New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	35 (0.780)	30 (0.980) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	24/178	NT	55.5%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512757                                                                                                                                            |                                                                                                                                           tcacacctgctcacatgaacaacacaaaagttaagctccgtagcgtcgatagtagtcgaacttacgttccgctagaatagaacattgacaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                            >  2:241737‑M1/140‑140 (MQ=255) gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                            >  1:484650/1‑140 (MQ=255)  cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                           <  1:377671‑M1/2‑1 (MQ=255)    cacgtgtaaccaggccgaacacagaagttaagctccgtagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                         >  2:454777‑M1/137‑140 (MQ=255)    caactgttacaatgttgaacacaaaagttaagctacttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                         >  2:490117‑M1/137‑140 (MQ=255)    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                         >  1:558800/1‑140 (MQ=255)      cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                       <  1:326360‑M1/6‑1 (MQ=255)         aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTa                                                                                                                                    >  1:504866/1‑140 (MQ=255)         aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTATAAAAAGTTa                                                                                                                                    >  2:478402/1‑140 (MQ=255)          tttccatgccgaacacagaagttgagctccttagcgtcgatggtaggcgaacttacgttccgctcctcgaaagcgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                                   >  2:495420‑M1/131‑140 (MQ=255)          ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                                   >  1:429327‑M1/131‑140 (MQ=255)          gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATGGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                   >  1:26651/1‑140 (MQ=255)           tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                  >  1:553499/1‑140 (MQ=255)              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaagttacgttccagtagagtagaacgttgacaggcagttttttactaaaattttggttaaaaaataaaaaggacaagataaAAaaaattattaac                                                                                                                               <  2:226087‑M1/14‑4 (MQ=255)              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                               <  1:445732‑M1/14‑1 (MQ=255)              aggtaaCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                               <  1:126868/135‑1 (MQ=255)               gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                              <  2:392120/140‑1 (MQ=255)               gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                              <  1:323411/140‑1 (MQ=255)                tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                             <  2:443111‑M1/16‑1 (MQ=255)                 tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                            >  1:479164/1‑140 (MQ=255)                      acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaagttgcccagcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       >  1:509107‑M1/119‑140 (MQ=255)                              gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccggtagaagagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                               >  1:372240‑M1/111‑140 (MQ=255)                                 aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                            >  1:519505‑M1/108‑140 (MQ=255)                                        gtagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggataagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                     >  1:490458‑M1/101‑140 (MQ=255)                                         tagcatcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtaaaacgtagccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                    >  2:155725‑M1/100‑140 (MQ=255)                                          cgcgtccatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                   >  1:219850‑M1/99‑140 (MQ=255)                                                   ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                          <  2:442056‑M1/51‑1 (MQ=255)                                                    ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                         >  1:403036/1‑140 (MQ=255)                                                    gtagtcgaaattacgttccgcaagagtagaacgaagccaggcaattatttaatcaaattttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                         >  2:206874‑M1/89‑140 (MQ=255)                                                       gtcgaacttccgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaaccaaattttgcgttaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                      >  1:326474‑M1/86‑140 (MQ=255)                                                       gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                      <  2:52922‑M1/55‑1 (MQ=255)                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATTTATAATTAATTCTTGACGGTAAg                                                                                      >  2:2758/1‑140 (MQ=255)                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                      <  1:180695/140‑1 (MQ=255)                                                            cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACT‑ACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                >  1:476410/1‑140 (MQ=255)                                                                acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                             <  1:433910‑M1/64‑1 (MQ=255)                                                                acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATAATTTCTTCACGGTAAGAAAAATGaa                                                                             <  2:45697‑M1/64‑1 (MQ=255)                                                                acggtccgctagagtagaacgttgcccggccgctttttaatcaaattttggttaaaaattaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                             <  1:332054‑M1/64‑1 (MQ=255)                                                                 taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATATTAATAAAATGTATAATTACATCTTGTAGGTAAGAAAAATAAAc                                                                            >  2:444971/1‑140 (MQ=255)                                                                 cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagatacAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAAc                                                                            <  1:60577‑M1/65‑1 (MQ=255)                                                                  aGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                           >  1:134404/1‑140 (MQ=255)                                                                    tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                         >  1:428966‑M1/73‑140 (MQ=255)                                                                    tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                         >  2:76797/1‑140 (MQ=255)                                                                           gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                  >  1:374779‑M1/66‑140 (MQ=255)                                                                            tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTTTTGGCTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                 >  1:417934/1‑140 (MQ=255)                                                                             gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                >  1:557546/1‑140 (MQ=255)                                                                              tagaacgtttccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                               >  1:256073‑M1/63‑140 (MQ=255)                                                                              tagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                               >  2:537309‑M1/63‑140 (MQ=255)                                                                               tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAGCATTGAAAACTGAAt                                                              >  1:274328/1‑140 (MQ=255)                                                                                  acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                           >  2:399703‑M1/59‑140 (MQ=255)                                                                                   gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATACCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                          >  2:16989/1‑140 (MQ=255)                                                                                        acatgcagttttttaaaaaaaatttgattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                     >  2:533956‑M1/53‑140 (MQ=255)                                                                                          aggcagttttgtaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                   >  1:320764‑M1/51‑140 (MQ=255)                                                                                           tgcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑a                                                 >  2:187984‑M1/50‑140 (MQ=255)                                                                                           ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑a                                                 >  1:77153‑M1/50‑140 (MQ=255)                                                                                            gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑aa                                                <  1:358817‑M1/92‑1 (MQ=255)                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTa‑aa                                                >  2:356616/1‑140 (MQ=255)                                                                                              aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACg                                              >  1:95949/1‑140 (MQ=255)                                                                                               gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACCTGACCCTTGAAAACTTAATGACAATATGTC‑AACGt                                             >  1:244988‑M1/46‑140 (MQ=255)                                                                                               gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGt                                             >  1:183792‑M1/46‑140 (MQ=255)                                                                                                  ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTaa                                          <  2:445411‑M1/98‑1 (MQ=255)                                                                                                        aaGAAAAAATTATAATTACTAACGAAAATTAATTATAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCaa                                    <  2:214852/140‑1 (MQ=38)                                                                                                           aatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCaaaaa                                 >  1:406971‑M1/34‑140 (MQ=255)                                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCaaaaa                                 >  1:200674‑M1/34‑140 (MQ=255)                                                                                                            attttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCaaaaaa                                >  2:445732‑M1/33‑140 (MQ=255)                                                                                                            attttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCaaaaaa                                >  1:141360‑M1/33‑140 (MQ=255)                                                                                                              tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACg                              <  2:358032‑M1/110‑1 (MQ=255)                                                                                                              tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATCAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTC‑AACGATACTTCCGACAAACg                              <  1:204844‑M1/110‑1 (MQ=255)                                                                                                               ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGt                             >  1:158950‑M1/30‑140 (MQ=255)                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                           <  1:561502‑M1/113‑1 (MQ=255)                                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                          >  1:340992/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                  gtGAATAACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                          <  1:28236/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                   ttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                         <  1:568906‑M1/115‑1 (MQ=255)                                                                                                                   aaaaTTAATAACGAAAATTAATTTGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                         <  2:268152/138‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                      <  2:134404/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                       ttgcTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                     <  2:147958/137‑1 (MQ=255)                                                                                                                       ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                     >  1:134752/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                         aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTTACTAAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                   <  2:345744/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                          ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                  >  1:50516‑M1/19‑140 (MQ=255)                                                                                                                          aaaaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                  >  1:354678‑M1/19‑140 (MQ=255)                                                                                                                           taaaatggacaagagaaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                 >  2:426037‑M1/18‑140 (MQ=255)                                                                                                                           tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTA‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                 >  2:525866/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                            aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                <  2:451202‑M1/124‑1 (MQ=255)                                                                                                                            aaaaaggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                >  1:60362‑M1/17‑140 (MQ=255)                                                                                                                             aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTC‑AACGTTAATGCCGAAAAACGGAACTCTAACTTACa               <  2:274530‑M1/125‑1 (MQ=255)                                                                                                                             aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑ACCGTTAATTCCAAAAAACGAAACTATAAGTTACa               >  1:152589/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                             aCGAAAAATAAATTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa               <  2:166979/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                              cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTGCGCTTCCTTCCCAGGGAAAAATGACTG‑TGGTATTTCTGTCTTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa              <  1:570284/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                              aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa              >  1:52922‑M1/15‑140 (MQ=255)                                                                                                                               gAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATAGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa             <  1:541356/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                     taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAATTTACAAACattat       >  2:431041/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                       gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt     <  1:149098‑M1/135‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         tatAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACAAAGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg   <  2:484650/138‑1 (MQ=21)                                                                                                                                          ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt  <  2:225710/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt  <  1:235873‑M1/138‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTagc  <  2:521024‑M1/138‑2 (MQ=255)                                                                                                                                            |                                                                                                                                           GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTC‑AACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.