| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 554.8 / ‑6.5 | 166 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (95/67); minor base A (0/3); total (95/71) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAG > CP000731/1‑219 | tatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAA‑CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 1:349401‑M1/58‑140 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTGTAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 2:24135‑M1/57‑140 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATCTAACAAATCCCCCAACTACTGGTAATAGTGGGGGTTTGGTAATAAAACGGTTAGaaa < 1:294577‑M1/84‑1 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa < 2:126253‑M1/84‑1 (MQ=255) 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1:215238‑M1/45‑140 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAATCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTATTTAGTtatat < 2:16342‑M1/98‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatata < 1:284975‑M1/99‑1 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt > 1:49105‑M1/40‑140 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt < 2:182747‑M1/101‑1 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt > 1:232862‑M1/40‑140 (MQ=255) 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1:441082/140‑1 (MQ=255) actactGGTAATAATCGGGGGTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATTTAATGAATAATATCGTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATaaaa < 1:157813/140‑1 (MQ=255) gTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATAAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGtttt < 2:421831/140‑1 (MQ=255) atcgTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTttatt < 2:58150/137‑1 (MQ=255) tAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTttatta < 1:545182/140‑1 (MQ=255) tgtgtgTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAGTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACct < 2:537755/135‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataaAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaa < 1:183391/140‑1 (MQ=255) aaaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTGTATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaaaa > 1:108621/1‑140 (MQ=255) aaaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTaaaa < 1:125955/140‑1 (MQ=255) aaaCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAATTAAAat < 2:482853/140‑1 (MQ=255) cGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATACTGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAACAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATg > 2:276190/1‑140 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg > 2:49426/1‑140 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg > 1:327565/1‑140 (MQ=255) gTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATgg < 1:359116/140‑1 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATAGa > 2:73681/1‑140 (MQ=255) ttAAAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGaa < 2:407948/140‑1 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGCAag > 2:272515/1‑140 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAag > 2:244773/1‑140 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTAT‑TATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTTACCAAACTAAAATATGGAAAG > CP000731/1‑219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |