Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,665,993 | T→C | 9.7% | K227E (AAG→GAG) | znuB ← | High‑affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,665,993 | 0 | T | C | 9.7% | 115.8 / 2.8 | 41 | K227E (AAG→GAG) | znuB | High‑affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
ATAAGCCATTGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCATTTAG > USA300TCH1516_ALE/1665853‑1666130 | aTAAGCCATTGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCtt < 2:461401/141‑1 (MQ=255) tAAGCCATTGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTa < 1:283612/141‑1 (MQ=255) tAAGCCATTGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTa < 1:484549/141‑1 (MQ=255) ttGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACttt < 2:20754/141‑1 (MQ=255) ctttattCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACttt < 1:529791/135‑1 (MQ=255) tAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTg < 2:554077/141‑1 (MQ=255) tAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGAAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCAACTAAAAATACACTTAGTAATATAAATTGCTTAAAACTTattattatta > 2:339241/1‑140 (MQ=255) aagaaTAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCAt < 2:581270/138‑1 (MQ=255) aaTAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACt < 1:203361/141‑1 (MQ=255) cAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACg > 1:30361/1‑141 (MQ=255) accCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGc < 1:538699/141‑1 (MQ=255) cccGTAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCa < 2:416327/141‑1 (MQ=255) cccGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTCTTGCAATTGGTAACGTGATTAAcaca > 2:184854/1‑141 (MQ=255) cccGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCa < 2:120829/141‑1 (MQ=255) gTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAg > 1:353189/1‑141 (MQ=255) gTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTCAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAg > 1:292232/1‑141 (MQ=255) gTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTCAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAg > 1:575679/1‑141 (MQ=255) aGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTacaac < 1:221498/141‑1 (MQ=255) gCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTacaaca > 1:621794/1‑141 (MQ=255) gCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTacaaca < 1:81918/141‑1 (MQ=255) cTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAacac < 1:416810/141‑1 (MQ=255) aGGAGTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACATAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGATAACGTGATTAACTCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGc > 2:267251/1‑141 (MQ=255) ggACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACCCGCa > 1:463422/1‑141 (MQ=255) aCTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCAtt > 1:284348/1‑141 (MQ=255) tatTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAAt > 1:506442/1‑141 (MQ=255) ttACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATaa > 1:110289/1‑141 (MQ=255) ttACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATaa > 1:219830/1‑141 (MQ=255) ttACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATaa < 1:541280/141‑1 (MQ=255) aTAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCg < 2:353189/141‑1 (MQ=255) aTAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTCAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCg < 2:575679/141‑1 (MQ=255) aTAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTCAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCg < 2:292232/141‑1 (MQ=255) ttCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTac < 1:387296/141‑1 (MQ=255) ttCACATAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTac < 2:298858/141‑1 (MQ=255) aCCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTacaat > 1:311527/1‑141 (MQ=255) cTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTTCAACACTCATTGTGTCAGAAATAACCATCGCTacaataa > 2:69719/1‑141 (MQ=255) cacTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACaataaata < 1:532269/141‑1 (MQ=255) tAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATaaaaa > 1:77994/1‑141 (MQ=255) atatCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTAAAACACGCATTAAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGaa < 2:404691/141‑1 (MQ=255) aTTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATAGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCAtt > 2:368954/1‑141 (MQ=255) ttGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCAttt > 1:268587/1‑141 (MQ=255) ttGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCAATGAGACAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCAttt > 2:41901/1‑141 (MQ=255) gcatAAGACTTTTTGTTACTCGCATACTTATTGCAATTAGTAACGTGATGAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCATTTAg < 2:621794/138‑1 (MQ=255) gCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCATTTAg < 1:69719/141‑1 (MQ=255) | ATAAGCCATTGTAATCATAAGTAAAATAACAAGTAGAACTACAATTACACCACCCGGAGAAATGTCCATATAGAAAGCTAGGACTAAGCCTAATATTACTGATAATTCACCTAAAAATACACTTAGTAATATCAATTGCTTAAAACTTTTTGTTATTCGCATACTTATTGCAATTGGTAACGTGATTAACGCACTTACTAACAGTATCCCTACAACACGCATTGAGGCAGAAATAACCATCGCTACAATAACAATAAATAAAAATTGAATCCATTTAG > USA300TCH1516_ALE/1665853‑1666130 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |