| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 106.9 / NA | 35 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (16/19); total (16/19) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416326‑1416591 | aCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTCAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGa < 1:304442/141‑1 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACaa > 1:136706/1‑141 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATAtt < 2:48686/141‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATAtt < 2:209937/141‑1 (MQ=255) ttGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGtt > 1:262486/1‑141 (MQ=255) gtgtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAt > 1:292091/1‑141 (MQ=255) cTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgtg > 1:162584/1‑141 (MQ=255) tataTTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGa > 1:297206/1‑141 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaat > 1:303118/1‑141 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATg > 1:96798/1‑141 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATg > 1:63064/1‑141 (MQ=255) aCGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTACGTTTGATAATAAATAgtgt > 1:257401/1‑141 (MQ=255) tttattataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTg < 1:30959/136‑1 (MQ=255) ttCAGTATAAGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTg < 2:136706/141‑1 (MQ=255) cAGTATACGGATGGAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAc < 2:62100/141‑1 (MQ=255) attataCGGATGCAAATTTTTATATTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTTTGATAATAAATAATGTTTGAcc < 2:52763/139‑1 (MQ=255) aGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc < 1:43346/141‑1 (MQ=255) aCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGtt < 1:277328/141‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa > 2:185578/1‑141 (MQ=255) gCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa > 2:185601/1‑141 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACa > 1:123929/1‑141 (MQ=255) tACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt < 1:46501/141‑1 (MQ=255) aaaTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATaaa > 2:90929/1‑141 (MQ=255) aaTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAAt < 2:200189/141‑1 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:208274/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 2:63064/141‑1 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 2:96798/141‑1 (MQ=255) gATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 2:151880/1‑141 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCa < 2:162584/141‑1 (MQ=255) tttGA‑CTTATTTTAAAAGCAGAATTGTATTGAGAATATGTTAATACTAGATTTAAATTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACTAAGTGCTCATACTATATAGTGTAATAAAACCATCAATTGATCAGCGTTCAAAGCAt < 2:157804/141‑1 (MQ=255) gACCTTCTTTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCa < 2:123929/141‑1 (MQ=255) cttcttTTAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTCCCGTTCAAAGCATCCAatt > 2:30609/1‑140 (MQ=255) tAAAA‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATTTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAACTCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 2:111318/141‑1 (MQ=255) aaaa‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACt < 2:292091/141‑1 (MQ=255) aa‑CATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTgg < 2:95716/141‑1 (MQ=255) | ACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAA‑CATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGG > USA300TCH1516_ALE/1416326‑1416591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |