| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 97.5% | 355.2 / ‑0.5 | 81 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base . (47/32); total (47/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25524‑25799 | ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa < 1:84759/141‑1 (MQ=255) gtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa < 1:43366/141‑1 (MQ=255) gtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa > 2:43366/1‑141 (MQ=255) gtatGTTATTTAAACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa < 2:244411/141‑1 (MQ=255) atatGTTATTTAGACTAATGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATAAAGAAATT‑TACATTATAATTATAGCAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa < 2:234827/140‑1 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaacatat > 2:101384/1‑136 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTATCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATTCTGTTTAATTACTATACTGCAAAT‑AAAAAATATACATc > 1:161344/1‑141 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCt > 1:305260/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAAATCTaa > 2:177951/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATATTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 2:345747/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 2:130732/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTAATTCACCCAATTGACAGATATC‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATTTAAAGGt > 2:344902/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACACAT‑TACATATATACATCTAAAGGTTACAt > 2:142325/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:267087/1‑141 (MQ=255) aaaGTTACAGGCTTGGAACGAAGTATTGAAGTATCTTTGTTTTCTTAA‑ATACAATATTTGGTTATTAAAAATGTAGCACTATTGATTACGCAGATAAATTACTAGACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 2:58602/141‑1 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:111753/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 1:6494/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:243912/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:182657/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:200922/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTGTAGAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 2:268264/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTAGTTTTCTTAATATCGAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTTTTATGCTGTTTAATTATTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTATAGGTTAAATTAAttaca > 2:104465/1‑137 (MQ=255) gTTTGTCGCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCTGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTTTGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑TAACAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:238317/141‑1 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 1:266288/1‑141 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 2:30909/1‑141 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAg < 2:124228/141‑1 (MQ=255) gTCAACAAATATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑CTCTTTATAATTGTAGCATTATTTCTTATGCTGTTTAACTACTATAACACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 2:70302/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 1:205687/1‑141 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:79139/1‑141 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:140568/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 1:156164/141‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACGTCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAat < 1:271500/141‑1 (MQ=255) ttGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAatat > 1:342821/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:251136/1‑141 (MQ=255) aaagATCTTGTTTTTGTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:67767/138‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAACTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:341484/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:239139/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:5921/1‑141 (MQ=255) tattCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATGGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg < 2:47010/139‑1 (MQ=255) ttaaTATACAGAAAAT‑TTATTTAAAATTGTAAAAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt < 2:235895/139‑1 (MQ=255) atatCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 1:90872/1‑141 (MQ=255) tCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:95810/141‑1 (MQ=255) cAGAAATT‑TTCTTTATTAGTGTAGCAGTAGTTCTTATGCTGTTTAACTACGACACGACGTATAAAAAAAAATA‑AGGTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATATAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa < 2:3393/141‑1 (MQ=255) cAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa < 1:220364/141‑1 (MQ=255) cAGAAATT‑TTCTTTATAATTGCAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCGAGaa < 1:164591/141‑1 (MQ=255) gAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc > 1:63452/1‑141 (MQ=255) aaTT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 1:202588/1‑141 (MQ=255) t‑ttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa > 1:214758/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTAAAGAAACTTTAAGt > 2:277933/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 2:174801/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:282840/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATAGACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:86128/1‑141 (MQ=255) atataATTGTAGCATTATTACTTATGCTGTTTAATTACTAAAAAACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 2:255541/140‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTGTACGTTAAATTATCACAATATGGAGTGAGACAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTGAAGTAAAGAAt > 2:76032/1‑141 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:24047/141‑1 (MQ=255) aTTATAGCACTAATTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:219354/141‑1 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGCATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:131594/1‑141 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTCAATTATTGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAACTTATCAAGAAACTTTAACTAACGAATCAAAAGTGTCt > 2:208870/1‑141 (MQ=255) tattATACTATTTAATTAGTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc < 2:321886/139‑1 (MQ=255) tCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc < 1:131700/141‑1 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 2:20509/1‑141 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 1:338168/1‑141 (MQ=255) taagCTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:153043/138‑1 (MQ=255) tATGCTATTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:153070/141‑1 (MQ=255) aTGGTGTTTAATTAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:146938/141‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc > 1:280736/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:130732/141‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:344902/141‑1 (MQ=255) tgatGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt < 2:131965/138‑1 (MQ=255) cTGTTTAATTCCTATACTCCACAT‑AAAAAGTATACATCTAAAGGTTTGAGGAAGCAAAAATAGTGTTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 2:160929/1‑141 (MQ=255) cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 1:219890/1‑141 (MQ=255) aaatattatactaTAAA‑AAAAAAATATAGATCTAAAGGTGAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 2:100446/135‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAATACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:38661/141‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc > 1:44760/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTCAAGTAAAAAATTAAAAGTGTCAAGGCAAACTATTAATGCa > 2:68820/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:185717/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAATAAAAAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTaactcaa > 2:187950/1‑136 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 1:40576/1‑141 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 1:268264/141‑1 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 1:104465/141‑1 (MQ=255) atataataCAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 2:200922/140‑1 (MQ=255) tatactaCAAAT‑AAAAAATATACAAATAACGGGTAAAGTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGa > 1:153982/1‑141 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:191373/141‑1 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:291252/141‑1 (MQ=255) tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACa > 1:17060/1‑141 (MQ=255) acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAGAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa > 1:168069/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat < 1:116772/141‑1 (MQ=255) | TTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATT‑TTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAAT > CP000731/25524‑25799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |