New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	33 (1.080)	19 (0.920) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	15/190	0.3	47.1%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	2176447 =	30 (0.990)					intergenic (+209/+5086)	ilvA/USA300TCH1516_02069	L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTT  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512754                                                                                                                                          |                                                                                                                                       gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAACTACTAACGAAAATTACTTTTaaaa                                                                                                                                     >  2:230701/1‑141 (MQ=255) 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         aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                            >  1:145934/1‑141 (MQ=255)          aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                            >  1:310884/1‑141 (MQ=255)           ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacattgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaacagacaaaataaAAAaagttaatcac                                                                                                                           <  2:152851‑M1/14‑6 (MQ=255)                    acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaactttgccaggcagttttttaatcaatttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaaatctt                                                                                                                  <  2:47491‑M1/23‑4 (MQ=255)                    aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATCGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATTTTAAGGTGTTATTGCCTTACATGtt                                                                                                                  >  1:169801/1‑141 (MQ=255)                      acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgtgga                                                                                                                <  2:204659‑M1/25‑4 (MQ=255)                      acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                <  2:132936‑M1/25‑3 (MQ=255)                      acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcacattttgtctaaaacataaaatggaccagatcaAAAAAGCTATTGACTTAAatgtcga                                                                                                                <  2:52848‑M1/25‑4 (MQ=255)                               tttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGta                                                                                                       >  2:26509/1‑141 (MQ=255)                               aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggcgaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                       >  1:166274‑M1/108‑141 (MQ=255)                                    ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                  <  2:144325‑M1/39‑1 (MQ=255)                                          tAAGCAGTTAGAAAGCCTGTATAATATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                            <  1:10468/141‑1 (MQ=255)                                          cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                            >  1:328231‑M1/97‑141 (MQ=255)                                           gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATAAATTCtt                                                                                           <  2:206553‑M1/46‑1 (MQ=255)                                             gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                         >  2:125604/1‑141 (MQ=255)                                              cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATAATAATAAGATGTATACTTAATTCTTGTc                                                                                        >  2:141600/1‑141 (MQ=255)                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                       >  2:193465/1‑141 (MQ=255)                                                  gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                    <  1:115556‑M1/53‑1 (MQ=255)                                                    gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAAAAAATAAAAAAAAAAAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  1:257735/141‑1 (MQ=255)                                                    gAAAGCCTGTATAGTAATTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  1:93532/141‑1 (MQ=255)                                                    gAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  2:164477/141‑1 (MQ=255)                                                    aaaaGCCTGTATAGTATTTATTTGATGAAGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  2:223301/140‑1 (MQ=255)                                                      aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                >  1:103929/1‑141 (MQ=255)                                                       ataacttacgtttcgcgagagtataacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                               >  2:62654‑M1/84‑141 (MQ=255)                                                              ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                        >  1:90426/1‑141 (MQ=255)                                                              ataGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                        <  2:224105/141‑1 (MQ=255)                                                              ataGTATATATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                        <  2:102550/141‑1 (MQ=255)                                                               cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                       <  2:246185‑M1/66‑1 (MQ=255)                                                                      tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                <  2:114439/141‑1 (MQ=255)                                                                      tatttGTTGAGGAAAACAAAATAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                <  2:241460/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                       aggcagttgtttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                              <  2:237371‑M1/91‑1 (MQ=255)                                                                                            aactcaactTAAGAAATAAATAGAATTACTAACGAAAAATAAAATTAAAAAGCTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAGACGATAAGAAAAATGAACATTAAAAAATGAATGACAATATGTCAACga                                          >  2:9610/1‑140 (MQ=255)                                                                                                caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTCTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTCAACGTTAAt                                      >  2:324697/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                                         |                                                                                                                                       GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTT  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512754

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.