| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | = 4399 | 130 (1.080) | 4 (0.010) | 3/272 | 11.1 | 0.66% | intergenic (+364/‑101) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | = 1963 | 1077 (1.070) | intergenic (+196/+130) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACA > CP000731/4253‑4544 | tctcCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTcc < 1:76572/148‑1 (MQ=255) cATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg > 1:55999/1‑148 (MQ=255) cATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAgg > 2:362023/1‑148 (MQ=255) tCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCa < 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cacGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 1:53088/1‑148 (MQ=33) cacGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 2:184070/1‑148 (MQ=32) cacGCATTTATGCCGAAAAAATTTATCGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTCAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 2:92863/1‑148 (MQ=17) gCATTTATGCCTAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa < 2:121025/148‑1 (MQ=17) gCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa < 2:184420/148‑1 (MQ=32) gCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa > 1:21997/1‑148 (MQ=32) gCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa > 1:10302/1‑148 (MQ=32) gCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGAATAGCGTGAGCTATTGAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCaa < 2:21826/148‑1 (MQ=17) cATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGATAAGAACCTTGAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGGGAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt > 2:165309/1‑148 (MQ=11) cATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt > 1:124453/1‑148 (MQ=32) aTTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAtt > 2:31491/1‑148 (MQ=32) aTTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAtt > 1:139450/1‑148 (MQ=32) ttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:371559/148‑1 (MQ=32) ttATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:39497/148‑1 (MQ=32) ttATGCCGAAAAAAGTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAGCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGGGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 1:363714/148‑1 (MQ=255) gCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTTGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATa < 1:275147/148‑1 (MQ=17) ccGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATaa > 1:365555/1‑148 (MQ=32) aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGc > 1:311193/1‑148 (MQ=32) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCa < 2:192879/148‑1 (MQ=32) aaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc < 1:316730/148‑1 (MQ=32) aaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc > 2:368241/1‑148 (MQ=32) aaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGAGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAcc > 1:210377/1‑148 (MQ=18) aaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCt > 1:112089/1‑148 (MQ=34) aaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCt < 1:279033/148‑1 (MQ=34) aTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa > 2:146339/1‑148 (MQ=35) 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aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata > 1:25831/1‑148 (MQ=255) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAatat < 1:17420/148‑1 (MQ=255) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAatat < 1:18665/148‑1 (MQ=255) aCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGAGCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAg < 2:121504/148‑1 (MQ=255) cccTTTACTACACTTGCAGACGAATGTCGGTATAGCGTGAGCTATTAAGCCAACCATTCAACAAGTTTTGGGATTGTTAAGAGTTCCGAAGCTCAACGTCCATAAAGCATCTTAAATTAAGCACCAATGATTATTTAATAatattatt < 2:163330/148‑5 (MQ=14) 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aaGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctgct < 1:377172/148‑1 (MQ=255) ttttGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTgctgctgct < 2:169482/148‑1 (MQ=255) tttGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGctgctgctg < 1:126809/148‑1 (MQ=255) tttggATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGt < 2:10918/145‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATATTACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGt < 2:372229/148‑1 (MQ=255) gggATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTc < 2:139450/148‑1 (MQ=255) gATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCtt < 2:264413/148‑1 (MQ=255) aTTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCttt < 2:21997/148‑1 (MQ=255) ttAAGGGTTCCGAGGATCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTatat < 1:141389/148‑1 (MQ=255) gTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTAc > 2:227234/1‑148 (MQ=255) gTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTAc > 2:298730/1‑148 (MQ=255) | TCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACA > CP000731/4253‑4544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |