Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 62,645 T→C 8.2% intergenic (‑112/+401) USA300TCH1516_00053 ← / ← speG hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE62,6450TC 8.2% 158.4 / 2.5 58intergenic (‑112/+401)USA300TCH1516_00053/speGhypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (29/24);  new base C (2/3);  total (31/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TCTACTGAATAAGAAGCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAAT  >  USA300TCH1516_ALE/62508‑62778
                                                                                                                                          |                                                                                                                                     
tCTACTGTATAAGAAGCTCTGTTCATAG‑AAGAAAAACACCTCCGTGTGATTCATTTTAATATGAATTCAGCGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTtaataa                                                                                                                                     <  2:265432/140‑1 (MQ=255)
       agtAAGAATCTCTTTACAAAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGAt                                                                                                                              <  2:328115/138‑1 (MQ=255)
       aagaagaagCTAAGTGCATAG‑AAAAAAAACAGCGGCGTATGATTCATGTGAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTAGATAATTCACACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGAt                                                                                                                              <  2:472758/137‑1 (MQ=255)
       aaTAAGAAGCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGAt                                                                                                                              <  1:484989/140‑1 (MQ=255)
         caagaatCGCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACGTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGAT‑ACTTTTTTAATAAAATAGATaca                                                                                                                           <  2:122898/139‑1 (MQ=255)
            taagCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTGTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACt                                                                                                                         <  1:463572/139‑1 (MQ=255)
              agCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTaa                                                                                                                       <  2:7451/140‑1 (MQ=255)
              agCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACATATCTAATAAACTAAATacaagaa                                                                                                                       >  2:494260/1‑136 (MQ=255)
              agCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAAATGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTaa                                                                                                                       <  2:499263/140‑1 (MQ=255)
                ctctTTTCATAGAAAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGTGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAATTTTTTTGATAACAAAGATACACTAAt                                                                                                                      >  1:354963/1‑140 (MQ=255)
                ctctTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAAtt                                                                                                                     >  2:473224/1‑140 (MQ=255)
                   ttttCATAA‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTa                                                                                                                  <  1:235911/140‑1 (MQ=255)
                     ttCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGATCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATATACTAATTTTaaa                                                                                                                >  2:310304/1‑140 (MQ=255)
                             aaaaaaaaCACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATACTTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAACAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGt                                                                                                         >  1:511123/1‑140 (MQ=255)
                             aaaaaaaaCACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAACAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGt                                                                                                         >  1:508462/1‑140 (MQ=255)
                                   aatacttCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTaaaaaa                                                                                                   <  1:9870/134‑1 (MQ=255)
                                   aaCACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTaaaaaa                                                                                                   <  1:353049/140‑1 (MQ=255)
                                      acCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATa                                                                                                >  1:534395/1‑140 (MQ=255)
                                      acCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATAGGGGTAAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTaaaaaaaaa                                                                                                >  1:97956/1‑138 (MQ=255)
                                      acCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTAAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTAAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATAAACTAATTTTAAAACAATGTAAAAAAATa                                                                                                >  2:186286/1‑140 (MQ=255)
                                               tGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAAttatta                                                                                       <  2:212281/140‑1 (MQ=255)
                                                       tttAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTACAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACg                                                                               >  2:340613/1‑140 (MQ=255)
                                                       tttAATATGAATGCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACg                                                                               <  2:488752/140‑1 (MQ=255)
                                                            tatTAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAAc                                                                          <  2:380249/140‑1 (MQ=255)
                                                             atGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACa                                                                         >  1:346857/1‑140 (MQ=255)
                                                             atGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACa                                                                         >  1:202257/1‑140 (MQ=255)
                                                              tGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATGGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACaa                                                                        >  1:395518/1‑140 (MQ=255)
                                                                   tCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATAATTAAAACAACGAAAACAAGGCtt                                                                   >  2:297425/1‑140 (MQ=255)
                                                                       cGAAAGCGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTtacta                                                               >  2:482418/1‑140 (MQ=255)
                                                                            gtgtTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACaaaa                                                          >  2:223337/1‑140 (MQ=255)
                                                                            gtgtTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACaaaa                                                          <  2:271199/140‑1 (MQ=255)
                                                                              gtTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACaaaaaa                                                        >  1:518643/1‑140 (MQ=255)
                                                                               tttttATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAATTTGTTAACCACAATAGTATTTGATAGACACTAATTTTAAAACAATGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAAt                                                       >  2:556732/1‑140 (MQ=255)
                                                                                    tcttaATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTtg                                                  >  2:503968/4‑140 (MQ=255)
                                                                                         aTTCCCACTATTGGGATCAGTCTAAAATTAAAATGTATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTaa                                             <  2:5397/140‑1 (MQ=255)
                                                                                             ccACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGACACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCt                                         <  1:336454/140‑1 (MQ=255)
                                                                                              cagaaTTGGGCTCAGTTTAAAATTAAAATTGATAACTAGTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTATAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTg                                        <  2:422155/136‑1 (MQ=255)
                                                                                                cTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGAt                                      <  1:500006/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                cTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAACAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGAt                                      <  2:511123/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                cTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAACAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGAt                                      <  2:508462/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                cTATTGAAGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGAt                                      <  2:497270/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                 tATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATa                                     <  2:494591/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                  aTTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATaa                                    >  2:221335/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                   ttGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATAGACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAAAAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGACTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTATCATAAc                                   >  2:93894/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                      gggTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTATTAATAAAAGAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTc                                <  2:80949/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                            gTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCtatta                          >  1:97736/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                             tCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTACtattat                         >  2:165412/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                 aaattaaaattGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTATGTCTAATACTGATAACGTCCTATTATGTTa                     >  2:371847/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                       aaattGATAACTTTTTTAACAAAAGAAATACAATAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAAGAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGaa               <  1:540020/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        aattGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTGAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGACTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGATAATCGaaa              >  2:16443/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                          ttGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAAt            <  1:557231/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            gATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAACATAg          >  1:243099/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            gATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAg          >  1:556479/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            gATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAg          >  2:35672/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            gATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAAAGCAAACAATGCTAACTACACAAAAAGTTTTTGTAATAATGATCACCGCCTACTATGTTAATCGagataaa          >  2:36639/1‑134 (MQ=255)
                                                                                                                              tAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGAc        >  1:480128/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                              tAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATAGAAAATAGAc        >  2:414886/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                  tttattAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACaaaa    <  2:413001/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    ttttAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTANAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAaaat  <  1:278372/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                     
TCTACTGAATAAGAAGCTCTTTTCATAG‑AAAAAAAACACCTCCGTATGATTCATTTTAATATGAATTCAACGAAAGTGTTTTTATATAATTCCCACTATTGGGGTCAGTCTAAAATTAAAATTGATAACTTTTTTAATAAAATAGATACACTAATTTTAAAACAAGGTAAAAAAATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAAT  >  USA300TCH1516_ALE/62508‑62778

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑