Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,821,782 | A→G | 5.1% | intergenic (‑25/+54) | flr_2 ← / ← msrAB | Flavoredoxin/Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,821,782 | 0 | A | G | 5.1% | 237.4 / 2.3 | 79 | intergenic (‑25/+54) | flr_2/msrAB | Flavoredoxin/Peptide methionine sulfoxide reductase msrA/msrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/31); new base G (2/2); total (46/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.52e-01 |
ATCTTGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGATGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2821650‑2821921 | aTCTTGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGt > 1:504559/1‑140 (MQ=255) cTTGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTAt > 1:274729/1‑140 (MQ=255) cTTGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTAt > 1:384470/1‑140 (MQ=255) tGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGATCCAATTCCTTTTTCAGAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTAttt < 1:294920/140‑1 (MQ=255) gATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTACGTATATCTAGGTCTTtc > 1:438820/1‑140 (MQ=255) aTTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACTTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTtct > 1:155512/1‑140 (MQ=255) aTTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTtct < 1:241079/140‑1 (MQ=255) tAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCAAGATATTTCTCCg > 2:239712/1‑140 (MQ=255) aaTGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGa > 2:255092/1‑140 (MQ=255) ttgtAACAAAAGCTATAAGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGAtttt < 2:241918/140‑1 (MQ=255) gtAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCGACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGGATTTCTCCGttgttga > 1:174842/1‑139 (MQ=255) tAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGt < 1:395987/140‑1 (MQ=255) aaCAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGtt < 1:992/140‑1 (MQ=255) aaaGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAAtt > 1:272711/1‑140 (MQ=255) aaGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAAttt > 2:218408/1‑140 (MQ=255) aGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCCGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTa > 1:557475/1‑140 (MQ=255) ggtattGGTTGTGGAATCATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTATGCATCAAACGTATACATAATACCTATCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTaa < 2:504559/138‑1 (MQ=255) gCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTaa > 1:14501/1‑140 (MQ=255) cTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTaaa < 1:249516/140‑1 (MQ=255) tataGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGACTTTGGTTAATTTAAAc > 1:68820/1‑140 (MQ=255) taGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGTTTAATTTAAAAAt > 2:390893/1‑140 (MQ=255) ggTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGCTTTTGGTTCATTTAAACATCt > 1:30490/1‑140 (MQ=255) gTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATGTCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTa > 1:278633/1‑140 (MQ=255) gTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATGTCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTa > 1:14344/1‑140 (MQ=255) gTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATtc > 1:110539/1‑140 (MQ=255) tGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATtct < 1:425726/140‑1 (MQ=255) ataatTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTctcctc > 2:338888/1‑140 (MQ=255) taatTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCctct > 1:367588/1‑140 (MQ=255) taatTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCctct > 1:39080/1‑140 (MQ=255) ttGCACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGaa < 2:53862/140‑1 (MQ=255) tGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTGTGGTTAATTTAAAACCCTATTCTATCCTGaaa > 2:117014/1‑140 (MQ=255) gcatcgaTTAATACTTTATAGTTTTCTCTCTCAGTCTATGATTGTGCATCATACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTATGTATATCTAGGTATTGCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGaaaa < 1:180941/134‑1 (MQ=255) gAACCAATTAATGATTTATAGGTTGCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGaaaa < 2:130067/140‑1 (MQ=255) gAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGaaaa < 1:461782/140‑1 (MQ=255) aaCCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAAt > 1:140561/1‑140 (MQ=255) aCCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATACCTAGGTATTTCTCCGGTTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATc > 1:47813/1‑140 (MQ=255) aaTTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACt < 1:255092/140‑1 (MQ=255) aataatTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTAGTTAATTTAAACATCTGTTCTCCTCTGAAAATCACtgtta > 1:92686/1‑136 (MQ=255) aatTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGtattt > 2:58370/1‑140 (MQ=255) aatTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTACTCTGAAACTCACTTGtattt > 2:449166/1‑140 (MQ=255) tatgGTTTTCTCTTGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTatttattt < 2:69041/140‑1 (MQ=255) taGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTCTTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAg > 2:391472/1‑140 (MQ=255) taGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTTttcatttaa > 2:195574/1‑139 (MQ=255) gTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCa > 2:2132/1‑140 (MQ=255) ttCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTCAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAAt > 2:451303/1‑140 (MQ=255) ctctAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCt < 2:474512/140‑1 (MQ=255) tAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCtttt < 2:272711/140‑1 (MQ=255) gCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGa > 1:466040/1‑140 (MQ=255) gCAGGTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGa < 1:188298/140‑1 (MQ=255) aGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTACGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGaaa > 1:220518/1‑140 (MQ=255) aGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGaaa < 1:99397/140‑1 (MQ=255) tAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATGTCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAatat < 2:14344/140‑1 (MQ=255) tAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATGTCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAatat < 2:278633/140‑1 (MQ=255) tAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAatat < 1:338888/140‑1 (MQ=255) aTGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGa > 1:405120/1‑140 (MQ=255) gATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATATAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATATATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAACTCTTTTGAAATATGaaa > 2:1779/1‑138 (MQ=255) aTTGTGCATCAAACGTATACATTATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGacac < 2:363908/140‑1 (MQ=255) cATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTACTTTAAACATCTATTGTCCTCTGAAAACGACTTGTATTTATTCAACACATCTTTTGAAATATGACACCTGTGc > 2:572615/1‑140 (MQ=255) cATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGc < 1:218627/140‑1 (MQ=255) tCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCat > 1:441994/1‑140 (MQ=255) gTATACATAATACCTACCTCTTTTCTTAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATAtcttc < 2:90817/140‑1 (MQ=255) aCATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGa < 1:338126/140‑1 (MQ=255) ataattCCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGata < 2:171370/140‑1 (MQ=255) ataataCCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGata < 2:266252/140‑1 (MQ=255) tacctaccTCTTTTCTAAGTATATCTAGGGATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCGTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATATTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTATGGATAtttt > 2:457193/1‑140 (MQ=255) ctacctCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGTTATTCTCTTGTATTTTTTTAGCTAATCTTTTAAAATATAACTCATATACATATCTTCTGTATAtttttat > 1:13486/1‑138 (MQ=255) ctacctCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCt > 2:111688/1‑140 (MQ=255) ctacctCTTTTCTAAGTATACCTATGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCCTATCATCTGGATATTTTTCt > 2:393517/1‑140 (MQ=255) cctCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTaaa > 1:296684/1‑140 (MQ=255) ctctTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTTGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAAt < 2:571840/140‑1 (MQ=255) ttttCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTATGCACCTCTTTCTAAATGtt > 2:368759/1‑140 (MQ=255) ttCTAAGTATATCAAGTAATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGc > 2:500203/1‑140 (MQ=255) tCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCt > 2:451631/1‑140 (MQ=255) tCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCt < 1:104098/140‑1 (MQ=255) tAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATTTTCTGGATATGTTTCTAAATGTTTCTGa > 2:504228/1‑140 (MQ=255) aaGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGAt < 2:367588/140‑1 (MQ=255) aaGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGAt < 1:51755/140‑1 (MQ=255) aaGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGAt < 2:39080/140‑1 (MQ=255) gTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGATGt < 1:169107/140‑1 (MQ=255) atCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTAAAACTCGCATTCATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGATGttctt < 1:130965/140‑1 (MQ=255) | ATCTTGATTTAATGTTGTAACAAAAGCTATAGGTCGTGGAATAATTGAACCAATTAATAATTTATAGTTTTCTCTAGCAGTTAATGATTGTGCATCAAACGTATACATAATACCTACCTCTTTTCTAAGTATATCTAGGTATTTCTCCGATTTTGGTTAATTTAAACATCTATTCTCCTCTGAAAATCACTTGTATTTATTTAGCAAATCTTTTGAAATATGACACATATGCATATCTTCTGGATATTTTTCTAAATGTTGCTGATGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2821650‑2821921 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |