| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 98.1% | 2199.6 / 24.1 | 483 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/9); new base . (247/226); total (247/236) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa < 1:486735/141‑1 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 2:847584/1‑141 (MQ=255) ttATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 2:237879/1‑138 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 2:1340085/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:1187716/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc < 2:921575/141‑1 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 2:176096/1‑141 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc < 3:386218/141‑1 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc < 1:941783/141‑1 (MQ=255) cTAGTGCTTAAAAATACAAAATTATCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAAAAAA‑AAAAAAAAAAATATACATCTaaa < 2:1154836/141‑1 (MQ=255) tggTGCTTAAATTTACAGGTTAGTGACCAAGTATTTAAGGATCTTGGTTTTGTCGATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTTTAGCACTGTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACGAAT‑AAAAAATATACATATaaaa > 4:285791/3‑140 (MQ=255) gTGCTTAGATTTACATTTTTGTCACCAAGTATTGAACGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:606337/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:113110/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:296725/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 3:347098/141‑1 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:673036/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 3:458016/141‑1 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 4:560091/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATTCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:226731/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 4:581914/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAACGAACTTGGTTTTCTCAATATCCGGAAATTATCTTTATAATGGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 2:1387042/1‑141 (MQ=255) ggTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaa > 2:1199244/1‑141 (MQ=255) ggTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaa > 4:211134/1‑141 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 4:430231/1‑141 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 1:1259299/141‑1 (MQ=255) ccAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag < 2:550922/141‑1 (MQ=255) aGTATTGAAGGATCATGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGAACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAAAAAAAAAAAATAGAATTAgaga < 2:509011/141‑1 (MQ=255) aGTATTGAAGAATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGAAATAATACTTAAGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaaaaa < 2:1075369/141‑5 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGGTCTGCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAat < 1:76305/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 2:820326/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg > 1:1111924/1‑119 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 3:14952/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 2:732891/141‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:544038/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 2:122855/141‑1 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa > 4:265611/1‑141 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa > 3:274924/1‑141 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc > 4:104092/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 1:902465/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGANAACaaaa > 2:1042682/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaa > 2:329897/1‑141 (MQ=255) tgTTTTCTCAATATCCATAAATCTTCCGTAGAATTAGAGCACGATTTTTTATATTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaataa < 1:127673/140‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 2:287771/1‑102 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:985199/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 3:514885/141‑1 (MQ=255) ttttCTCACTACCAAGAACTTTTCTTTCTAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACGTCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 2:1104750/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg < 4:34012/141‑1 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 1:1043935/1‑93 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAt > 1:96954/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc > 4:1843/1‑141 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATAGAAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAGACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAATAAAGAAAAATAGAATTAGAGAATATAAAAAACAAAAAGGAATTtct < 2:347731/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 3:295980/1‑141 (MQ=255) tCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:650052/141‑1 (MQ=255) acAGAAATTTTCATTATAATTGTAGCACTATTTCTTATTCTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGa < 2:476413/140‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 3:565420/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 4:316882/120‑1 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 1:170864/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa > 1:1225935/1‑141 (MQ=255) ttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg > 1:373866/1‑141 (MQ=255) ttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 1:861909/141‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 2:1249852/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCGCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:57465/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:1337350/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTATTTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAACGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTATAGAATATAGAAAATAAAAAGAAATATCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 2:689109/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 2:401781/95‑1 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:401781/1‑95 (MQ=255) ttATAATTGTAGTACTATTTATAATGATGTTTAATTAAAAAAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 2:1005689/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa > 1:1081822/1‑141 (MQ=255) ttAGCACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:1319328/140‑1 (MQ=255) gTAGGACTATTTCTCGAGCTGTTTAGTGACTGTAGTAGAAA‑CAAAAAATATAGAGCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAGTTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 2:892647/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 4:515389/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 3:439046/1‑141 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:308762/141‑1 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 4:66005/141‑1 (MQ=255) tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 2:1279994/141‑1 (MQ=255) tAGCAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 2:777595/141‑1 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg > 4:401683/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑ACAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 1:737313/1‑141 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 1:708100/1‑141 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 4:149833/1‑141 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa < 1:436318/141‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 3:179921/1‑141 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa < 1:28052/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTACTGAAACATAGAATTATAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 3:476269/141‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc > 2:576732/1‑141 (MQ=255) tGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt > 2:213298/1‑141 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa > 3:115068/1‑141 (MQ=255) cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAGTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 3:282504/141‑1 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 3:62826/141‑1 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:608127/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt < 1:144533/141‑1 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 3:419687/141‑1 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 1:1012150/141‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 2:653800/132‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 1:333637/141‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:117453/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 3:221866/1‑141 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 1:24381/1‑141 (MQ=255) aaatacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:440401/138‑1 (MQ=255) tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:386154/112‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |