| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 72,459 | A→G | 6.2% | V172A (GTT→GCT) | arcD_1 ← | Arginine/ornithine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 72,459 | 0 | A | G | 6.2% | 230.6 / 3.1 | 76 | V172A (GTT→GCT) | arcD_1 | Arginine/ornithine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/40); new base G (2/3); total (33/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTCAATCCCTGTGAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGATAATACTT > USA300TCH1516_ALE/72319‑72599 | cTTCAATCCCTGTGAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACaa < 2:48274/141‑1 (MQ=255) ttCAATCCCTGTGAATACCCATACATTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAAc < 2:286426/141‑1 (MQ=255) ttCAATCCCTGTGAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAAc < 1:184116/141‑1 (MQ=255) ttCAATCCCTGTGAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAAc < 1:184111/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAACGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCata < 2:556390/141‑1 (MQ=255) gAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCatat < 1:176228/141‑1 (MQ=255) accccATACAGTTACTAACATAGGACTTGTTACTTGGTCCAGTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGGCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATataat < 2:37546/139‑1 (MQ=255) ccATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAAc < 1:386541/141‑1 (MQ=255) aTACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTa < 1:150365/141‑1 (MQ=255) tACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGTCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAatat > 2:262858/1‑141 (MQ=255) aCATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTa > 1:56812/1‑141 (MQ=255) ttcTTTATACTCGTGCCATTGTCTCTCCTCAACCAAAATCGCTAACATTTCTACGTTTCATACCATAAAAATCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACTGTTAGCGTTTATTTAATAACTAGAAATATAGGTATTAAtt < 2:523366/139‑1 (MQ=255) tACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAAtt < 1:257283/141‑1 (MQ=255) tACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAAtt > 2:116594/1‑141 (MQ=255) tttttACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAGCTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAg < 1:351889/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTAc < 1:43308/141‑1 (MQ=255) aCTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACt > 1:138709/1‑141 (MQ=255) gtgCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTaa > 1:339942/1‑141 (MQ=255) tgCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAAc < 1:607858/141‑1 (MQ=255) tgCCATTGCATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAAc < 1:530369/141‑1 (MQ=255) gCCAGTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACa < 1:381912/141‑1 (MQ=255) aTTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACCGCGGTCTATGAGGAGTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATa > 1:149009/1‑141 (MQ=255) ttGGATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATAc < 1:168104/141‑1 (MQ=255) tGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTAATGTAAGAATACt > 1:115487/1‑141 (MQ=255) gTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAGCAATACTa < 2:430387/141‑1 (MQ=255) aTCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTAAATACAAATATCATGCATATAATAAATAAAAATATAGGTATTAATTTAACTACTGTAAAAATACTAta > 2:580139/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCCTGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCt > 1:211272/1‑141 (MQ=255) cTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCAGACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCt > 1:279147/1‑141 (MQ=255) tAAAAACGTCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTg < 2:126911/141‑1 (MQ=255) ttttaaCACTTCTACTAGTCATACTATATAAACCGGATTTAAAAGTATTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGttt < 2:374917/137‑1 (MQ=255) cAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAAACGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTa > 1:181305/1‑141 (MQ=255) aaCACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTac < 2:325978/141‑1 (MQ=255) acTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACAcc < 1:313487/141‑1 (MQ=255) acTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACAcc > 2:182475/1‑141 (MQ=255) acTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACAcc > 1:232836/1‑141 (MQ=255) ccACTAGTCAGACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTa < 2:169566/141‑1 (MQ=255) tAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTa < 2:472102/141‑1 (MQ=255) 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1:227841/141‑1 (MQ=255) tAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCataata < 2:279147/141‑1 (MQ=255) aaaGTACTGGAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTATACACTTCTAAGTGTT‑AAAAAATGTACACCGCATCATaaa > 2:362034/1‑141 (MQ=255) aaaGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACTCCATAATaaa > 1:263468/1‑141 (MQ=255) aaaGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATaaa > 2:520691/1‑141 (MQ=255) gTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAAtt < 1:262858/141‑1 (MQ=255) aaGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCt < 1:75538/141‑1 (MQ=255) tGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGa > 2:344415/1‑141 (MQ=255) aTACAACTATCATGCATATAATAACCAGAAAGATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCCTAATAAAATTGATGCTATGataa > 2:460497/1‑141 (MQ=255) aCAATTATAATGAATATAATAACTATACATATATGTATTAATTTATCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGataata < 2:256897/141‑1 (MQ=255) cAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATATACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGATAATAc > 2:206810/1‑141 (MQ=255) aaCTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTACGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGATAATACt < 2:138709/141‑1 (MQ=255) aCTATCATGCATATAGTAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGATAATACtt > 1:627362/1‑141 (MQ=255) | CTTCAATCCCTGTGAATACCCATACAGTTACTAACATAGTACTTTTTACTTGTGCCATTGTATCTCCCCAACTAAAAACGCCAACACTTCCACTAGTCATACCATAAAAACCGGATTTAAAAGTACTGAAGTTGAATACAACTATCATGCATATAATAACTAGAAATATAGGTATTAATTTAGCTACTGTAACAATACTATTTATAAACGCTGCAGTTTCTACACCTCTAAGTATT‑AAAAAATGTACACCCCATAATAAAATTGATGCTATGATAATACTT > USA300TCH1516_ALE/72319‑72599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |