New junction evidence
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TTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG  >  USA300TCH1516_ALE/909603‑909876                                                                                                                                          |                                                                                                                                         ttgttTTCACGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGACACAACGACCTGGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATATTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTCATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                       <  2:161784‑M2/141‑4 (MQ=255) 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         cggggaAACAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                              <  1:280235‑M2/140‑13 (MQ=255)             gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat                                                                                                                           >  1:347070‑M2/1‑126 (MQ=255)             gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat                                                                                                                           >  1:346059‑M2/1‑126 (MQ=255) 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                             ttttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaa                                                                                                          >  1:38116‑M2/1‑109 (MQ=255)                                       aaaGTGCAAGAGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTGTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctt                                                                                                 >  2:143907‑M2/1‑100 (MQ=255)                                         aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa                                                                                               <  1:55567/141‑1 (MQ=255)                                         aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa                                                                                               <  2:179133/141‑1 (MQ=255)                                         aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa                                                                                               <  1:213913/141‑1 (MQ=255)                                         aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATAATATTAATGGCTGAGTAACGTGa                                                                                               >  1:199586/1‑141 (MQ=255)                                             cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGtt                                                                                           >  1:124074/1‑141 (MQ=255)                                                  gTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATATTTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTgg                                                                                      <  2:288385/141‑1 (MQ=255)                                                         taataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCttttt                                                                               >  1:107923/1‑141 (MQ=255) 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                                                              aTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttcattta                                                                         >  1:291228/1‑141 (MQ=255)                                                                ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                        <  1:20890/141‑1 (MQ=255)                                                                ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                        <  2:298719/141‑1 (MQ=255) 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                                                                               ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                        <  1:348556/141‑1 (MQ=255)                                                                                ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                        <  1:272340/141‑1 (MQ=255)                                                                                ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCGAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                        <  1:243052/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                      cATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAg                                                 <  1:114362/141‑1 (MQ=255)                                                                                        atatatAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaag                                                >  2:279454‑M2/1‑51 (MQ=255)                                                                                        atatatAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAgg                                                <  1:114971/141‑1 (MQ=255)                                                                                         tatataACAATGTTTTGATTGCATTTGAACTTGATTGATAATCTGGATAAttagtcctgctaaataattccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggcattgttgatgtgttatttaaaataaaaaagg                                               >  2:198632‑M2/1‑50 (MQ=255)                                                                                           tataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAAt                                             <  1:319587/141‑1 (MQ=255)                                                                                             taACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccactcaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtgctattgaaaataaaaaacggcac                                           <  2:41683‑M2/141‑96 (MQ=255) 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                                                                                                  tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt                                     <  1:5560/141‑1 (MQ=255)                                                                                                            tGCCCTTGACCTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacccattaaatcaaaatacgctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaactaaaaaagggcacaaaaggggcagtata                            <  1:345829‑M2/141‑111 (MQ=255)                                                                                                            tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtata                            <  1:179319‑M2/141‑111 (MQ=255)                                                                                                            tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtata                            <  1:160021‑M2/141‑111 (MQ=255)                                                                                                             gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                           <  1:203456‑M2/141‑112 (MQ=255)                                                                                                             gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGATATGCTATTACGGGTa                           >  1:189404/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                                     gCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaa  <  2:56101‑M2/141‑137 (MQ=255)                                                                                                                                          |                                                                                                                                         TTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG  >  USA300TCH1516_ALE/909603‑909876

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.