| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 171,984 | A→G | 6.5% | E295G (GAA→GGA) | adhE → | Aldehyde‑alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 171,984 | 0 | A | G | 6.5% | 227.1 / 3.9 | 78 | E295G (GAA→GGA) | adhE | Aldehyde‑alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/42); new base G (3/2); total (33/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
AAACATTTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTGAATTAGCAGGTATACCTGTCCCCGAAAATACAAAACTTATCATAGCCGAAATTAGCGGTGTAG > USA300TCH1516_ALE/171849‑172121 | aaaCATGTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAAt < 1:431372/140‑1 (MQ=255) aaCATTTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATg < 1:472364/140‑1 (MQ=255) aCATTTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGGAAATGc > 1:137130/1‑140 (MQ=255) aCATTTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGGAAATGc > 1:509622/1‑140 (MQ=255) 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1:488914/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAAGTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTACAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTCGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAgt > 2:315781/1‑139 (MQ=255) aGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTg > 1:278771/1‑140 (MQ=255) gTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGatat < 1:63903/140‑1 (MQ=255) aGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGCTGATTTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTg > 1:50474/1‑140 (MQ=255) cagtGATATAGAAACTCATAAAGATGA‑AAATAAGGAAGTAAAACAACATGAAGAATACTTAGTGACAGAAGATGAATTACAACGCTGAGAAAAGGCAATTATGAAGGGACAAACAACAGGTATTCAGGCTGATATTGTCg < 2:375541/137‑1 (MQ=255) 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1:389922/1‑140 (MQ=255) aaGATGT‑GACTAATGAATTTAAAGCACAGCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATa > 1:166647/1‑140 (MQ=255) gATGT‑TACTAATGAATTGAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGc < 2:389112/140‑1 (MQ=255) aTGT‑TACTAATTAAGATAAAGCAGATCAAGCATAGTTTGTGAAAAAAGAGGAAGTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGGATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCt < 2:451640/140‑1 (MQ=255) aTGT‑TACTAAAGAATATAAAGAAAAACAAGCATACATTGTAAAAAAAGATGAAGTACAACGCTTAAAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCt < 2:447704/140‑1 (MQ=255) tGT‑TACGAATGGATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTg < 1:166532/140‑1 (MQ=255) 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aaCGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTGAATTAGCAGGTATACCTGTCCCCGAAAATACAAAACTTATCATAGCCGAAAGTAGc > 1:329471/1‑140 (MQ=255) agccTTAGAACGTGGAACTAGGAATGAACAAAAAACAGGGATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTGAATTAGCAGGTATACCTGTCCCCGAAAATACAAAACTTATCATAGCCGAAATTAGCg < 2:222693/137‑1 (MQ=255) ttAGAAAAGGCAATTATGAATGAACAAGAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTGAATTAGCAGGTATACCTGTCCCCGAAAATACAAAACTTATCATAGCCGAAATTAGCGgtgt < 1:146531/140‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAACTAGCTCAATTAGCAGGTATACCTCTCCCCAAACATCAAAAACTTCCAATACCCGAACTTAGCCGTGTac > 2:544734/1‑139 (MQ=255) | AAACATTTGATAATGGTATGATTTGTGCTTCTGAACAAGTTGTAGTCATTGATAAAGAAATTTATAAAGATGT‑TACTAATGAATTTAAAGCACATCAAGCATACTTTGTTAAAAAAGATGAATTACAACGCTTAGAAAATGCAATTATGAATGAACAAAAAACAGGTATTAAGCCTGATATTGTCGGTAAATCTGCAGTTGAAATAGCTGAATTAGCAGGTATACCTGTCCCCGAAAATACAAAACTTATCATAGCCGAAATTAGCGGTGTAG > USA300TCH1516_ALE/171849‑172121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |