New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 1057 | 819 (0.920) | 4 (0.010) | 3/236 | 56.7 | 0.59% | coding (138/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 1103 | 658 (0.880) | coding (92/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 770 total aligned reads displayed.
TTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGA > NC_012417/963‑1243 | cGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTgtgt < 2:2029/141‑1 (MQ=255) cGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCGTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTgtgt < 1:68049/141‑1 (MQ=255) aaGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTcaca < 1:133390/141‑1 (MQ=255) aaGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTGTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTcaca < 1:201483/141‑1 (MQ=255) aGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACaa < 1:285260/141‑1 (MQ=255) gtaaaaTTATTAATTAAGACATTAGTGTTGATTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTAATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACaaa < 2:261155/139‑1 (MQ=255) gCAAATTTATTATTTAAGAATTTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACaaa < 2:91733/141‑1 (MQ=255) attattattTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGAAAAACGACATATAGTGTGTAACAAAAAtca > 1:45083/1‑139 (MQ=21) ttattattTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGTTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAg < 1:224886/141‑1 (MQ=255) tattattTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACACAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGa > 1:96554/1‑141 (MQ=255) attattTAAGAAATTAGTGTTGACTATTGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGAc < 2:284378/141‑1 (MQ=255) tttAAGACATTAGTGTTGATTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAGAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCATTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTa < 2:24407/141‑1 (MQ=255) ttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTAc < 1:152164/141‑1 (MQ=255) aaTTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGGACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCttt < 2:67153/140‑1 (MQ=255) ttAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAACAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATCACACAATACAGCtttat > 2:339787/1‑139 (MQ=255) ttAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGt > 1:138591/1‑141 (MQ=255) gtgtTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAGAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATg > 1:191990/1‑141 (MQ=255) gtgtTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATg > 1:99254/1‑141 (MQ=255) gACTAATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTTTGACAATTGCTTTTTGTAGTTTCACAAAAATAAGTCAAACGCAATATATTGTGTCACATAAATAATACAGTATAGCTTTTTTTGatata > 2:156595/1‑140 (MQ=255) aCTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTTTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCa > 2:10298/1‑141 (MQ=255) atattGTCTTTTTTTTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTATTATTTTTGTGAGAAATGGTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCAc < 1:269804/137‑1 (MQ=255) tattGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACt < 1:243655/138‑1 (MQ=255) tAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACt < 1:108866/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAACAGTACTGTCTTATTTTGGTGACAAATGATGTATGTCGTATGCCAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACACAATACAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACtt < 2:269729/141‑1 (MQ=255) aTGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACACAAATAATACAGTACAGCTTTGTATGATATAACttt > 2:280749/1‑141 (MQ=255) gTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATAACTTTaa > 1:88480/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACCAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATTATATCACTTTaaaa > 2:164424/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGAATGTAGTATCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAAACAGTACAGATTTGTATGATATCACTTTaaaa > 2:119855/1‑141 (MQ=255) ttttttGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATTCTGTATGTAGTGTAACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTTTAACAAAAATAAGACAGTACAACTTTATATGATATCACTTTAAAAt > 2:292293/1‑141 (MQ=38) ttttttGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAAt > 1:173225/1‑141 (MQ=255) ttttttGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTAACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAAt > 2:151530/1‑141 (MQ=255) tttttGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATa < 2:187687/141‑1 (MQ=255) tgtttGTTGATTTTTTATAGAAGAGTACTAGCGTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGTAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATa < 2:133928/139‑1 (MQ=38) ttgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGCCAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATTACTTTAAAATACCt > 1:126402/1‑141 (MQ=255) ttgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATActt > 2:286800/1‑139 (MQ=255) tgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCtt > 1:121742/1‑141 (MQ=255) tgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATCATAGTGCAAAATGCTTTATGTAGTGTCACACAAATAACACATACGACCTATATTTTGGCACAAAAATAAGAAAGTAGAGCTTTGTCTGATATCACTTTAAAATACCtt > 2:233275/1‑141 (MQ=255) tgttgATTTTATATAAAAAAGTACTGTCATAATTTTGAGACAAATTCTGTATGTAGTGTAACAAAAATAAGACAACCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCtt < 2:257384/141‑1 (MQ=38) gttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTTTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTTTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATTATATCACTTTAAAATACCTTa > 2:43641/1‑141 (MQ=255) gttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTa < 1:240461/141‑1 (MQ=255) ttgCTTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTCCAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTaa > 1:53786/1‑141 (MQ=255) ttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGGCTTATTTTGGTGACAAATGATGTATGTAGTGGCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTCTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTaa < 2:86517/141‑1 (MQ=39) tgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTaaa > 1:63342/1‑141 (MQ=255) gATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTaaaa > 1:264003/1‑141 (MQ=255) aTTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAAc < 1:314412/141‑1 (MQ=255) tttAGAAAGAAGGTCTGTCTTATTGTTGTGACAGATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCt < 2:224327/141‑1 (MQ=38) ttATAAAAAAGTAGTGTCTTAATTTAGATAAAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTg < 2:238693/141‑1 (MQ=38) tataAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTgg > 1:290417/1‑141 (MQ=255) tataAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAACACACTACAGCTGTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTTAAAACCCTgt > 2:168426/1‑140 (MQ=38) aaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTACAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTc < 1:236509/141‑1 (MQ=255) tACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCTCTTTAAAGTTCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGc < 1:336326/141‑1 (MQ=255) tACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGc > 2:18061/1‑141 (MQ=255) aCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATACGACAAACCGTTTACATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCt < 1:350431/141‑1 (MQ=38) aCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCt < 2:329996/141‑1 (MQ=255) tCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGc < 2:130026/141‑1 (MQ=255) tATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGACTTTCTGGCTTTTCCAg > 1:301881/1‑141 (MQ=255) tATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTATGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCATGAAATGTCCGCCCTTGCCaa > 2:140647/1‑140 (MQ=25) tttGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCt < 1:116460/141‑1 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCCGACCTAt > 1:74873/1‑141 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACatat > 2:52920/1‑141 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTAt > 1:210625/1‑141 (MQ=255) tgggataaaTGCGGTATTTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGGCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTAt > 1:308421/7‑141 (MQ=37) ttgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATc < 2:72091/140‑1 (MQ=255) gtgAAAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATc < 2:310332/141‑1 (MQ=255) aCAAATGATGTATGTAGTGTCAAAAAAATAAGACAAACGCACTATATTGAATCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAtt < 1:29704/141‑1 (MQ=37) cAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAttt < 1:102545/141‑1 (MQ=255) gCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaa < 1:219525/141‑1 (MQ=255) cTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATCACCCAGCAGAAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAAt > 1:82043/1‑141 (MQ=255) tgtatgtaGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATg > 2:351652/1‑141 (MQ=255) gtatgtaGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGCAATTTCTGGCTTTGCCCGACCTCTCATTTTCGCATGa > 1:142293/1‑141 (MQ=37) tgtaGTTTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCGTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAg < 1:3549/141‑1 (MQ=255) taGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa < 1:249597/141‑1 (MQ=255) aGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCTTTTTTGAATGATAGcta > 1:228196/1‑139 (MQ=255) aGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa < 1:323688/141‑1 (MQ=255) aGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa < 1:344012/141‑1 (MQ=255) atgtgaaaaaaaTAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATAACATTAAAATACCTTAAAACCGCTGTAATTTCTGGCTTTGTCATACTTATCATTTTTGAATGATAGCaaa < 2:195387/134‑1 (MQ=21) tgtCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTCTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCAATGTACTTTCTGACTCTTATAGACCTCTCATATTTATATGATAGCAAAt > 2:56951/1‑141 (MQ=21) gtCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTTGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATATCAAAtt > 1:279910/1‑141 (MQ=255) gtCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGCAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAAAGATAACAAAtt > 1:85601/1‑141 (MQ=255) tCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtc < 1:258148/141‑1 (MQ=255) aaaaaTAACACAAACGCAATATATAGTGTCACAAAAATAAGACAGTACCGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTCTCATTTTTGAATGATAGCACATTCTCCt > 2:109219/1‑141 (MQ=21) aaaTAAGATAAACGAAATATATTGTGTCCCAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa < 2:172580/141‑1 (MQ=255) aaaTAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATATGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa < 2:78988/141‑1 (MQ=255) tAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAAAAAATTCTCGTTATGc > 2:123275/1‑141 (MQ=255) aaaGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATGATCTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGc < 2:217618/140‑1 (MQ=255) aCAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt < 1:206527/141‑1 (MQ=255) aCAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTATCCTTATGCTCtt > 1:158432/1‑141 (MQ=255) aaCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGGATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACg < 1:32779/141‑1 (MQ=255) aaCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACg < 2:32617/141‑1 (MQ=255) aaCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACg < 2:34574/141‑1 (MQ=255) aCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTTAATGATATCAAATTCTCCTTTTGCTCTTACgg > 2:212188/1‑141 (MQ=255) aCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACgg < 1:16658/141‑1 (MQ=255) cGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGa > 2:354251/1‑141 (MQ=255) cAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTACCAGCACTACTACCCTTGAATGATAGAAAATTCTCCTTATGCTCTTACGgtgt > 2:250487/1‑141 (MQ=18) aaTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtt > 1:180106/1‑141 (MQ=255) aaTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtt > 1:183905/1‑141 (MQ=255) aaTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAACAAATTCTCCTTATGATTTTAGGGAGtt > 2:301066/1‑141 (MQ=255) tatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTa > 1:50273/1‑141 (MQ=255) atTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 2:315676/1‑141 (MQ=255) tgtgTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTagag < 1:58469/141‑1 (MQ=255) | TTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGA > NC_012417/963‑1243 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |