Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 134.9 / ‑6.5 | 46 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (14/31); minor base T (0/1); total (14/32) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAT > USA300TCH1516_ALE/1646060‑1646317 | cTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTATAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCttt < 2:352845/134‑1 (MQ=255) aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 1:552642/134‑1 (MQ=255) aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 2:457735/134‑1 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACACTTaa > 2:373781/1‑134 (MQ=255) gCACCTCTATGACCAGATGCTACCATCGTATCGAATGATGGTCCCTCTGCTCCTAAGTCGAGCATTCTGCTGTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTc < 1:187309/134‑1 (MQ=255) cACCTCTACTACGCGATGCTACAATCGTATCGGCTGATGGTCCATCTGCGCCTAATTCTAGCACTTTGCTTTCTAATATTGCATTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCATTTTATAACAGTTAAAATATATTCa < 2:475089/134‑1 (MQ=255) tctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:443151/134‑1 (MQ=255) tctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCAGCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTCATACTGCATTTAATTCTTTTTCAGTCATTCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:8957/134‑1 (MQ=255) tcgaTGACCAGCTCCTCCACTCGTATCGAATGATGGTCCATCTCCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 2:451591/131‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTACAATCGTATCTAATGATGGTCCATCTGCTTCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTCCCTTTTTTTTTTTTGCAAACATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcat < 2:128747/134‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGTTCCATCTGCTCCCAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATACTCATATATTtcac > 2:248270/1‑133 (MQ=255) aTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATAGTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATcaaca < 1:70747/134‑1 (MQ=255) aaTTGTATCGATTGGTGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAg < 2:12538/134‑1 (MQ=255) aaTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAg < 1:328177/134‑1 (MQ=255) gTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGATTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATCTTTCATCAATAATATTAgctgc > 2:201354/1‑134 (MQ=255) aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtt > 2:336966/1‑134 (MQ=255) tCGAATGATGGTCCTTCTCCTCCTTATTCTAGCTTTTTGCCTGGTTATATTGCCGTTAAGTCTTTTTCAGTCATGCCTCCGTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGGTTCATCAACAATATTAGCTGCttt < 1:113256/134‑1 (MQ=255) atgatgGTGCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCCTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTTGCTGCTTTTTGa < 2:466822/134‑1 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGTCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGa < 1:339517/134‑1 (MQ=255) tgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTa < 1:596393/134‑1 (MQ=255) cATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAAAAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAACa > 2:7051/1‑134 (MQ=255) gCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTGTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCATTTTACAACAGTTAAAATATATTAATATGTTTCATCGACAATATTAGCTACTATTTGAATTAAAGCAATTTc > 2:319738/1‑134 (MQ=255) tCCTAATTCTCGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATGTTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGt < 2:249401/134‑1 (MQ=255) cTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCACCAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCa > 1:594245/1‑134 (MQ=255) aaTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc < 1:327080/134‑1 (MQ=255) ttCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAt < 1:544792/134‑1 (MQ=255) tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTCGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATc < 1:578012/134‑1 (MQ=255) aGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCttt < 2:232642/134‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCCTCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAACAATTTCGTCAGCATCTTTg > 1:501965/1‑134 (MQ=255) aTTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGAc < 1:133382/134‑1 (MQ=255) ttttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACg < 2:365633/134‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtc < 1:336966/134‑1 (MQ=255) cTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTCTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGTCGTctct > 1:200998/1‑134 (MQ=255) atttgcTTTTATTCTTTTTCTGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATc < 2:450855/129‑1 (MQ=255) gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTAc < 2:14536/134‑1 (MQ=255) cTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAg < 1:555593/134‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCGCTAATTTTATCTACATAATTa > 2:373840/1‑134 (MQ=255) tttCAGTCATGCCTCCTTTTACCCCATTTTAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 2:291355/134‑1 (MQ=255) tttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg > 2:326639/1‑134 (MQ=255) tttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:545909/134‑1 (MQ=255) tttCAGCCATGCCTCCTTTTACAGCATTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTCGCTGCTTTTTGTATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 2:295403/134‑1 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTCTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtta > 1:372365/1‑134 (MQ=255) gTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCttat < 1:386755/134‑1 (MQ=255) cATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGACATGCtcatta > 2:454002/1‑134 (MQ=255) tGCCTTCTTTTATTATATTTAAAATACATTCATATGTCTCATCAACAATACTAGCTGCTTTTTGGACTAGAGCAATCTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt < 1:55828/134‑1 (MQ=255) tGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt > 2:131595/1‑134 (MQ=255) | CTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAT > USA300TCH1516_ALE/1646060‑1646317 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |