141 (MQ=255) aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa < 1:101353/141‑1 (MQ=255) aaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 1:275205‑M1/22‑141 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 1:135524/1‑141 (MQ=255) ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:37755‑M1/19‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTaa > 1:30684/1‑140 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 2:25340‑M1/125‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 1:103295‑M1/125‑1 (MQ=255) aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa < 1:170109‑M1/126‑1 (MQ=255) cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACCATTCCTCCCTGAAAGTTGTTCTACAAAAGGTCAACGTTAATTCCAACAAACGTAACTATAAGTTACaaa < 2:279547/141‑1 (MQ=21) aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:39680‑M1/15‑141 (MQ=255) atgtataagataaAAAAAATTATTTAATTAAATAGTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTTGATAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc > 2:66177‑M1/14‑141 (MQ=255) tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:266457‑M1/13‑141 (MQ=255) tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAACGTTGAGTAATTTGT‑TATTTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:266455‑M1/13‑141 (MQ=255) aaaGTAATTTTAAAAACTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat < 1:243982/141‑1 (MQ=255) acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta < 1:76085‑M1/132‑1 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:29097‑M1/7‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAACTTACAAACATTAttt > 2:316629/1‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGGGTGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 1:286027/141‑1 (MQ=21) ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 1:144107/1‑141 (MQ=255) ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 1:143580‑M1/5‑141 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 1:320694‑M1/140‑1 (MQ=255) aaGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt < 2:84160/141‑1 (MQ=255) tATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc < 2:371860/141‑1 (MQ=255) tATTGACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAATTAATATTCATGaac > 2:89626/1‑139 (MQ=255) gACTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAAt < 2:76227/141‑1 (MQ=255) aCTTAAATGTTGA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATCACTTCCAAATATTTTTTAGTATTTATGAGCTAAta > 1:200479/1‑140 (MQ=21) taa‑taaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAAAAGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACTTTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa < 1:143023/141‑1 (MQ=255) aa‑taaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATaa > 2:154442/1‑141 (MQ=255) | GTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAA‑TAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > USA300TCH1516_ALE/512505‑512783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |