Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 75.2 / NA | 29 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/14); total (15/14) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/2010236‑2010488 | cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGTGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTCAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 1:494837/1‑134 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata > 1:514051/1‑134 (MQ=255) tttCCAACGAATACGTACTGCGTTAAAATGTTATAGGGTAAGTTAAACCGTGCTGCTAAAGTCAATTACACATCTTAATAGAACATAATGCATAGTGCAATAATATTTGTTATTTAATCTAACCAAATATTCAt < 2:61348/133‑1 (MQ=255) cTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAt > 1:188196/1‑134 (MQ=255) cTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCACAAATCAATTTCACATCTAAAAAGAACATAATGAACAACACAATAATAATTGGTATATAATCTAACCAAATCTTCAt > 2:588180/1‑134 (MQ=255) ccAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGATATATAATCTAACCAAATATTCATTaa > 2:158893/1‑134 (MQ=255) gAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATAGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGGTAGTGCAATAACAATTGTACTATACACTAACCAAATATTAATCAACACgc > 2:127166/1‑133 (MQ=255) caacGTTAAAATGTAAAATAGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATATAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa < 1:112571/131‑1 (MQ=255) cGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATTAAAt > 1:248477/1‑134 (MQ=255) atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgt > 2:501928/1‑134 (MQ=255) gggAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAc < 2:374146/134‑1 (MQ=255) aaGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATAAACAAGGTTAAAATGAAATCTTTTATTTCTTCacaaga > 2:381871/1‑129 (MQ=255) tAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACAGCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa < 1:552283/134‑1 (MQ=255) aaCAGTGCTGCGAAAGGCAATTACACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAACCTAACGGAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAt < 2:101140/134‑1 (MQ=255) aGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCAc > 2:541133/1‑134 (MQ=255) aGTGCTGCTAAAGTCAATTTAACATCTCAAAAGAACAATATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCCAACCAAATATGCATTAACACGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATAATTAATCAc > 2:528569/1‑134 (MQ=255) tAAAGTCAATTTCACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGata < 1:3227/134‑1 (MQ=255) aaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGattat > 2:573960/1‑134 (MQ=255) cATTATGGATAGTGCAAGAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCAt < 2:385251/134‑1 (MQ=255) ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaa < 1:249224/134‑1 (MQ=255) tgtGGATACTGCAATAATAATTGTTCTATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCTGTTAAAATGAAATCTTTTTTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaaa < 2:570496/132‑1 (MQ=255) taaggATAGCTCAATAATAATTGTTATATAATTTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAATAGGAAATCTTTTGGTTGGTCAACATCATTAAGTACTCTAGATACTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaaa < 2:76804/131‑1 (MQ=255) agATACTGCAATTATATTTGTTATATAATCTATCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATTAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtc < 2:520495/133‑1 (MQ=255) gATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAtct < 1:513284/134‑1 (MQ=255) gCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:438105/134‑1 (MQ=255) gCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:341925/134‑1 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTAAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCAACTAGATTATTAGAATAAAATCGAGAACTTAAAGCta > 2:255605/1‑133 (MQ=255) ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt > 2:61463/1‑134 (MQ=255) ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGATTGTAAAAAATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt > 1:48639/1‑134 (MQ=255) | CAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/2010236‑2010488 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |