Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	512,643	A→G	45.4%	intergenic (+711/‑6052)	recR → / → speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	45.4%	14.6 / 106.5	92	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (19/31);  new base G (22/19);  total (42/50)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01

TTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/512512‑512776                                                                                                                                     |                                                                                                                                      ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                     <  1:289048/134‑1 (MQ=255)   ttACTGTTGTTAAGCATTTTTAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                   <  2:211176/134‑1 (MQ=255)   ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                   <  1:510263/134‑1 (MQ=255)   ttACCGTTGTTAATCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGTAAAACAAAACATCT‑CATTTTTATATATAACTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                   <  2:367555/134‑1 (MQ=255)    tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTGCTAACGAAATTTTATTTTAGAAACACACTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                  >  1:226390/1‑134 (MQ=255)     gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                                  <  1:515403‑M1/29‑1 (MQ=255)        gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGC‑AACTCTTCAGGTACAGCATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                              <  1:442554/134‑1 (MQ=255)           tagcagcgatggtcgtcgaacttacgttccgctagagtagaaagtcgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaattgacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                            >  2:451538‑M1/100‑134 (MQ=255)               gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                        <  1:332890‑M1/39‑1 (MQ=255)                 cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATGTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                     <  2:605044/134‑1 (MQ=255)                   atgctagtcgaacgtaccttcccctagtgtagaccgttgccaggcagtttcttaatcaaattttggttacaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTCACTTAAATGTTTTTAAAATGTATacttaatt                                                                                                                    >  2:288858‑M1/92‑134 (MQ=255)                     ggtagtcgaacttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                  >  2:17611‑M1/90‑134 (MQ=255)                     gctattcgaacttacgttcctctatagtagaacgttgccaggaagttttttaagcaaatgttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                  >  1:130958‑M1/90‑134 (MQ=255)                        agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagtgtggacggcagcaAAAAATTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                               <  1:281359‑M1/48‑1 (MQ=255)                        agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                               <  1:64443‑M1/48‑1 (MQ=255)                           gCCTGTATAGCATTTATTTGTTGCTGCAAACAAAACAACT‑CAACTTCATAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATATTTAATTCTTGTCGGt                                                                                                           <  2:579233/134‑1 (MQ=255)                           cgaacttacgttcagctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaaaaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                            >  1:282772‑M1/84‑134 (MQ=255)                               gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                       >  1:489737/1‑134 (MQ=255)                               gTATAGTATTGATTTGTAGAGGCAAATAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                       <  2:243652/134‑1 (MQ=255)                                tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCCTGTCGGTAAGaa                                                                                                      >  2:88735/1‑134 (MQ=255)                                   cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGACAGAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                    <  2:432186‑M1/59‑1 (MQ=255)                                    gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataacatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                   <  1:181490‑M1/60‑1 (MQ=255)                                      tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                 >  1:28748‑M1/73‑134 (MQ=255)                                        ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAAATCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                              <  1:527367/134‑1 (MQ=255)                                             gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                                          >  2:515403‑M1/66‑134 (MQ=255)                                              gttgAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAGAAATGAACATTGaa                                                                                        >  2:94816/1‑134 (MQ=255)                                                tgAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGaaaa                                                                                      >  1:505882/1‑134 (MQ=255)                                                  tcgCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                    <  2:516060/132‑1 (MQ=255)                                                  gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagatcaAAAAAGTTGTTGACAGACATGCTGTTAAAATGTATAATTAATTATTGACGATAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                     <  2:590052‑M1/74‑1 (MQ=255)                                                  agccaaacaaaACAACT‑CACCTTACGTAATAACTTTAATTACTAACGAAAATTTATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                    <  1:70443/131‑1 (MQ=255)                                                   ggCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                   <  2:114550/134‑1 (MQ=255)                                                   ggCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTAAATTAAATGTTAATAAAATGTATAAAAAATTCTAGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTg                                                                                   >  1:42087/1‑134 (MQ=255)                                                   aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                    <  2:374335‑M1/75‑1 (MQ=255)                                                   aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                    <  1:328369‑M1/75‑1 (MQ=255)                                                    acgtggccaggcagtttttttgtcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAATATGAACATTGAAAACTg                                                                                   >  2:452211‑M1/59‑134 (MQ=255)                                                     caaacaaaACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                                 >  2:239504/1‑134 (MQ=255)                                                      gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACATGAACATTGATAACTgac                                                                                 <  1:464429‑M1/78‑2 (MQ=255)                                                      aaacaaaacaACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAAATTTAAAAAGTTATTGACTTACATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                                <  2:402019/134‑1 (MQ=255)                                                      aaaaaaaacaACT‑AAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAATAAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                                <  1:364120/134‑1 (MQ=255)                                                       aacaaaacaaCT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                               >  2:339320/1‑134 (MQ=255)                                                          aaaacaaCT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACa                                                                            >  2:219183/1‑134 (MQ=255)                                                           caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                                            >  1:480247‑M1/52‑134 (MQ=255)                                                             acaacT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTCAAAGTTAATACTCTGTGCAGTAAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                         >  2:271415/1‑134 (MQ=255)                                                                aat‑caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                      <  2:578888/132‑1 (MQ=255)                                                                 gttttttaatcaaattttggttaaaaaggaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                      <  1:577506‑M1/89‑1 (MQ=255)                                                                 gttttttaatcaaattttggttaaaaaatataatggataatttttATAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                                      >  1:46585‑M1/46‑134 (MQ=255)                                                                    caactTAAGAGATAACTTGTATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAATTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                   <  2:194626/134‑1 (MQ=39)                                                                      atttAAGAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCATATTGCTGATAGAATGGGAATATATCAACg                                                                 <  2:434851/132‑1 (MQ=255)                                                                      actTAAGAGATACCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                                 <  2:369343/134‑1 (MQ=255)                                                                       taaacaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                >  2:545301‑M1/40‑134 (MQ=255)                                                                       ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                >  1:292384/1‑134 (MQ=255)                                                                           caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                            >  2:175797‑M1/36‑134 (MQ=255)                                                                           agtaaTAACTTGAATTACGAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                            <  2:321991/131‑1 (MQ=255)                                                                            gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGTTAAtt                                                           >  1:372087/1‑134 (MQ=255)                                                                            aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                           >  1:58645‑M1/35‑134 (MQ=255)                                                                            aaatttcggttgaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                           >  2:58523‑M1/35‑134 (MQ=255)                                                                             aaaTAACTTGAATTACTATCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                          <  2:187547/134‑1 (MQ=255)                                                                             aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                          <  2:441656/134‑1 (MQ=255)                                                                              atgttggtgaaagaagaaaatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                         >  1:67117‑M1/33‑134 (MQ=255)                                                                                tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                       >  1:375005‑M1/31‑134 (MQ=255)                                                                                tctggataaaaaataaaatggagaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                       >  2:384755‑M1/31‑134 (MQ=255)                                                                                   ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAGCCGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCacaaa                                                    <  1:175188‑M1/107‑1 (MQ=255)                                                                                      taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                                 <  1:452081‑M1/110‑1 (MQ=255)                                                                                           aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCGAAGAACGTAGCt                                            >  1:120557/1‑134 (MQ=255)                                                                                            cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACta                                           >  1:43760/1‑134 (MQ=255)                                                                                             taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCCAAAGAACGTAACtat                                          <  1:54791‑M1/117‑1 (MQ=255)                                                                                             tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                          >  2:457494/1‑134 (MQ=255)                                                                                             tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                          >  2:258004/1‑134 (MQ=255)                                                                                              aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCGCAAAAACGTAactaaa                                         <  2:236852‑M1/118‑3 (MQ=255)                                                                                               tcGAAGATTATTTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                        <  2:518861/133‑1 (MQ=255)                                                                                               aaatgtacaaaataaAAAAAGTTATTAATTTAAATGTTGTTAAAATGTATAATTAATGCTGGTAGGTAAGAAGAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                        >  1:424204‑M1/16‑134 (MQ=255)                                                                                               aaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                        >  2:291190‑M1/16‑134 (MQ=255)                                                                                               aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAGTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                        >  1:514262‑M1/16‑134 (MQ=255)                                                                                                  tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                     >  2:281359‑M1/13‑134 (MQ=255)                                                                                                     attaattTTAAAAAGTTCTTGACTTAAAAGTTAATAAAACGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCACAAAACGTAACTATAAGTTACa                                  <  2:448372/134‑1 (MQ=25)                                                                                                       taattTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                <  1:68433/134‑1 (MQ=255)                                                                                                       taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAATATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                <  1:126371/134‑1 (MQ=255)                                                                                                       taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                <  1:418159/134‑1 (MQ=255)                                                                                                        agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAATTACAAAc                               <  2:352937‑M1/128‑1 (MQ=255)                                                                                                        aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAATTACAAAc                               >  2:549714/1‑134 (MQ=255)                                                                                                          ttttAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                             <  1:517574/134‑1 (MQ=255)                                                                                                          tattAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTAGATAGGAGAAAGAAACATTGAAAACTGAATAACAAGATGTCAACAGTAATTACAAAAAAAGGAAATATAAGTAGCAAACat                             >  2:307849/3‑134 (MQ=255)                                                                                                               aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                        >  2:266925/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                 tatttATTGATTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAATGTTAATTCCAAAATACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                      <  2:1915/131‑1 (MQ=21)                                                                                                                 aaattATTGACTAAAATGTTGATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                      <  2:193038/131‑1 (MQ=21)                                                                                                                 aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                      <  1:429522/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                 aaGTTATTGACTTAAATGTTACTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                      <  2:121676/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                 aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                      <  1:9816/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                         gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg              <  1:485328/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                         gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTGAGAACAATGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg              <  1:573394/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                         gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg              <  1:351183/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                          aCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGTACATTGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa             <  1:441426/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                          aCTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa             <  1:222252/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                             tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt          >  1:367283/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                                aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGAACTAATAAGCTAAt       >  2:468461/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                                 tGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc      <  1:575050/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                                    taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa   >  2:520308/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                                     aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGCATTTATGATCTAATCAAAc  >  2:485858/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                                     |                                                                                                                                      TTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACT‑CAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/512512‑512776

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑